Statistics and Breed-wide Allele Frequency - English Mastiff

Updated Nov 12, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	English Mastiff (n=31)	Mastiff (n=21)
1006	387 375 293 180	--	0.02
1016	382 371 277 178	0.15	0.14
1030	380 373 293 178	0.08	--
1033	382 379 277 181	0.02	--
1052	380 372 289 184	0.02	--
1056	386 373 289 190	0.21	0.31
1066	376 375 277 178	0.53	0.45
1221	380 365 293 180	--	0.07

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	English Mastiff (n=31)	Mastiff (n=21)
2014	339 322 284	0.15	0.14
2017	343 322 280	0.21	0.29
2023	341 323 282	0.08	--
2037	341 327 280	0.02	--
2046	339 329 280	0.52	0.45
2086	339 329 284	0.02	--
2117	353 327 280	--	0.02
2118	347 327 280	--	0.07
2128	343 323 288	0.02	0.02

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	English Mastiff (n=31)	Mastiff (n=21)
1	AHT121	92	0.02	--
		94	0.10	0.10
		96	0.13	0.24
		100	0.56	0.45
		102	0.18	0.14
		104	0.02	0.05
		108	--	0.02
2	AHT137	131	0.27	0.43
		137	0.16	0.36
		139	0.02	--
		141	--	0.05
		145	0.02	--
		147	0.11	--
		149	0.42	0.17
3	AHTH130	119	--	0.10
		121	0.35	0.38
		123	--	0.05
		125	0.02	0.02
		127	0.31	0.24
		129	0.18	0.17
		131	0.13	0.05
		135	0.02	--
4	AHTh171-A	219	0.27	0.31
		223	0.13	0.05
		225	0.24	0.24
		227	0.02	--
		229	0.05	0.07
		231	0.10	0.05
		233	0.11	0.17
		235	0.03	--
		237	0.05	0.12
5	AHTh260	238	0.56	0.43
		242	0.03	0.02
		244	0.10	0.19
		246	0.08	0.21
		250	0.23	0.14
6	AHTk211	87	0.19	0.29
		89	0.73	0.67
		91	0.03	--
		93	0.03	--
		95	0.02	0.05
7	AHTk253	286	0.61	0.71
		288	0.11	0.07
		290	0.05	0.07
		292	0.18	0.10
		296	0.05	0.05
8	C22.279	116	0.27	0.26
		118	0.08	0.12
		120	0.37	0.50
		122	0.02	--
		126	0.26	0.12
9	FH2001	128	0.03	0.02
		132	0.40	0.43
		140	0.02	0.05
		144	0.32	0.26
		156	0.23	0.24
10	FH2054	152	0.60	0.62
		156	0.16	0.21
		160	0.10	0.10
		164	0.13	0.05
		168	0.02	0.02
11	FH2848	236	0.05	0.10
		238	0.34	0.40
		240	0.44	0.40
		242	0.10	0.07
		244	0.08	0.02
12	INRA21	93	0.03	--
		95	0.45	0.64
		97	0.10	0.07
		101	0.34	0.26
		103	0.08	0.02
13	INU005	110	0.02	0.07
		122	0.05	0.02
		124	0.87	0.86
		126	0.06	--
		132	--	0.05
14	INU030	144	0.34	0.36
		148	0.03	0.12
		150	0.63	0.52
15	INU055	210	0.27	0.17
		214	0.02	--
		216	0.02	--
		218	0.69	0.81
		220	--	0.02
16	LEI004	85	0.11	0.02
		95	0.10	0.24
		97	0.03	--
		105	0.13	0.14
		107	0.63	0.60
17	REN105L03	233	0.35	0.33
		235	0.18	0.10
		237	0.45	0.55
		245	0.02	0.02
18	REN162C04	202	0.60	0.86
		204	0.15	0.02
		208	0.26	0.12
19	REN169D01	202	0.15	0.12
		210	--	0.02
		212	0.40	0.29
		216	0.45	0.57
20	REN169O18	162	--	0.05
		164	0.02	0.02
		166	0.02	--
		168	0.11	0.07
		170	0.10	0.14
		172	0.76	0.71
21	REN247M23	268	0.84	0.88
		270	0.05	0.12
		272	0.10	--
		278	0.02	--
22	REN54P11	226	0.03	0.05
		228	--	0.05
		232	0.06	0.17
		234	0.15	0.10
		236	0.65	0.52
		238	0.11	0.12
23	REN64E19	145	0.11	0.10
		147	0.06	0.14
		149	0.03	0.12
		151	0.02	--
		153	0.77	0.64
24	VGL0760	12	0.10	0.07
		13	0.29	0.24
		20.2	--	0.02
		21.2	0.44	0.45
		22.2	0.10	0.17
		23.2	0.08	0.02
		24.2	--	0.02
25	VGL0910	12	0.15	0.21
		13	0.03	0.02
		14	--	0.02
		16.1	--	0.02
		17.1	0.11	0.02
		18.1	0.21	0.14
		19.1	0.26	0.29
		20.1	0.16	0.12
		21.1	0.05	--
		22.1	0.03	0.12
		24.1	--	0.02
26	VGL1063	13	0.11	0.10
		14	0.74	0.81
		15	0.08	0.07
		19	0.03	0.02
		20	0.03	--
27	VGL1165	15	0.34	0.38
		16	0.02	0.05
		17	0.05	--
		18	0.10	0.14
		19	0.16	0.26
		21	0.02	--
		23	0.06	0.02
		26	0.03	0.05
		27	0.19	0.10
		28	0.03	--
28	VGL1828	15	0.18	0.07
		16	0.34	0.31
		17	--	0.02
		19	0.27	0.40
		20	0.21	0.14
		24	--	0.05
29	VGL2009	9	0.11	0.19
		10	0.02	0.02
		11	0.13	0.07
		12	0.02	--
		13	0.56	0.52
		14	0.16	0.19
30	VGL2409	13	0.05	--
		14	--	0.02
		16	0.02	--
		17	0.35	0.43
		18	0.31	0.36
		19	0.24	0.19
		20	0.02	--
		22	0.02	--
31	VGL2918	12	0.06	0.05
		13	0.37	0.26
		14	0.15	0.24
		15	0.02	0.07
		17.3	0.03	0.10
		18.3	0.03	0.02
		19.3	0.32	0.26
		20.3	0.02	--
32	VGL3008	14	0.05	--
		15	0.02	--
		16	0.03	--
		17	0.06	--
		18	0.31	0.26
		19	0.40	0.52
		20	0.08	0.07
		21	0.05	0.14
33	VGL3235	13	0.18	0.19
		14	0.21	0.21
		16	0.06	0.07
		17	0.53	0.48
		18	0.02	0.05

