Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Nov 2, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1138)
1003	387 375 277 186	0.0444
1006	387 375 293 180	0.0510
1009	382 377 277 184	0.0004
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0110
1014	375 373 287 178	0.0189
1016	382 371 277 178	0.1929
1017	386 373 289 178	0.0004
1018	375 373 287 186	0.0066
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0356
1030	380 373 293 178	0.0026
1033	382 379 277 181	0.0013
1035	386 373 277 184	0.0040
1040	380 371 277 186	0.0154
1052	380 372 289 184	0.0092
1054	382 379 277 184	0.1221
1062	382 371 277 183	0.0004
1068	380 373 287 181	0.0132
1071	380 373 277 178	0.0004
1084	376 373 277 184	0.0013
1087	380 371 277 178	0.0031
1092	376 379 277 181	0.0971
1093	386 379 277 180	0.0141
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0031
1114	380 373 287 183	0.0171
1115	386 371 277 182	0.0945
1116	380 365 289 186	0.1046
1117	376 373 277 180	0.0483
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0048
1123	386 379 277 184	0.0013
1124	388 373 289 178	0.0057
1125	393 383 277 185	0.0202
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0171
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0004
1140	376 379 301 180	0.0040
1142	376 379 277 180	0.0040
1147	391 375 293 180	0.0026
1148	376 375 277 180	0.0022
1154	376 365 281 183	0.0088
1155	388 369 287 184	0.0004
1173	392 371 277 186	0.0035
1180	386 371 277 181	0.0004
1260	387 379 277 184	0.0004
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0009
1300	388 369 260 184	0.0004

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1138)
2001	343 324 284	0.0483
2003	343 324 282	0.2162
2005	339 322 280	0.0022
2006	339 325 280	0.0013
2007	351 327 280	0.0536
2008	339 327 276	0.0004
2011	345 322 284	0.0004
2012	345 322 280	0.0026
2014	339 322 284	0.0035
2016	339 323 284	0.0250
2017	343 322 280	0.0101
2018	339 324 284	0.0255
2021	339 324 268	0.0044
2022	339 327 282	0.1156
2023	341 323 282	0.0026
2024	343 323 280	0.0040
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0180
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0022
2037	341 327 280	0.0189
2040	345 327 280	0.0035
2053	343 324 280	0.0286
2066	339 324 280	0.1639
2068	339 327 284	0.0004
2070	347 324 282	0.1041
2071	339 322 286	0.0048
2072	339 325 282	0.0171
2073	339 327 286	0.0079
2074	341 324 284	0.0488
2075	341 327 282	0.0360
2076	345 322 282	0.0057
2077	347 325 286	0.0171
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0040
2087	347 324 280	0.0004

