Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Sep 18, 2026

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1176)
1003	387 375 277 186	0.0387
1006	387 375 293 180	0.0553
1009	382 377 277 184	0.0004
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0111
1014	375 373 287 178	0.0183
1016	382 371 277 178	0.1926
1017	386 373 289 178	0.0009
1018	375 373 287 186	0.0068
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0357
1030	380 373 293 178	0.0026
1033	382 379 277 181	0.0013
1035	386 373 277 184	0.0038
1040	380 371 277 186	0.0157
1052	380 372 289 184	0.0089
1054	382 379 277 184	0.1229
1062	382 371 277 183	0.0004
1068	380 373 287 181	0.0128
1071	380 373 277 178	0.0004
1084	376 373 277 184	0.0013
1087	380 371 277 178	0.0034
1092	376 379 277 181	0.0961
1093	386 379 277 180	0.0136
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0026
1114	380 373 287 183	0.0170
1115	386 371 277 182	0.0923
1116	380 365 289 186	0.1080
1117	376 373 277 180	0.0476
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0047
1123	386 379 277 184	0.0013
1124	388 373 289 178	0.0055
1125	393 383 277 185	0.0217
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0013
1133	378 365 287 172	0.0170
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0004
1140	376 379 301 180	0.0038
1142	376 379 277 180	0.0047
1147	391 375 293 180	0.0026
1148	376 375 277 180	0.0021
1154	376 365 281 183	0.0098
1155	388 369 287 184	0.0004
1173	392 371 277 186	0.0038
1180	386 371 277 181	0.0004
1260	387 379 277 184	0.0004
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0009
1300	388 369 260 184	0.0004

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1176)
2001	343 324 284	0.0429
2003	343 324 282	0.2139
2005	339 322 280	0.0026
2006	339 325 280	0.0013
2007	351 327 280	0.0578
2008	339 327 276	0.0004
2011	345 322 284	0.0004
2012	345 322 280	0.0026
2014	339 322 284	0.0034
2016	339 323 284	0.0264
2017	343 322 280	0.0098
2018	339 324 284	0.0251
2021	339 324 268	0.0047
2022	339 327 282	0.1156
2023	341 323 282	0.0026
2024	343 323 280	0.0034
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0183
2033	339 323 282	0.0013
2035	341 323 280	0.0021
2037	341 327 280	0.0183
2040	345 327 280	0.0038
2053	343 324 280	0.0285
2066	339 324 280	0.1641
2068	339 327 284	0.0004
2070	347 324 282	0.1076
2071	339 322 286	0.0047
2072	339 325 282	0.0170
2073	339 327 286	0.0085
2074	341 324 284	0.0476
2075	341 327 282	0.0366
2076	345 322 282	0.0055
2077	347 325 286	0.0170
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0038
2087	347 324 280	0.0004