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

English Mastiff

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	52	5.909	2.888	0.594	0.604	0.019
	SE		0.322	0.189	0.028	0.026	0.017

Mastiff

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	21	4.879	2.792	0.606	0.587	-0.034
	SE		0.277	0.181	0.031	0.028	0.020

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

English Mastiff

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	52	4.571	2.221	0.538	0.531	-0.012
	SE		0.341	0.169	0.042	0.036	0.020

Mastiff

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	21	3.714	2.342	0.694	0.548	-0.256
	SE		0.265	0.192	0.064	0.045	0.021

Standard genetic assessment for individual STR loci

English Mastiff

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	52	7	2.971	0.635	0.663	0.043
2	AHT137	52	7	3.613	0.596	0.723	0.176
3	AHTH130	52	8	3.956	0.731	0.747	0.022
4	AHTh171-A	52	9	5.435	0.788	0.816	0.034
5	AHTh260	52	5	2.996	0.615	0.666	0.076
6	AHTk211	52	5	1.826	0.462	0.452	-0.020
7	AHTk253	52	5	2.159	0.538	0.537	-0.003
8	C22.279	52	5	3.316	0.596	0.698	0.146
9	FH2001	52	5	3.177	0.654	0.685	0.046
10	FH2054	52	5	2.386	0.462	0.581	0.205
11	FH2848	52	5	3.050	0.712	0.672	-0.059
12	INRA21	52	5	2.594	0.596	0.614	0.030
13	INU005	52	5	1.327	0.212	0.246	0.141
14	INU030	52	3	2.135	0.500	0.532	0.059
15	INU055	52	5	1.662	0.462	0.398	-0.159
16	LEI004	52	5	2.343	0.635	0.573	-0.107
17	REN105L03	52	4	2.621	0.673	0.619	-0.088
18	REN162C04	52	3	1.843	0.404	0.457	0.117
19	REN169D01	52	4	2.533	0.577	0.605	0.047
20	REN169O18	52	6	1.750	0.327	0.428	0.237
21	REN247M23	52	4	1.348	0.269	0.258	-0.042
22	REN54P11	52	6	2.517	0.635	0.603	-0.053
23	REN64E19	52	5	1.834	0.442	0.455	0.028
24	VGL0760	52	7	3.393	0.654	0.705	0.073
25	VGL0910	52	11	5.917	0.904	0.831	-0.088
26	VGL1063	52	5	1.639	0.385	0.390	0.014
27	VGL1165	52	10	4.756	0.712	0.790	0.099
28	VGL1828	52	6	3.763	0.808	0.734	-0.100
29	VGL2009	52	6	2.756	0.712	0.637	-0.117
30	VGL2409	52	8	3.280	0.692	0.695	0.004
31	VGL2918	52	8	4.199	0.827	0.762	-0.085
32	VGL3008	52	8	3.294	0.692	0.696	0.006
33	VGL3235	52	5	2.914	0.692	0.657	-0.054