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1138)
1	AHT121	92	0.1059
		94	0.0756
		96	0.0022
		98	0.0097
		100	0.0461
		102	0.1041
		104	0.5369
		106	0.0356
		108	0.0795
		110	0.0013
		112	0.0031
2	AHT137	131	0.2333
		133	0.0624
		137	0.0813
		139	0.0404
		141	0.1757
		143	0.1112
		145	0.0079
		147	0.2008
		149	0.0659
		151	0.0202
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0373
		119	0.2627
		121	0.0501
		123	0.0316
		125	0.3647
		127	0.1880
		129	0.0417
		131	0.0207
		133	0.0031
4	AHTh171-A	217	0.0018
		219	0.1586
		221	0.0013
		225	0.2575
		227	0.0290
		229	0.1894
		231	0.2786
		233	0.0185
		235	0.0373
		237	0.0281
5	AHTh260	238	0.1248
		242	0.0141
		244	0.2289
		246	0.2878
		248	0.2061
		250	0.1059
		252	0.0026
		254	0.0281
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4706
		89	0.2293
		91	0.1481
		95	0.1406
		97	0.0114
7	AHTk253	284	0.0123
		286	0.0703
		288	0.6375
		290	0.0492
		292	0.2307
8	C22.279	116	0.1028
		118	0.2162
		120	0.0053
		122	0.0163
		124	0.2228
		126	0.1340
		128	0.0009
		130	0.3018
9	FH2001	124	0.0373
		128	0.0088
		132	0.4161
		136	0.0110
		140	0.0105
		144	0.4525
		148	0.0518
		152	0.0101
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0163
		152	0.0839
		156	0.2526
		160	0.1960
		164	0.0901
		168	0.1450
		172	0.1098
		176	0.1028
		180	0.0031
		184	0.0004
11	FH2848	230	0.0145
		232	0.3023
		234	0.0505
		236	0.0822
		238	0.0483
		240	0.2342
		242	0.2583
		244	0.0053
		246	0.0044
12	INRA21	91	0.1362
		95	0.1011
		97	0.3735
		99	0.0501
		101	0.1784
		103	0.1503
		105	0.0105
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0312
		122	0.0141
		124	0.5879
		126	0.2179
		128	0.0088
		132	0.0277
		134	0.0040
		138	0.1076
14	INU030	144	0.6344
		146	0.0373
		148	0.0237
		150	0.1279
		152	0.1612
		154	0.0141
		156	0.0013
15	INU055	210	0.3765
		212	0.2074
		214	0.1015
		216	0.1283
		218	0.1819
		222	0.0044
16	LEI004	83	0.0004
		85	0.6397
		93	0.0004
		95	0.2236
		97	0.0141
		101	0.0018
		105	0.0004
		107	0.1120
		109	0.0075
17	REN105L03	227	0.0228
		229	0.0171
		231	0.2087
		233	0.0931
		235	0.0035
		237	0.1933
		239	0.0110
		241	0.4442
		245	0.0062
18	REN162C04	200	0.0351
		202	0.2201
		204	0.0496
		206	0.3941
		208	0.1309
		210	0.1700
19	REN169D01	202	0.0672
		204	0.0009
		210	0.1714
		212	0.0523
		214	0.0272
		216	0.4200
		218	0.0699
		220	0.1911
20	REN169O18	160	0.0707
		162	0.2074
		164	0.0422
		166	0.2342
		168	0.1837
		170	0.2298
		172	0.0321
21	REN247M23	266	0.0004
		268	0.4091
		270	0.1050
		272	0.1652
		274	0.0176
		276	0.2724
		278	0.0303
22	REN54P11	222	0.1696
		226	0.2680
		228	0.1112
		232	0.0918
		234	0.0593
		236	0.0409
		238	0.2592
23	REN64E19	139	0.1419
		143	0.0132
		145	0.0967
		147	0.3071
		149	0.0145
		151	0.0040
		153	0.4042
		155	0.0180
		157	0.0004
24	VGL0760	12	0.0330
		13	0.0606
		14	0.1033
		15	0.0097
		18.2	0.0975
		19.2	0.0026
		20.2	0.0176
		21.2	0.2346
		22.2	0.1705
		23.2	0.1595
		24.2	0.0505
		25.2	0.0286
		26.2	0.0316
		27.2	0.0004
25	VGL0910	13	0.0040
		14	0.0097
		16.1	0.0940
		17	0.0066
		17.1	0.1011
		18	0.0250
		18.1	0.0611
		19.1	0.1687
		20.1	0.0413
		20.3	0.0048
		21.1	0.3120
		22	0.0325
		22.1	0.1072
		23	0.0154
		23.1	0.0167
26	VGL1063	8	0.0246
		12	0.0835
		13	0.0404
		14	0.1973
		15	0.1041
		16	0.0070
		17	0.0861
		18	0.0703
		19	0.0444
		20	0.0844
		21	0.0870
		22	0.1582
		23	0.0127
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0004
		16	0.0057
		17	0.0299
		18	0.1085
		19	0.0154
		20	0.0299
		21	0.1129
		22	0.0004
		23	0.0250
		25	0.0035
		26	0.3524
		27	0.0716
		28	0.1749
		29	0.0079
		30	0.0110
		31	0.0237
		32	0.0101
		33	0.0154
		34	0.0004
28	VGL1828	15	0.0149
		16	0.3058
		17	0.0048
		18	0.0224
		19	0.0312
		19.3	0.0026
		20	0.1081
		20.3	0.0004
		21	0.3603
		22	0.0650
		23	0.0835
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0022
		10	0.0026
		11	0.1454
		12	0.0255
		13	0.2157
		14	0.2285
		15	0.2917
		16	0.0870
		17	0.0013
30	VGL2409	14	0.0123
		15	0.0703
		16	0.3260
		17	0.3216
		18	0.2162
		19	0.0031
		20	0.0413
		21	0.0092
31	VGL2918	12	0.0453
		13	0.2834
		14	0.1494
		15	0.0672
		16	0.0110
		16.3	0.0048
		17.3	0.0110
		18.3	0.0681
		19.3	0.0417
		20.3	0.0290
		21.3	0.0681
		22.3	0.2127
		23.3	0.0083
32	VGL3008	10	0.0004
		13	0.1270
		14	0.0083
		15	0.0707
		16	0.0255
		17	0.1076
		18	0.1551
		19	0.1788
		20	0.2043
		21	0.1041
		22	0.0105
		23	0.0075
33	VGL3235	11	0.0110
		12	0.0180
		13	0.1265
		14	0.2733
		15	0.3467
		16	0.0294
		17	0.0404
		18	0.0663
		19	0.0839
		20	0.0044

