Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Aug 9, 2020

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=99)
1052	380 372 289 184	0.121
1227	380 372 289 186	0.879

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=99)
2017	343 322 280	0.121
2067	343 322 284	0.879

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=99)
1	AHT121	96	0.066
		98	0.419
		100	0.404
		102	0.111
2	AHT137	131	0.030
		137	0.076
		147	0.707
		149	0.187
3	AHTH130	121	0.167
		123	0.172
		127	0.005
		131	0.439
		137	0.217
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.581
		244	0.227
		248	0.192
6	AHTk211	91	0.313
		95	0.136
		97	0.551
7	AHTk253	284	0.758
		286	0.020
		288	0.066
		292	0.157
8	C22.279	116	0.253
		118	0.722
		124	0.025
9	FH2001	132	0.076
		144	0.081
		148	0.081
		152	0.763
10	FH2054	156	0.035
		164	0.081
		168	0.010
		172	0.379
		176	0.490
		180	0.005
11	FH2848	236	0.475
		238	0.419
		240	0.106
12	INRA21	95	0.288
		97	0.263
		101	0.449
13	INU005	110	0.293
		122	0.495
		126	0.212
14	INU030	144	0.020
		146	0.111
		150	0.869
15	INU055	210	0.960
		214	0.010
		220	0.030
16	LEI004	85	0.535
16	LEI004	95	0.465
17	REN105L03	233	0.838
17	REN105L03	241	0.162
18	REN162C04	200	0.030
		206	0.747
		208	0.222
19	REN169D01	212	0.025
		214	0.146
		218	0.005
		220	0.823
20	REN169O18	164	0.152
		168	0.364
		170	0.485
21	REN247M23	268	0.859
		270	0.025
		272	0.005
		274	0.111
22	REN54P11	222	0.005
		226	0.020
		232	0.677
		234	0.298
23	REN64E19	147	0.066
		151	0.005
		153	0.030
		155	0.899
24	VGL0760	13	0.015
		14	0.005
		15	0.086
		16	0.005
		20.2	0.005
		21.2	0.667
		22.2	0.202
		23.2	0.015
25	VGL0910	16.1	0.005
		17.1	0.490
		18.1	0.051
		19.1	0.030
		20.1	0.010
		21.1	0.414
26	VGL1063	8	0.480
		10	0.056
		14	0.020
		18	0.030
		19	0.318
		20	0.096
27	VGL1165	16	0.020
		17	0.364
		18	0.005
		20	0.470
		26	0.020
		27	0.035
		28	0.086
28	VGL1828	18	0.051
28	VGL1828	19	0.949
29	VGL2009	9	0.293
		11	0.535
		13	0.172
30	VGL2409	15	0.015
		17	0.177
		18	0.677
		18.1	0.010
		19	0.121
31	VGL2918	13	0.157
		14	0.141
		15	0.005
		17.3	0.692
		18.3	0.005
32	VGL3008	14	0.076
		15	0.601
		18	0.207
		19	0.111
		20	0.005
33	VGL3235	14	0.960
33	VGL3235	16	0.040

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Berger Picard	Mean	99	3.848	2.002	0.444	0.443	0.002
	SE		0.265	0.109	0.035	0.034	0.014

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Berger Picard	Mean	99	1.286	1.077	0.046	0.061	0.069
	SE		0.171	0.046	0.028	0.036	0.041

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	99	4	2.812	0.667	0.644	-0.035
2	AHT137	99	4	1.847	0.444	0.458	0.031
3	AHTH130	99	5	3.361	0.788	0.702	-0.122
4	AHTh171-A	99	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	99	3	2.348	0.495	0.574	0.138
6	AHTk211	99	3	2.383	0.606	0.580	-0.044
7	AHTk253	99	4	1.658	0.333	0.397	0.160
8	C22.279	99	3	1.706	0.414	0.414	-0.000
9	FH2001	99	4	1.666	0.404	0.400	-0.011
10	FH2054	99	6	2.555	0.606	0.609	0.004
11	FH2848	99	3	2.425	0.657	0.588	-0.117
12	INRA21	99	3	2.826	0.616	0.646	0.046
13	INU005	99	3	2.661	0.606	0.624	0.029
14	INU030	99	3	1.303	0.263	0.233	-0.129
15	INU055	99	3	1.085	0.081	0.078	-0.034
16	LEI004	99	2	1.990	0.404	0.498	0.188
17	REN105L03	99	2	1.372	0.263	0.271	0.031
18	REN162C04	99	3	1.642	0.384	0.391	0.018
19	REN169D01	99	4	1.429	0.293	0.300	0.024
20	REN169O18	99	3	2.562	0.606	0.610	0.006
21	REN247M23	99	4	1.333	0.242	0.250	0.030
22	REN54P11	99	4	1.827	0.465	0.453	-0.026
23	REN64E19	99	4	1.229	0.202	0.187	-0.083
24	VGL0760	99	8	2.028	0.465	0.507	0.083
25	VGL0910	99	6	2.409	0.606	0.585	-0.036
26	VGL1063	99	6	2.898	0.727	0.655	-0.110
27	VGL1165	99	7	2.760	0.636	0.638	0.002
28	VGL1828	99	2	1.106	0.081	0.096	0.157
29	VGL2009	99	3	2.488	0.606	0.598	-0.013
30	VGL2409	99	5	1.983	0.465	0.496	0.063
31	VGL2918	99	5	1.911	0.515	0.477	-0.081
32	VGL3008	99	5	2.369	0.616	0.578	-0.066
33	VGL3235	99	2	1.084	0.081	0.078	-0.042

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	99	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	99	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	99	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	99	2	1.271	0.162	0.213	0.241
5	5ACA	99	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	99	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	99	2	1.271	0.162	0.213	0.241