Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Jun 29, 2022

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=139)
1052	380 372 289 184	0.108
1227	380 372 289 186	0.892

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=139)
2017	343 322 280	0.108
2067	343 322 284	0.892

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=139)
1	AHT121	96	0.076
		98	0.428
		100	0.403
		102	0.090
		106	0.004
2	AHT137	131	0.022
		137	0.076
		147	0.734
		149	0.169
3	AHTH130	121	0.140
		123	0.209
		127	0.004
		131	0.471
		137	0.173
		145	0.004
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.608
		244	0.237
		248	0.155
6	AHTk211	91	0.259
		95	0.147
		97	0.594
7	AHTk253	284	0.752
		286	0.014
		288	0.083
		292	0.151
8	C22.279	116	0.277
		118	0.694
		124	0.029
9	FH2001	132	0.068
		144	0.072
		148	0.083
		152	0.770
		156	0.007
10	FH2054	156	0.029
		164	0.097
		168	0.007
		172	0.356
		176	0.504
		180	0.007
11	FH2848	236	0.464
		238	0.417
		240	0.119
12	INRA21	95	0.288
		97	0.295
		101	0.417
13	INU005	110	0.295
		122	0.507
		126	0.198
14	INU030	144	0.014
		146	0.101
		150	0.885
15	INU055	210	0.968
		214	0.007
		220	0.025
16	LEI004	85	0.482
16	LEI004	95	0.518
17	REN105L03	233	0.856
17	REN105L03	241	0.144
18	REN162C04	200	0.022
		206	0.806
		208	0.173
19	REN169D01	212	0.018
		214	0.140
		218	0.004
		220	0.838
20	REN169O18	164	0.158
		168	0.421
		170	0.417
		172	0.004
21	REN247M23	268	0.838
		270	0.022
		272	0.004
		274	0.137
22	REN54P11	222	0.004
		226	0.014
		232	0.673
		234	0.309
23	REN64E19	147	0.050
		151	0.004
		153	0.050
		155	0.896
24	VGL0760	13	0.022
		14	0.007
		15	0.119
		16	0.004
		20.2	0.004
		21.2	0.633
		22.2	0.201
		23.2	0.011
25	VGL0910	16.1	0.004
		17.1	0.514
		18.1	0.058
		19.1	0.025
		20.1	0.011
		21.1	0.388
26	VGL1063	8	0.442
		10	0.050
		14	0.022
		18	0.022
		19	0.335
		20	0.129
27	VGL1165	16	0.018
		17	0.338
		18	0.004
		20	0.507
		26	0.014
		27	0.036
		28	0.083
28	VGL1828	18	0.036
28	VGL1828	19	0.964
29	VGL2009	9	0.313
		11	0.550
		13	0.137
30	VGL2409	15	0.011
		17	0.187
		18	0.694
		18.1	0.007
		19	0.101
31	VGL2918	13	0.151
		14	0.158
		15	0.004
		17.3	0.683
		18.3	0.004
32	VGL3008	14	0.083
		15	0.579
		16	0.014
		18	0.205
		19	0.115
		20	0.004
33	VGL3235	14	0.953
33	VGL3235	16	0.047

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	139	4.000	1.989	0.436	0.438	0.004
	SE		0.278	0.109	0.035	0.034	0.010

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	139	1.286	1.068	0.037	0.055	0.094
	SE		0.171	0.041	0.022	0.033	0.056

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	139	5	2.783	0.647	0.641	-0.011
2	AHT137	139	4	1.744	0.424	0.427	0.005
3	AHTH130	139	6	3.174	0.727	0.685	-0.061
4	AHTh171-A	139	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	139	3	2.223	0.489	0.550	0.111
6	AHTk211	139	3	2.267	0.540	0.559	0.035
7	AHTk253	139	4	1.680	0.388	0.405	0.041
8	C22.279	139	3	1.787	0.446	0.440	-0.013
9	FH2001	139	5	1.641	0.388	0.391	0.006
10	FH2054	139	6	2.559	0.633	0.609	-0.039
11	FH2848	139	3	2.478	0.597	0.596	-0.001
12	INRA21	139	3	2.908	0.669	0.656	-0.020
13	INU005	139	3	2.608	0.647	0.617	-0.050
14	INU030	139	3	1.260	0.230	0.207	-0.114
15	INU055	139	3	1.067	0.065	0.063	-0.028
16	LEI004	139	2	1.997	0.460	0.499	0.078
17	REN105L03	139	2	1.327	0.245	0.246	0.007
18	REN162C04	139	3	1.472	0.302	0.320	0.057
19	REN169D01	139	4	1.384	0.266	0.278	0.041
20	REN169O18	139	4	2.657	0.590	0.624	0.054
21	REN247M23	139	4	1.386	0.281	0.278	-0.008
22	REN54P11	139	4	1.824	0.439	0.452	0.028
23	REN64E19	139	4	1.239	0.209	0.193	-0.083
24	VGL0760	139	8	2.192	0.482	0.544	0.114
25	VGL0910	139	6	2.383	0.612	0.580	-0.054
26	VGL1063	139	6	3.050	0.705	0.672	-0.049
27	VGL1165	139	7	2.630	0.604	0.620	0.025
28	VGL1828	139	2	1.075	0.058	0.069	0.170
29	VGL2009	139	3	2.384	0.554	0.580	0.046
30	VGL2409	139	5	1.897	0.468	0.473	0.011
31	VGL2918	139	5	1.942	0.504	0.485	-0.038
32	VGL3008	139	6	2.514	0.640	0.602	-0.063
33	VGL3235	139	2	1.098	0.094	0.089	-0.049

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	139	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	139	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	139	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	139	2	1.238	0.129	0.193	0.327
5	5ACA	139	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	139	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	139	2	1.238	0.129	0.193	0.327