Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Bernese Mountain Dog

Updated Aug 21, 2020

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Bernese Mountain Dog (n=32)
1	AHT121	96	0.08
		98	0.50
		100	0.06
		102	0.30
		108	0.06
2	AHT137	131	0.34
		137	0.28
		141	0.05
		147	0.08
		149	0.23
		153	0.02
3	AHTH130	121	0.02
		123	0.56
		127	0.05
		129	0.17
		139	0.20
4	AHTh171-A	219	0.56
		225	0.09
		235	0.34
5	AHTh260	240	0.03
		244	0.23
		246	0.19
		250	0.08
		252	0.34
		254	0.13
6	AHTk211	87	0.88
		91	0.03
		93	0.05
		97	0.05
7	AHTk253	286	0.16
		288	0.39
		290	0.16
		292	0.30
8	C22.279	116	0.14
		118	0.30
		124	0.56
9	FH2001	132	0.50
		136	0.16
		140	0.09
		144	0.03
		148	0.02
		152	0.20
10	FH2054	148	0.03
		152	0.11
		156	0.56
		160	0.03
		164	0.16
		168	0.11
11	FH2848	234	0.33
		238	0.06
		242	0.45
		244	0.16
12	INRA21	95	0.75
		101	0.03
		103	0.22
13	INU005	124	0.05
		126	0.31
		128	0.50
		130	0.14
14	INU030	144	0.56
		146	0.05
		150	0.36
		152	0.03
15	INU055	210	0.72
		212	0.06
		218	0.22
16	LEI004	85	0.02
		95	0.83
		107	0.11
		111	0.05
17	REN105L03	229	0.19
		231	0.28
		233	0.02
		237	0.25
		241	0.27
18	REN162C04	202	0.19
		204	0.17
		206	0.47
		208	0.17
19	REN169D01	212	0.02
		216	0.02
		218	0.09
		220	0.88
20	REN169O18	160	0.02
		162	0.34
		164	0.06
		166	0.02
		168	0.47
		170	0.09
21	REN247M23	268	0.03
		270	0.70
		272	0.11
		274	0.11
		278	0.05
22	REN54P11	222	0.44
		226	0.05
		228	0.20
		232	0.05
		236	0.02
		238	0.25
23	REN64E19	139	0.03
		145	0.67
		147	0.06
		153	0.23
24	VGL0760	13	0.23
		14	0.61
		20.2	0.08
		21.2	0.05
		22.2	0.03
25	VGL0910	12	0.63
		13	0.02
		18.1	0.02
		19.1	0.02
		21.1	0.05
		22.1	0.23
		23.1	0.05
26	VGL1063	8	0.11
		12	0.17
		13	0.05
		14	0.31
		15	0.03
		16	0.02
		18	0.05
		19	0.27
27	VGL1165	15	0.05
		16	0.02
		17	0.02
		18	0.11
		21	0.56
		26	0.14
		28	0.08
		30	0.03
28	VGL1828	14	0.16
		15	0.14
		16	0.22
		17	0.05
		19	0.03
		20	0.41
29	VGL2009	10	0.03
		13	0.05
		14	0.11
		15	0.81
30	VGL2409	13	0.59
		17	0.06
		18	0.33
		19	0.02
31	VGL2918	13	0.69
		14	0.27
		16	0.03
		19.3	0.02
32	VGL3008	13	0.03
		15	0.42
		16	0.05
		17	0.03
		18	0.44
		19	0.03
33	VGL3235	13	0.14
		14	0.33
		15	0.02
		16	0.23
		17	0.14
		18	0.03
		19	0.11

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Bernese Mountain Dog	Mean	32	4.939	2.684	0.606	0.579	-0.044
	SE		0.238	0.161	0.031	0.027	0.020

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Bernese Mountain Dog	Mean	32	4.429	1.659	0.393	0.379	-0.034
	SE		0.187	0.097	0.048	0.044	0.017

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	32	5	2.840	0.688	0.648	-0.061
2	AHT137	32	6	3.835	0.719	0.739	0.028
3	AHTH130	32	5	2.566	0.531	0.610	0.130
4	AHTh171-A	32	3	2.256	0.531	0.557	0.046
5	AHTh260	32	6	4.330	0.875	0.769	-0.138
6	AHTk211	32	4	1.297	0.188	0.229	0.181
7	AHTk253	32	4	3.454	0.719	0.710	-0.012
8	C22.279	32	3	2.357	0.750	0.576	-0.303
9	FH2001	32	6	3.070	0.813	0.674	-0.205
10	FH2054	32	6	2.727	0.688	0.633	-0.086
11	FH2848	32	4	2.930	0.719	0.659	-0.091
12	INRA21	32	3	1.636	0.375	0.389	0.035
13	INU005	32	4	2.705	0.719	0.630	-0.140
14	INU030	32	4	2.229	0.563	0.551	-0.020
15	INU055	32	3	1.759	0.438	0.432	-0.014
16	LEI004	32	4	1.428	0.344	0.300	-0.147
17	REN105L03	32	5	4.039	0.844	0.752	-0.121
18	REN162C04	32	4	3.185	0.688	0.686	-0.002
19	REN169D01	32	4	1.290	0.250	0.225	-0.111
20	REN169O18	32	6	2.848	0.563	0.649	0.133
21	REN247M23	32	5	1.918	0.406	0.479	0.151
22	REN54P11	32	6	3.336	0.594	0.700	0.152
23	REN64E19	32	4	1.956	0.469	0.489	0.041
24	VGL0760	32	5	2.296	0.656	0.564	-0.163
25	VGL0910	32	7	2.219	0.563	0.549	-0.024
26	VGL1063	32	8	4.644	0.844	0.785	-0.075
27	VGL1165	32	8	2.794	0.656	0.642	-0.022
28	VGL1828	32	6	3.842	0.750	0.740	-0.014
29	VGL2009	32	4	1.481	0.375	0.325	-0.155
30	VGL2409	32	4	2.154	0.594	0.536	-0.108
31	VGL2918	32	4	1.837	0.438	0.456	0.040
32	VGL3008	32	6	2.670	0.781	0.625	-0.249
33	VGL3235	32	7	4.644	0.875	0.785	-0.115

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	32	5	1.840	0.469	0.457	-0.027
2	DLA I-4ACA	32	5	1.835	0.500	0.455	-0.099
3	DLA I-4BCT	32	4	1.830	0.469	0.454	-0.033
4	DLA1131	32	5	1.493	0.344	0.330	-0.041
5	5ACA	32	4	1.577	0.344	0.366	0.060
6	5ACT	32	4	1.905	0.500	0.475	-0.052
7	5BCA	32	4	1.136	0.125	0.120	-0.045