Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Greater Swiss Mountain Dog

Updated Jan 21, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Greater Swiss Mountain Dog (n=81)
1	AHT121	92	0.031
		96	0.074
		100	0.086
		102	0.358
		104	0.006
		108	0.438
		114	0.006
2	AHT137	131	0.025
		135	0.025
		137	0.593
		149	0.031
		151	0.302
		153	0.025
3	AHTH130	117	0.420
		125	0.179
		129	0.327
		131	0.025
		139	0.049
4	AHTh171-A	219	0.284
		225	0.401
		229	0.049
		235	0.265
5	AHTh260	238	0.167
		244	0.056
		246	0.691
		250	0.056
		252	0.006
		254	0.025
6	AHTk211	87	0.543
		89	0.272
		91	0.185
7	AHTk253	286	0.525
		288	0.358
		292	0.117
8	C22.279	116	0.802
		118	0.117
		120	0.080
9	FH2001	132	0.796
		140	0.006
		148	0.185
		152	0.012
10	FH2054	148	0.037
		152	0.821
		156	0.117
		164	0.025
11	FH2848	230	0.123
		232	0.272
		238	0.031
		240	0.574
12	INRA21	95	0.198
12	INRA21	101	0.802
13	INU005	124	0.142
		126	0.846
		128	0.012
14	INU030	144	0.253
		150	0.531
		156	0.216
15	INU055	210	1.000
16	LEI004	85	0.574
		95	0.321
		97	0.086
		107	0.019
17	REN105L03	233	0.401
		237	0.179
		241	0.420
18	REN162C04	202	0.031
		204	0.012
		206	0.957
19	REN169D01	216	0.864
19	REN169D01	220	0.136
20	REN169O18	164	0.105
		166	0.006
		168	0.698
		170	0.191
21	REN247M23	268	0.599
21	REN247M23	274	0.401
22	REN54P11	222	0.037
		226	0.889
		234	0.074
23	REN64E19	147	0.074
		149	0.790
		153	0.136
24	VGL0760	12	0.080
		13	0.154
		19.2	0.006
		20.2	0.407
		22.2	0.012
		23.2	0.340
25	VGL0910	12	0.037
		16.1	0.006
		17.1	0.025
		18.1	0.710
		19.1	0.025
		20.1	0.167
		21.1	0.031
26	VGL1063	13	0.012
		14	0.759
		15	0.031
		18	0.062
		19	0.099
		20	0.037
27	VGL1165	19	0.469
		20	0.006
		23	0.037
		26	0.031
		27	0.006
		28	0.370
		29	0.080
28	VGL1828	14	0.056
		16	0.019
		18	0.006
		20	0.136
		21	0.463
		22	0.315
		23	0.006
29	VGL2009	9	0.142
		13	0.543
		14	0.284
		15	0.031
30	VGL2409	13	0.012
		15	0.222
		16	0.111
		17	0.167
		18	0.475
		19	0.006
		20	0.006
31	VGL2918	12	0.006
		13	0.438
		14	0.204
		16.3	0.006
		17.3	0.346
32	VGL3008	13	0.068
		14	0.006
		17	0.056
		18	0.148
		19	0.352
		20	0.241
		21	0.130
33	VGL3235	13	0.105
		14	0.741
		15	0.012
		16	0.093
		18	0.049

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	81	4.333	2.203	0.484	0.485	0.011
	SE		0.302	0.134	0.034	0.033	0.018

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	81	2.286	1.137	0.127	0.119	-0.064
	SE		0.171	0.017	0.015	0.014	0.007

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	81	7	2.992	0.704	0.666	-0.057
2	AHT137	81	6	2.245	0.568	0.555	-0.024
3	AHTH130	81	5	3.141	0.605	0.682	0.113
4	AHTh171-A	81	4	3.180	0.667	0.685	0.027
5	AHTh260	81	6	1.951	0.457	0.487	0.063
6	AHTk211	81	3	2.481	0.617	0.597	-0.034
7	AHTk253	81	3	2.397	0.617	0.583	-0.059
8	C22.279	81	3	1.506	0.383	0.336	-0.140
9	FH2001	81	4	1.496	0.309	0.331	0.069
10	FH2054	81	4	1.450	0.235	0.310	0.244
11	FH2848	81	4	2.384	0.593	0.580	-0.021
12	INRA21	81	2	1.464	0.296	0.317	0.065
13	INU005	81	3	1.360	0.296	0.265	-0.120
14	INU030	81	3	2.547	0.667	0.607	-0.097
15	INU055	81	1	1.000	0.000	0.000	0.000
16	LEI004	81	4	2.271	0.556	0.560	0.007
17	REN105L03	81	3	2.708	0.679	0.631	-0.076
18	REN162C04	81	3	1.091	0.062	0.083	0.260
19	REN169D01	81	2	1.307	0.198	0.235	0.158
20	REN169O18	81	4	1.872	0.506	0.466	-0.087
21	REN247M23	81	2	1.925	0.506	0.480	-0.053
22	REN54P11	81	3	1.255	0.185	0.203	0.088
23	REN64E19	81	3	1.543	0.395	0.352	-0.123
24	VGL0760	81	6	3.208	0.741	0.688	-0.076
25	VGL0910	81	7	1.868	0.494	0.465	-0.063
26	VGL1063	81	6	1.688	0.420	0.407	-0.030
27	VGL1165	81	7	2.731	0.580	0.634	0.085
28	VGL1828	81	7	2.982	0.605	0.665	0.090
29	VGL2009	81	4	2.520	0.531	0.603	0.120
30	VGL2409	81	7	3.168	0.741	0.684	-0.082
31	VGL2918	81	5	2.832	0.519	0.647	0.198
32	VGL3008	81	7	4.381	0.778	0.772	-0.008
33	VGL3235	81	5	1.752	0.457	0.429	-0.064

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	81	3	1.176	0.160	0.150	-0.071
2	DLA I-4ACA	81	2	1.131	0.123	0.116	-0.066
3	DLA I-4BCT	81	2	1.131	0.123	0.116	-0.066
4	DLA1131	81	3	1.176	0.160	0.150	-0.071
5	5ACA	81	2	1.131	0.123	0.116	-0.066
6	5ACT	81	2	1.038	0.037	0.036	-0.019
7	5BCA	81	2	1.173	0.160	0.148	-0.087