Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Sep 28, 2020

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=101)
1052	380 372 289 184	0.129
1227	380 372 289 186	0.871

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=101)
2017	343 322 280	0.129
2067	343 322 284	0.871

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=101)
1	AHT121	96	0.064
		98	0.426
		100	0.401
		102	0.109
2	AHT137	131	0.030
		137	0.084
		147	0.703
		149	0.183
3	AHTH130	121	0.163
		123	0.173
		127	0.005
		131	0.441
		137	0.218
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.579
		244	0.233
		248	0.188
6	AHTk211	91	0.307
		95	0.139
		97	0.554
7	AHTk253	284	0.762
		286	0.020
		288	0.064
		292	0.153
8	C22.279	116	0.252
		118	0.723
		124	0.025
9	FH2001	132	0.074
		144	0.079
		148	0.079
		152	0.767
10	FH2054	156	0.035
		164	0.084
		168	0.010
		172	0.376
		176	0.490
		180	0.005
11	FH2848	236	0.475
		238	0.421
		240	0.104
12	INRA21	95	0.297
		97	0.262
		101	0.441
13	INU005	110	0.292
		122	0.495
		126	0.213
14	INU030	144	0.020
		146	0.109
		150	0.871
15	INU055	210	0.960
		214	0.010
		220	0.030
16	LEI004	85	0.540
16	LEI004	95	0.460
17	REN105L03	233	0.842
17	REN105L03	241	0.158
18	REN162C04	200	0.030
		206	0.752
		208	0.218
19	REN169D01	212	0.025
		214	0.144
		218	0.005
		220	0.827
20	REN169O18	164	0.158
		168	0.366
		170	0.475
21	REN247M23	268	0.851
		270	0.025
		272	0.005
		274	0.119
22	REN54P11	222	0.005
		226	0.020
		232	0.678
		234	0.297
23	REN64E19	147	0.069
		151	0.005
		153	0.030
		155	0.896
24	VGL0760	13	0.015
		14	0.005
		15	0.089
		16	0.005
		20.2	0.005
		21.2	0.668
		22.2	0.198
		23.2	0.015
25	VGL0910	16.1	0.005
		17.1	0.490
		18.1	0.054
		19.1	0.030
		20.1	0.010
		21.1	0.411
26	VGL1063	8	0.485
		10	0.054
		14	0.020
		18	0.030
		19	0.317
		20	0.094
27	VGL1165	16	0.020
		17	0.366
		18	0.005
		20	0.470
		26	0.020
		27	0.035
		28	0.084
28	VGL1828	18	0.050
28	VGL1828	19	0.950
29	VGL2009	9	0.292
		11	0.540
		13	0.168
30	VGL2409	15	0.015
		17	0.178
		18	0.678
		18.1	0.010
		19	0.119
31	VGL2918	13	0.158
		14	0.139
		15	0.005
		17.3	0.693
		18.3	0.005
32	VGL3008	14	0.074
		15	0.594
		18	0.218
		19	0.109
		20	0.005
33	VGL3235	14	0.955
33	VGL3235	16	0.045

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Berger Picard	Mean	101	3.848	2.000	0.442	0.442	0.005
	SE		0.265	0.109	0.035	0.034	0.014

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Berger Picard	Mean	101	1.286	1.083	0.045	0.064	0.084
	SE		0.171	0.049	0.027	0.038	0.050

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	101	4	2.793	0.663	0.642	-0.033
2	AHT137	101	4	1.867	0.455	0.464	0.019
3	AHTH130	101	5	3.352	0.792	0.702	-0.129
4	AHTh171-A	101	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	101	3	2.353	0.485	0.575	0.156
6	AHTk211	101	3	2.376	0.604	0.579	-0.043
7	AHTk253	101	4	1.641	0.327	0.391	0.164
8	C22.279	101	3	1.704	0.416	0.413	-0.006
9	FH2001	101	4	1.648	0.396	0.393	-0.007
10	FH2054	101	6	2.563	0.604	0.610	0.010
11	FH2848	101	3	2.417	0.644	0.586	-0.098
12	INRA21	101	3	2.847	0.614	0.649	0.054
13	INU005	101	3	2.662	0.604	0.624	0.033
14	INU030	101	3	1.296	0.257	0.229	-0.126
15	INU055	101	3	1.083	0.079	0.077	-0.033
16	LEI004	101	2	1.988	0.406	0.497	0.183
17	REN105L03	101	2	1.364	0.257	0.267	0.035
18	REN162C04	101	3	1.627	0.376	0.385	0.024
19	REN169D01	101	4	1.419	0.287	0.295	0.028
20	REN169O18	101	3	2.596	0.614	0.615	0.002
21	REN247M23	101	4	1.352	0.238	0.260	0.087
22	REN54P11	101	4	1.823	0.465	0.451	-0.031
23	REN64E19	101	4	1.237	0.208	0.191	-0.086
24	VGL0760	101	8	2.023	0.465	0.506	0.080
25	VGL0910	101	6	2.421	0.614	0.587	-0.046
26	VGL1063	101	6	2.867	0.723	0.651	-0.110
27	VGL1165	101	7	2.744	0.624	0.636	0.019
28	VGL1828	101	2	1.104	0.079	0.094	0.158
29	VGL2009	101	3	2.470	0.604	0.595	-0.015
30	VGL2409	101	5	1.976	0.465	0.494	0.058
31	VGL2918	101	5	1.906	0.515	0.475	-0.083
32	VGL3008	101	5	2.394	0.614	0.582	-0.054
33	VGL3235	101	2	1.093	0.089	0.085	-0.047

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	101	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	101	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	101	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	101	2	1.289	0.158	0.224	0.294
5	5ACA	101	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	101	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	101	2	1.289	0.158	0.224	0.294