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1197)
1	AHT121	88	0.0004
		92	0.1061
		94	0.0769
		96	0.0021
		98	0.0096
		100	0.0472
		102	0.1061
		104	0.5305
		106	0.0347
		108	0.0823
		110	0.0013
		112	0.0029
2	AHT137	131	0.2335
		133	0.0622
		137	0.0819
		139	0.0401
		141	0.1788
		143	0.1124
		145	0.0079
		147	0.1992
		149	0.0639
		151	0.0192
		155	0.0008
3	AHTH130	117	0.0359
		119	0.2669
		121	0.0501
		123	0.0313
		125	0.3663
		127	0.1855
		129	0.0409
		131	0.0201
		133	0.0029
4	AHTh171-A	217	0.0017
		219	0.1621
		221	0.0013
		225	0.2552
		227	0.0292
		229	0.1867
		231	0.2769
		233	0.0205
		235	0.0384
		237	0.0280
5	AHTh260	238	0.1236
		242	0.0134
		244	0.2335
		246	0.2882
		248	0.2043
		250	0.1057
		252	0.0025
		254	0.0272
		258	0.0017
6	AHTk211	87	0.4745
		89	0.2256
		91	0.1458
		95	0.1429
		97	0.0113
7	AHTk253	284	0.0117
		286	0.0693
		288	0.6441
		290	0.0489
		292	0.2260
8	C22.279	116	0.1032
		118	0.2122
		120	0.0050
		122	0.0171
		124	0.2306
		126	0.1328
		128	0.0008
		130	0.2982
9	FH2001	124	0.0405
		128	0.0092
		132	0.4123
		136	0.0113
		140	0.0109
		144	0.4532
		148	0.0514
		152	0.0096
		158	0.0017
10	FH2054	148	0.0159
		152	0.0844
		156	0.2515
		160	0.1984
		164	0.0881
		168	0.1458
		172	0.1103
		176	0.1023
		180	0.0029
		184	0.0004
11	FH2848	230	0.0138
		232	0.3043
		234	0.0485
		236	0.0819
		238	0.0464
		240	0.2337
		242	0.2613
		244	0.0059
		246	0.0042
12	INRA21	91	0.1374
		95	0.0990
		97	0.3755
		99	0.0501
		101	0.1775
		103	0.1495
		105	0.0109
13	INU005	106	0.0008
		110	0.0309
		122	0.0134
		124	0.5877
		126	0.2176
		128	0.0088
		132	0.0276
		134	0.0038
		138	0.1094
14	INU030	144	0.6332
		146	0.0393
		148	0.0238
		150	0.1274
		152	0.1617
		154	0.0134
		156	0.0013
15	INU055	210	0.3739
		212	0.2059
		214	0.1007
		216	0.1295
		218	0.1846
		222	0.0054
16	LEI004	83	0.0004
		85	0.6416
		93	0.0004
		95	0.2260
		97	0.0134
		101	0.0017
		105	0.0004
		107	0.1090
		109	0.0071
17	REN105L03	227	0.0221
		229	0.0180
		231	0.2093
		233	0.0923
		235	0.0033
		237	0.1905
		239	0.0113
		241	0.4474
		245	0.0058
18	REN162C04	200	0.0347
		202	0.2201
		204	0.0489
		206	0.3968
		208	0.1282
		210	0.1713
19	REN169D01	202	0.0689
		204	0.0008
		210	0.1675
		212	0.0522
		214	0.0267
		216	0.4202
		218	0.0706
		220	0.1930
20	REN169O18	160	0.0706
		162	0.2043
		164	0.0430
		166	0.2314
		168	0.1855
		170	0.2348
		172	0.0305
21	REN247M23	266	0.0004
		268	0.4106
		270	0.1032
		272	0.1658
		274	0.0188
		276	0.2715
		278	0.0297
22	REN54P11	222	0.1692
		226	0.2665
		228	0.1111
		232	0.0902
		234	0.0597
		236	0.0405
		238	0.2627
23	REN64E19	139	0.1416
		143	0.0134
		145	0.0977
		147	0.3108
		149	0.0150
		151	0.0038
		153	0.3997
		155	0.0175
		157	0.0004
24	VGL0760	12	0.0317
		13	0.0610
		14	0.1032
		15	0.0096
		18.2	0.0973
		19.2	0.0025
		20.2	0.0167
		21.2	0.2335
		22.2	0.1708
		23.2	0.1612
		24.2	0.0501
		25.2	0.0292
		26.2	0.0326
		27.2	0.0004
25	VGL0910	13	0.0038
		14	0.0096
		16.1	0.0919
		17	0.0063
		17.1	0.1011
		18	0.0246
		18.1	0.0618
		19.1	0.1700
		20.1	0.0405
		20.3	0.0050
		21.1	0.3145
		22	0.0326
		22.1	0.1061
		23	0.0155
		23.1	0.0167
26	VGL1063	8	0.0234
		12	0.0844
		13	0.0397
		14	0.1976
		15	0.1032
		16	0.0071
		17	0.0877
		18	0.0689
		19	0.0439
		20	0.0860
		21	0.0894
		22	0.1562
		23	0.0125
27	VGL1165	14	0.0008
		15	0.0004
		16	0.0058
		17	0.0292
		18	0.1115
		19	0.0155
		20	0.0288
		21	0.1124
		22	0.0004
		23	0.0246
		25	0.0038
		26	0.3534
		27	0.0706
		28	0.1738
		29	0.0079
		30	0.0113
		31	0.0234
		32	0.0104
		33	0.0150
		34	0.0008
28	VGL1828	15	0.0146
		16	0.3087
		17	0.0050
		18	0.0213
		19	0.0322
		19.3	0.0029
		20	0.1090
		20.3	0.0004
		21	0.3601
		22	0.0635
		23	0.0815
		24	0.0008
29	VGL2009	9	0.0021
		10	0.0025
		11	0.1458
		12	0.0255
		13	0.2139
		14	0.2289
		15	0.2945
		16	0.0856
		17	0.0013
30	VGL2409	14	0.0117
		15	0.0702
		16	0.3266
		17	0.3246
		18	0.2130
		19	0.0029
		20	0.0418
		21	0.0092
31	VGL2918	12	0.0447
		13	0.2807
		14	0.1491
		15	0.0685
		16	0.0109
		16.3	0.0054
		17.3	0.0109
		18.3	0.0668
		19.3	0.0409
		20.3	0.0305
		21.3	0.0668
		22.3	0.2164
		23.3	0.0084
32	VGL3008	10	0.0004
		13	0.1282
		14	0.0084
		15	0.0706
		16	0.0263
		17	0.1099
		18	0.1537
		19	0.1771
		20	0.2038
		21	0.1040
		22	0.0104
		23	0.0071
33	VGL3235	11	0.0113
		12	0.0180
		13	0.1261
		14	0.2786
		15	0.3434
		16	0.0288
		17	0.0397
		18	0.0660
		19	0.0835
		20	0.0046

