Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Jun 17, 2021

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=110)
1052	380 372 289 184	0.118
1227	380 372 289 186	0.882

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=110)
2017	343 322 280	0.118
2067	343 322 284	0.882

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=110)
1	AHT121	96	0.059
		98	0.468
		100	0.373
		102	0.100
2	AHT137	131	0.027
		137	0.086
		147	0.718
		149	0.168
3	AHTH130	121	0.168
		123	0.177
		127	0.005
		131	0.445
		137	0.200
		145	0.005
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.609
		244	0.214
		248	0.177
6	AHTk211	91	0.291
		95	0.141
		97	0.568
7	AHTk253	284	0.777
		286	0.018
		288	0.064
		292	0.141
8	C22.279	116	0.282
		118	0.695
		124	0.023
9	FH2001	132	0.068
		144	0.073
		148	0.073
		152	0.786
10	FH2054	156	0.032
		164	0.086
		168	0.009
		172	0.373
		176	0.495
		180	0.005
11	FH2848	236	0.473
		238	0.395
		240	0.132
12	INRA21	95	0.295
		97	0.282
		101	0.423
13	INU005	110	0.291
		122	0.491
		126	0.218
14	INU030	144	0.018
		146	0.100
		150	0.882
15	INU055	210	0.964
		214	0.009
		220	0.027
16	LEI004	85	0.509
16	LEI004	95	0.491
17	REN105L03	233	0.850
17	REN105L03	241	0.150
18	REN162C04	200	0.027
		206	0.768
		208	0.205
19	REN169D01	212	0.023
		214	0.132
		218	0.005
		220	0.841
20	REN169O18	164	0.168
		168	0.386
		170	0.445
21	REN247M23	268	0.841
		270	0.023
		272	0.005
		274	0.132
22	REN54P11	222	0.005
		226	0.018
		232	0.700
		234	0.277
23	REN64E19	147	0.064
		151	0.005
		153	0.027
		155	0.905
24	VGL0760	13	0.018
		14	0.009
		15	0.127
		16	0.005
		20.2	0.005
		21.2	0.627
		22.2	0.195
		23.2	0.014
25	VGL0910	16.1	0.005
		17.1	0.500
		18.1	0.055
		19.1	0.027
		20.1	0.009
		21.1	0.405
26	VGL1063	8	0.477
		10	0.050
		14	0.023
		18	0.027
		19	0.332
		20	0.091
27	VGL1165	16	0.018
		17	0.355
		18	0.005
		20	0.495
		26	0.018
		27	0.032
		28	0.077
28	VGL1828	18	0.045
28	VGL1828	19	0.955
29	VGL2009	9	0.327
		11	0.509
		13	0.164
30	VGL2409	15	0.014
		17	0.164
		18	0.686
		18.1	0.009
		19	0.127
31	VGL2918	13	0.145
		14	0.132
		15	0.005
		17.3	0.714
		18.3	0.005
32	VGL3008	14	0.068
		15	0.595
		18	0.232
		19	0.100
		20	0.005
33	VGL3235	14	0.941
33	VGL3235	16	0.059

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	110	3.879	1.991	0.434	0.439	0.013
	SE		0.270	0.109	0.035	0.034	0.014

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	110	1.286	1.075	0.042	0.060	0.086
	SE		0.171	0.045	0.025	0.036	0.052

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	110	4	2.691	0.618	0.628	0.016
2	AHT137	110	4	1.811	0.436	0.448	0.025
3	AHTH130	110	6	3.354	0.791	0.702	-0.127
4	AHTh171-A	110	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	110	3	2.232	0.455	0.552	0.176
6	AHTk211	110	3	2.340	0.591	0.573	-0.032
7	AHTk253	110	4	1.591	0.309	0.372	0.168
8	C22.279	110	3	1.774	0.409	0.436	0.063
9	FH2001	110	4	1.578	0.364	0.366	0.008
10	FH2054	110	6	2.545	0.627	0.607	-0.033
11	FH2848	110	3	2.517	0.627	0.603	-0.041
12	INRA21	110	3	2.895	0.645	0.655	0.014
13	INU005	110	3	2.679	0.636	0.627	-0.015
14	INU030	110	3	1.269	0.236	0.212	-0.115
15	INU055	110	3	1.076	0.073	0.071	-0.030
16	LEI004	110	2	1.999	0.400	0.500	0.200
17	REN105L03	110	2	1.342	0.245	0.255	0.037
18	REN162C04	110	3	1.581	0.355	0.367	0.035
19	REN169D01	110	4	1.379	0.264	0.275	0.041
20	REN169O18	110	3	2.660	0.609	0.624	0.024
21	REN247M23	110	4	1.379	0.264	0.275	0.041
22	REN54P11	110	4	1.763	0.436	0.433	-0.008
23	REN64E19	110	4	1.215	0.191	0.177	-0.079
24	VGL0760	110	8	2.230	0.482	0.551	0.126
25	VGL0910	110	6	2.395	0.627	0.583	-0.077
26	VGL1063	110	6	2.858	0.718	0.650	-0.105
27	VGL1165	110	7	2.640	0.591	0.621	0.049
28	VGL1828	110	2	1.095	0.073	0.087	0.162
29	VGL2009	110	3	2.544	0.582	0.607	0.041
30	VGL2409	110	5	1.944	0.464	0.486	0.045
31	VGL2918	110	5	1.825	0.482	0.452	-0.066
32	VGL3008	110	5	2.364	0.609	0.577	-0.056
33	VGL3235	110	2	1.125	0.118	0.111	-0.063

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	110	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	110	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	110	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	110	2	1.263	0.145	0.208	0.302
5	5ACA	110	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	110	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	110	2	1.263	0.145	0.208	0.302