Mastiff

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	21	6	3.405	0.714	0.706	-0.011
2	AHT137	21	4	2.930	0.571	0.659	0.133
3	AHTH130	21	7	4.102	0.762	0.756	-0.007
4	AHTh171-A	21	7	4.900	0.857	0.796	-0.077
5	AHTh260	21	5	3.486	0.619	0.713	0.132
6	AHTk211	21	3	1.893	0.476	0.472	-0.010
7	AHTk253	21	5	1.881	0.476	0.468	-0.017
8	C22.279	21	4	2.882	0.667	0.653	-0.021
9	FH2001	21	5	3.207	0.667	0.688	0.031
10	FH2054	21	5	2.267	0.429	0.559	0.233
11	FH2848	21	5	2.921	0.810	0.658	-0.231
12	INRA21	21	4	2.051	0.476	0.512	0.071
13	INU005	21	4	1.347	0.238	0.257	0.075
14	INU030	21	3	2.403	0.619	0.584	-0.060
15	INU055	21	3	1.463	0.381	0.316	-0.204
16	LEI004	21	4	2.315	0.714	0.568	-0.257
17	REN105L03	21	4	2.377	0.619	0.579	-0.068
18	REN162C04	21	3	1.334	0.286	0.251	-0.140
19	REN169D01	21	4	2.365	0.571	0.577	0.010
20	REN169O18	21	5	1.857	0.429	0.461	0.071
21	REN247M23	21	2	1.265	0.238	0.210	-0.135
22	REN54P11	21	6	3.031	0.714	0.670	-0.066
23	REN64E19	21	4	2.189	0.667	0.543	-0.228
24	VGL0760	21	7	3.379	0.810	0.704	-0.150
25	VGL0910	21	10	5.582	0.857	0.821	-0.044
26	VGL1063	21	4	1.492	0.286	0.330	0.134
27	VGL1165	21	7	4.027	0.667	0.752	0.113
28	VGL1828	21	6	3.472	0.762	0.712	-0.070
29	VGL2009	21	5	2.836	0.667	0.647	-0.030
30	VGL2409	21	4	2.873	0.762	0.652	-0.169
31	VGL2918	21	7	4.742	0.810	0.789	-0.026
32	VGL3008	21	4	2.714	0.619	0.632	0.020
33	VGL3235	21	5	3.161	0.762	0.684	-0.114

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

English Mastiff

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	52	5	2.909	0.692	0.656	-0.055
2	DLA I-4ACA	52	6	2.700	0.673	0.630	-0.069
3	DLA I-4BCT	52	3	1.990	0.462	0.498	0.072
4	DLA1131	52	5	1.840	0.462	0.457	-0.011
5	5ACA	52	5	2.055	0.481	0.513	0.063
6	5ACT	52	4	2.471	0.615	0.595	-0.034
7	5BCA	52	4	1.580	0.385	0.367	-0.048

Mastiff

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	21	5	3.062	0.857	0.673	-0.273
2	DLA I-4ACA	21	4	2.873	0.857	0.652	-0.315
3	DLA I-4BCT	21	3	2.178	0.667	0.541	-0.233
4	DLA1131	21	3	2.178	0.667	0.541	-0.233
5	5ACA	21	4	2.194	0.667	0.544	-0.225
6	5ACT	21	4	2.513	0.810	0.602	-0.345
7	5BCA	21	3	1.398	0.333	0.285	-0.171

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - English Mastiff

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - English Mastiff

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media