Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Greater Swiss Mountain Dog

Updated Apr 22, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Greater Swiss Mountain Dog (n=59)
1012	388 369 289 188	0.924
1016	382 371 277 178	0.076

DLA2 #	STR types	Greater Swiss Mountain Dog (n=59)
2003	343 324 282	0.924
2066	339 324 280	0.076

#	Locus Name	Allele	Greater Swiss Mountain Dog (n=59)
1	AHT121	96	0.076
		100	0.068
		102	0.415
		104	0.008
		108	0.424
		114	0.008
2	AHT137	131	0.034
		137	0.568
		149	0.042
		151	0.322
		153	0.034
3	AHTH130	117	0.407
		125	0.136
		129	0.415
		139	0.042
4	AHTh171-A	219	0.220
		225	0.449
		229	0.034
		235	0.297
5	AHTh260	238	0.203
		244	0.076
		246	0.602
		250	0.076
		252	0.008
		254	0.034
6	AHTk211	87	0.568
		89	0.229
		91	0.203
7	AHTk253	286	0.551
		288	0.322
		292	0.127
8	C22.279	116	0.763
		118	0.136
		120	0.102
9	FH2001	132	0.805
		140	0.008
		148	0.169
		152	0.017
10	FH2054	148	0.051
		152	0.839
		156	0.076
		164	0.034
11	FH2848	230	0.127
		232	0.246
		238	0.008
		240	0.619
12	INRA21	95	0.186
12	INRA21	101	0.814
13	INU005	124	0.169
		126	0.822
		128	0.008
14	INU030	144	0.254
		150	0.534
		156	0.212
15	INU055	210	1.000
16	LEI004	85	0.610
		95	0.297
		97	0.076
		107	0.017
17	REN105L03	233	0.390
		237	0.203
		241	0.407
18	REN162C04	202	0.008
		204	0.017
		206	0.975
19	REN169D01	216	0.831
19	REN169D01	220	0.169
20	REN169O18	164	0.085
		166	0.008
		168	0.737
		170	0.169
21	REN247M23	268	0.636
21	REN247M23	274	0.364
22	REN54P11	222	0.017
		226	0.915
		234	0.068
23	REN64E19	147	0.076
		149	0.771
		153	0.153
24	VGL0760	12	0.102
		13	0.119
		19.2	0.008
		20.2	0.381
		22.2	0.008
		23.2	0.381
25	VGL0910	16.1	0.008
		18.1	0.771
		19.1	0.025
		20.1	0.169
		21.1	0.025
26	VGL1063	13	0.017
		14	0.780
		15	0.042
		18	0.076
		19	0.076
		20	0.008
27	VGL1165	19	0.449
		20	0.008
		23	0.025
		26	0.034
		27	0.008
		28	0.390
		29	0.085
28	VGL1828	14	0.017
		16	0.017
		18	0.008
		20	0.161
		21	0.432
		22	0.356
		23	0.008
29	VGL2009	9	0.169
		13	0.500
		14	0.305
		15	0.025
30	VGL2409	13	0.017
		15	0.263
		16	0.093
		17	0.127
		18	0.492
		19	0.008
31	VGL2918	12	0.008
		13	0.449
		14	0.246
		16.3	0.008
		17.3	0.288
32	VGL3008	13	0.051
		17	0.051
		18	0.186
		19	0.398
		20	0.220
		21	0.093
33	VGL3235	13	0.102
		14	0.780
		15	0.017
		16	0.051
		18	0.051

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	59	4.121	2.151	0.477	0.476	0.016
	SE		0.263	0.124	0.034	0.033	0.028

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	59	1.857	1.141	0.131	0.121	-0.071
	SE		0.132	0.022	0.020	0.019	0.011

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	59	6	2.758	0.712	0.637	-0.117
2	AHT137	59	5	2.325	0.593	0.570	-0.041
3	AHTH130	59	4	2.793	0.542	0.642	0.155
4	AHTh171-A	59	4	2.946	0.644	0.661	0.025
5	AHTh260	59	6	2.402	0.576	0.584	0.013
6	AHTk211	59	3	2.403	0.593	0.584	-0.016
7	AHTk253	59	3	2.362	0.593	0.577	-0.029
8	C22.279	59	3	1.638	0.458	0.390	-0.175
9	FH2001	59	4	1.477	0.254	0.323	0.212
10	FH2054	59	4	1.402	0.254	0.287	0.113
11	FH2848	59	4	2.177	0.559	0.541	-0.035
12	INRA21	59	2	1.435	0.339	0.303	-0.117
13	INU005	59	3	1.419	0.339	0.295	-0.147
14	INU030	59	3	2.534	0.644	0.605	-0.064
15	INU055	59	1	1.000	0.000	0.000	0.000
16	LEI004	59	4	2.144	0.525	0.534	0.015
17	REN105L03	59	3	2.787	0.695	0.641	-0.084
18	REN162C04	59	3	1.052	0.017	0.050	0.660
19	REN169D01	59	2	1.392	0.237	0.282	0.157
20	REN169O18	59	4	1.725	0.492	0.420	-0.169
21	REN247M23	59	2	1.863	0.525	0.463	-0.134
22	REN54P11	59	3	1.187	0.136	0.157	0.139
23	REN64E19	59	3	1.603	0.424	0.376	-0.126
24	VGL0760	59	6	3.170	0.729	0.685	-0.065
25	VGL0910	59	5	1.600	0.407	0.375	-0.084
26	VGL1063	59	6	1.609	0.356	0.378	0.059
27	VGL1165	59	7	2.756	0.593	0.637	0.069
28	VGL1828	59	7	2.940	0.576	0.660	0.127
29	VGL2009	59	4	2.685	0.610	0.628	0.028
30	VGL2409	59	6	2.978	0.712	0.664	-0.072
31	VGL2918	59	5	2.896	0.458	0.655	0.301
32	VGL3008	59	6	3.909	0.729	0.744	0.021
33	VGL3235	59	5	1.603	0.407	0.376	-0.081

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	59	2	1.164	0.153	0.141	-0.083
2	DLA I-4ACA	59	2	1.164	0.153	0.141	-0.083
3	DLA I-4BCT	59	2	1.164	0.153	0.141	-0.083
4	DLA1131	59	2	1.164	0.153	0.141	-0.083
5	5ACA	59	2	1.164	0.153	0.141	-0.083
6	5ACT	59	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	59	2	1.164	0.153	0.141	-0.083