Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Sep 18, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=155)
1052	380 372 289 184	0.100
1227	380 372 289 186	0.900

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=155)
2017	343 322 280	0.100
2067	343 322 284	0.900

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=155)
1	AHT121	96	0.068
		98	0.432
		100	0.403
		102	0.090
		106	0.006
2	AHT137	131	0.019
		137	0.068
		147	0.742
		149	0.171
3	AHTH130	121	0.132
		123	0.203
		127	0.003
		131	0.500
		137	0.158
		145	0.003
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.606
		244	0.239
		248	0.155
6	AHTk211	91	0.294
		95	0.135
		97	0.571
7	AHTk253	284	0.739
		286	0.013
		288	0.097
		292	0.152
8	C22.279	116	0.281
		118	0.694
		124	0.026
9	FH2001	132	0.065
		144	0.071
		148	0.084
		152	0.774
		156	0.006
10	FH2054	156	0.039
		164	0.103
		168	0.016
		172	0.358
		176	0.477
		180	0.006
11	FH2848	236	0.477
		238	0.416
		240	0.106
12	INRA21	95	0.297
		97	0.290
		101	0.413
13	INU005	110	0.297
		122	0.503
		126	0.200
14	INU030	144	0.013
		146	0.090
		150	0.897
15	INU055	210	0.968
		214	0.010
		220	0.023
16	LEI004	85	0.465
16	LEI004	95	0.535
17	REN105L03	233	0.858
17	REN105L03	241	0.142
18	REN162C04	200	0.019
		206	0.790
		208	0.190
19	REN169D01	212	0.016
		214	0.158
		218	0.003
		220	0.823
20	REN169O18	164	0.171
		168	0.406
		170	0.419
		172	0.003
21	REN247M23	268	0.842
		270	0.023
		272	0.003
		274	0.132
22	REN54P11	222	0.003
		226	0.026
		232	0.668
		234	0.303
23	REN64E19	147	0.061
		151	0.003
		153	0.052
		155	0.884
24	VGL0760	13	0.019
		14	0.006
		15	0.110
		16	0.003
		20.2	0.003
		21.2	0.655
		22.2	0.194
		23.2	0.010
25	VGL0910	15	0.010
		16.1	0.003
		17.1	0.516
		18.1	0.058
		19.1	0.026
		20.1	0.010
		21.1	0.377
26	VGL1063	8	0.448
		10	0.048
		14	0.019
		18	0.023
		19	0.323
		20	0.139
27	VGL1165	16	0.019
		17	0.323
		18	0.003
		20	0.506
		26	0.013
		27	0.042
		28	0.094
28	VGL1828	18	0.035
28	VGL1828	19	0.965
29	VGL2009	9	0.303
		11	0.555
		13	0.142
30	VGL2409	15	0.010
		17	0.184
		18	0.706
		18.1	0.006
		19	0.094
31	VGL2918	12	0.003
		13	0.161
		14	0.152
		15	0.003
		17.3	0.677
		18.3	0.003
32	VGL3008	14	0.084
		15	0.577
		16	0.035
		18	0.190
		19	0.110
		20	0.003
33	VGL3235	14	0.955
33	VGL3235	16	0.045

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	155	4.061	1.993	0.438	0.439	0.005
	SE		0.290	0.109	0.035	0.034	0.010

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	155	1.286	1.063	0.035	0.051	0.091
	SE		0.171	0.037	0.021	0.031	0.054

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	155	5	2.761	0.652	0.638	-0.022
2	AHT137	155	4	1.710	0.419	0.415	-0.010
3	AHTH130	155	6	2.996	0.703	0.666	-0.056
4	AHTh171-A	155	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	155	3	2.228	0.490	0.551	0.111
6	AHTk211	155	3	2.323	0.535	0.569	0.060
7	AHTk253	155	4	1.729	0.400	0.422	0.052
8	C22.279	155	3	1.784	0.465	0.440	-0.057
9	FH2001	155	5	1.624	0.387	0.384	-0.007
10	FH2054	155	6	2.713	0.652	0.631	-0.032
11	FH2848	155	3	2.425	0.568	0.588	0.034
12	INRA21	155	3	2.917	0.677	0.657	-0.031
13	INU005	155	3	2.623	0.652	0.619	-0.053
14	INU030	155	3	1.231	0.206	0.187	-0.101
15	INU055	155	3	1.067	0.065	0.063	-0.026
16	LEI004	155	2	1.990	0.452	0.497	0.092
17	REN105L03	155	2	1.322	0.245	0.244	-0.006
18	REN162C04	155	3	1.512	0.316	0.339	0.067
19	REN169D01	155	4	1.425	0.290	0.298	0.026
20	REN169O18	155	4	2.701	0.587	0.630	0.068
21	REN247M23	155	4	1.376	0.265	0.273	0.032
22	REN54P11	155	4	1.857	0.445	0.461	0.035
23	REN64E19	155	4	1.270	0.226	0.212	-0.063
24	VGL0760	155	8	2.088	0.458	0.521	0.121
25	VGL0910	155	7	2.421	0.626	0.587	-0.066
26	VGL1063	155	6	3.053	0.710	0.672	-0.055
27	VGL1165	155	7	2.691	0.613	0.628	0.025
28	VGL1828	155	2	1.073	0.058	0.068	0.152
29	VGL2009	155	3	2.381	0.574	0.580	0.010
30	VGL2409	155	5	1.846	0.452	0.458	0.014
31	VGL2918	155	6	1.969	0.516	0.492	-0.049
32	VGL3008	155	6	2.564	0.645	0.610	-0.058
33	VGL3235	155	2	1.094	0.090	0.086	-0.047

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	155	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	155	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	155	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	155	2	1.220	0.123	0.180	0.319
5	5ACA	155	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	155	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	155	2	1.220	0.123	0.180	0.319