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1138	9.485	4.484	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1138	8.857	3.822	0.667	0.689	0.033
	SE		0.999	0.597	0.048	0.048	0.004

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1138	11	3.069	0.666	0.674	0.012
2	AHT137	1138	11	6.454	0.831	0.845	0.016
3	AHTH130	1138	9	4.091	0.719	0.756	0.049
4	AHTh171-A	1138	10	4.801	0.786	0.792	0.007
5	AHTh260	1138	9	4.867	0.769	0.795	0.032
6	AHTk211	1138	5	3.166	0.656	0.684	0.041
7	AHTk253	1138	5	2.141	0.489	0.533	0.081
8	C22.279	1138	8	4.624	0.751	0.784	0.041
9	FH2001	1138	9	2.615	0.620	0.618	-0.003
10	FH2054	1138	10	6.199	0.832	0.839	0.008
11	FH2848	1138	9	4.447	0.757	0.775	0.024
12	INRA21	1138	7	4.439	0.748	0.775	0.035
13	INU005	1138	9	2.459	0.593	0.593	0.000
14	INU030	1138	7	2.237	0.545	0.553	0.015
15	INU055	1138	6	4.087	0.728	0.755	0.036
16	LEI004	1138	9	2.118	0.533	0.528	-0.010
17	REN105L03	1138	9	3.473	0.686	0.712	0.036
18	REN162C04	1138	6	3.944	0.736	0.746	0.014
19	REN169D01	1138	8	3.919	0.737	0.745	0.010
20	REN169O18	1138	7	5.203	0.793	0.808	0.019
21	REN247M23	1138	7	3.558	0.703	0.719	0.022
22	REN54P11	1138	7	5.161	0.772	0.806	0.042
23	REN64E19	1138	9	3.473	0.709	0.712	0.004
24	VGL0760	1138	14	7.181	0.849	0.861	0.014
25	VGL0910	1138	15	6.093	0.817	0.836	0.022
26	VGL1063	1138	13	8.833	0.877	0.887	0.011
27	VGL1165	1138	20	5.314	0.759	0.812	0.065
28	VGL1828	1138	12	4.033	0.769	0.752	-0.022
29	VGL2009	1138	9	4.690	0.758	0.787	0.036
30	VGL2409	1138	8	3.797	0.716	0.737	0.028
31	VGL2918	1138	13	6.002	0.827	0.833	0.008
32	VGL3008	1138	12	7.031	0.849	0.858	0.010
33	VGL3235	1138	10	4.439	0.734	0.775	0.053

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1138	12	5.024	0.780	0.801	0.026
2	DLA I-4ACA	1138	12	4.671	0.757	0.786	0.036
3	DLA I-4BCT	1138	8	2.026	0.494	0.507	0.025
4	DLA1131	1138	11	6.630	0.832	0.849	0.020
5	5ACA	1138	6	3.565	0.697	0.719	0.031
6	5ACT	1138	5	2.121	0.498	0.529	0.057
7	5BCA	1138	8	2.717	0.609	0.632	0.036

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media