Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Greater Swiss Mountain Dog

Updated Jun 28, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Greater Swiss Mountain Dog (n=88)
1	AHT121	92	0.040
		96	0.068
		100	0.085
		102	0.364
		104	0.006
		108	0.432
		114	0.006
2	AHT137	131	0.023
		135	0.023
		137	0.602
		149	0.028
		151	0.295
		153	0.028
3	AHTH130	117	0.398
		125	0.199
		129	0.324
		131	0.034
		139	0.045
4	AHTh171-A	219	0.278
		225	0.398
		229	0.045
		235	0.278
5	AHTh260	238	0.153
		244	0.051
		246	0.716
		250	0.051
		252	0.006
		254	0.023
6	AHTk211	87	0.540
		89	0.273
		91	0.188
7	AHTk253	286	0.517
		288	0.369
		292	0.114
8	C22.279	116	0.818
		118	0.108
		120	0.074
9	FH2001	132	0.790
		140	0.006
		148	0.193
		152	0.011
10	FH2054	148	0.034
		152	0.818
		156	0.119
		164	0.028
11	FH2848	230	0.125
		232	0.273
		238	0.028
		240	0.563
		242	0.011
12	INRA21	95	0.210
12	INRA21	101	0.790
13	INU005	124	0.131
		126	0.858
		128	0.011
14	INU030	144	0.250
		150	0.540
		156	0.210
15	INU055	210	1.000
16	LEI004	85	0.574
		95	0.330
		97	0.080
		107	0.017
17	REN105L03	233	0.398
		237	0.182
		241	0.420
18	REN162C04	202	0.034
		204	0.017
		206	0.949
19	REN169D01	216	0.875
19	REN169D01	220	0.125
20	REN169O18	164	0.119
		166	0.006
		168	0.676
		170	0.199
21	REN247M23	268	0.585
21	REN247M23	274	0.415
22	REN54P11	222	0.040
		226	0.886
		234	0.074
23	REN64E19	147	0.102
		149	0.767
		153	0.131
24	VGL0760	12	0.091
		13	0.142
		19.2	0.006
		20.2	0.420
		22.2	0.023
		23.2	0.318
25	VGL0910	12	0.034
		16.1	0.006
		17.1	0.023
		18.1	0.727
		19.1	0.023
		20.1	0.159
		21.1	0.028
26	VGL1063	13	0.011
		14	0.773
		15	0.028
		18	0.057
		19	0.097
		20	0.034
27	VGL1165	19	0.494
		20	0.006
		23	0.034
		26	0.028
		27	0.006
		28	0.352
		29	0.080
28	VGL1828	14	0.057
		16	0.017
		18	0.006
		20	0.148
		21	0.449
		22	0.318
		23	0.006
29	VGL2009	9	0.142
		13	0.557
		14	0.273
		15	0.028
30	VGL2409	13	0.011
		15	0.227
		16	0.102
		17	0.165
		18	0.483
		19	0.006
		20	0.006
31	VGL2918	12	0.006
		13	0.432
		14	0.205
		16.3	0.006
		17.3	0.352
32	VGL3008	13	0.068
		14	0.006
		17	0.063
		18	0.142
		19	0.330
		20	0.256
		21	0.136
33	VGL3235	13	0.097
		14	0.739
		15	0.011
		16	0.102
		17	0.006
		18	0.045

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	88	4.394	2.207	0.485	0.485	0.007
	SE		0.306	0.137	0.034	0.033	0.017

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	88	2.286	1.140	0.130	0.122	-0.064
	SE		0.171	0.017	0.015	0.014	0.007

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	88	7	3.010	0.705	0.668	-0.055
2	AHT137	88	6	2.209	0.568	0.547	-0.038
3	AHTH130	88	5	3.270	0.614	0.694	0.116
4	AHTh171-A	88	4	3.172	0.670	0.685	0.021
5	AHTh260	88	6	1.846	0.420	0.458	0.082
6	AHTk211	88	3	2.494	0.602	0.599	-0.005
7	AHTk253	88	3	2.400	0.625	0.583	-0.071
8	C22.279	88	3	1.457	0.352	0.313	-0.124
9	FH2001	88	4	1.512	0.330	0.339	0.027
10	FH2054	88	4	1.459	0.250	0.314	0.205
11	FH2848	88	5	2.455	0.625	0.593	-0.055
12	INRA21	88	2	1.497	0.307	0.332	0.076
13	INU005	88	3	1.328	0.273	0.247	-0.105
14	INU030	88	3	2.512	0.670	0.602	-0.114
15	INU055	88	1	1.000	0.000	0.000	0.000
16	LEI004	88	4	2.250	0.580	0.555	-0.043
17	REN105L03	88	3	2.717	0.705	0.632	-0.115
18	REN162C04	88	3	1.109	0.080	0.098	0.190
19	REN169D01	88	2	1.280	0.182	0.219	0.169
20	REN169O18	88	4	1.957	0.511	0.489	-0.046
21	REN247M23	88	2	1.944	0.511	0.485	-0.053
22	REN54P11	88	3	1.262	0.193	0.207	0.068
23	REN64E19	88	3	1.624	0.409	0.384	-0.065
24	VGL0760	88	6	3.257	0.739	0.693	-0.066
25	VGL0910	88	7	1.794	0.466	0.443	-0.052
26	VGL1063	88	6	1.635	0.398	0.388	-0.024
27	VGL1165	88	7	2.654	0.568	0.623	0.088
28	VGL1828	88	7	3.048	0.591	0.672	0.121
29	VGL2009	88	4	2.467	0.534	0.595	0.102
30	VGL2409	88	7	3.099	0.739	0.677	-0.091
31	VGL2918	88	5	2.837	0.534	0.648	0.175
32	VGL3008	88	7	4.518	0.795	0.779	-0.022
33	VGL3235	88	6	1.762	0.466	0.432	-0.077

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	88	3	1.189	0.170	0.159	-0.071
2	DLA I-4ACA	88	2	1.120	0.114	0.107	-0.060
3	DLA I-4BCT	88	2	1.120	0.114	0.107	-0.060
4	DLA1131	88	3	1.189	0.170	0.159	-0.071
5	5ACA	88	2	1.120	0.114	0.107	-0.060
6	5ACT	88	2	1.058	0.057	0.055	-0.029
7	5BCA	88	2	1.185	0.170	0.156	-0.093