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1196	9.515	4.476	0.730	0.748	0.023
	SE		0.535	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1196	8.857	3.839	0.669	0.690	0.031
	SE		0.999	0.600	0.047	0.047	0.005

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1196	12	3.124	0.675	0.680	0.007
2	AHT137	1196	11	6.430	0.832	0.844	0.015
3	AHTH130	1196	9	4.053	0.715	0.753	0.051
4	AHTh171-A	1196	10	4.843	0.785	0.793	0.010
5	AHTh260	1196	9	4.838	0.769	0.793	0.030
6	AHTk211	1196	5	3.146	0.652	0.682	0.045
7	AHTk253	1196	5	2.113	0.485	0.527	0.080
8	C22.279	1196	8	4.635	0.757	0.784	0.035
9	FH2001	1196	9	2.631	0.626	0.620	-0.009
10	FH2054	1196	10	6.187	0.832	0.838	0.007
11	FH2848	1196	9	4.406	0.753	0.773	0.027
12	INRA21	1196	7	4.421	0.744	0.774	0.039
13	INU005	1196	9	2.459	0.594	0.593	-0.001
14	INU030	1196	7	2.244	0.546	0.554	0.016
15	INU055	1196	6	4.112	0.729	0.757	0.036
16	LEI004	1196	9	2.106	0.534	0.525	-0.017
17	REN105L03	1196	9	3.452	0.684	0.710	0.037
18	REN162C04	1196	6	3.917	0.730	0.745	0.020
19	REN169D01	1196	8	3.921	0.734	0.745	0.015
20	REN169O18	1196	7	5.194	0.793	0.807	0.018
21	REN247M23	1196	7	3.550	0.703	0.718	0.021
22	REN54P11	1196	7	5.145	0.773	0.806	0.041
23	REN64E19	1196	9	3.488	0.712	0.713	0.002
24	VGL0760	1196	14	7.176	0.851	0.861	0.011
25	VGL0910	1196	15	6.039	0.814	0.834	0.025
26	VGL1063	1196	13	8.826	0.876	0.887	0.012
27	VGL1165	1196	20	5.297	0.762	0.811	0.061
28	VGL1828	1196	12	4.012	0.764	0.751	-0.017
29	VGL2009	1196	9	4.671	0.759	0.786	0.035
30	VGL2409	1196	8	3.783	0.713	0.736	0.030
31	VGL2918	1196	13	6.009	0.825	0.834	0.010
32	VGL3008	1196	12	7.053	0.849	0.858	0.011
33	VGL3235	1196	10	4.432	0.733	0.774	0.054

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1196	12	5.040	0.783	0.802	0.024
2	DLA I-4ACA	1196	12	4.701	0.759	0.787	0.036
3	DLA I-4BCT	1196	8	2.041	0.501	0.510	0.018
4	DLA1131	1196	11	6.661	0.833	0.850	0.020
5	5ACA	1196	6	3.584	0.700	0.721	0.029
6	5ACT	1196	5	2.132	0.501	0.531	0.057
7	5BCA	1196	8	2.711	0.609	0.631	0.035

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media