Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Sep 9, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1125)
1003	387 375 277 186	0.0440
1006	387 375 293 180	0.0507
1009	382 377 277 184	0.0004
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0111
1014	375 373 287 178	0.0191
1016	382 371 277 178	0.1924
1017	386 373 289 178	0.0004
1018	375 373 287 186	0.0067
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0360
1030	380 373 293 178	0.0027
1033	382 379 277 181	0.0013
1035	386 373 277 184	0.0040
1040	380 371 277 186	0.0156
1052	380 372 289 184	0.0093
1054	382 379 277 184	0.1227
1062	382 371 277 183	0.0004
1068	380 373 287 181	0.0124
1071	380 373 277 178	0.0004
1084	376 373 277 184	0.0013
1087	380 371 277 178	0.0031
1092	376 379 277 181	0.0964
1093	386 379 277 180	0.0142
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0031
1114	380 373 287 183	0.0173
1115	386 371 277 182	0.0933
1116	380 365 289 186	0.1053
1117	376 373 277 180	0.0489
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0049
1123	386 379 277 184	0.0013
1124	388 373 289 178	0.0058
1125	393 383 277 185	0.0204
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0173
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0004
1140	376 379 301 180	0.0040
1142	376 379 277 180	0.0040
1147	391 375 293 180	0.0027
1148	376 375 277 180	0.0022
1154	376 365 281 183	0.0089
1155	388 369 287 184	0.0004
1173	392 371 277 186	0.0031
1180	386 371 277 181	0.0004
1260	387 379 277 184	0.0004
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0009

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1125)
2001	343 324 284	0.0480
2003	343 324 282	0.2147
2005	339 322 280	0.0022
2006	339 325 280	0.0013
2007	351 327 280	0.0533
2008	339 327 276	0.0004
2011	345 322 284	0.0004
2012	345 322 280	0.0027
2014	339 322 284	0.0036
2016	339 323 284	0.0253
2017	343 322 280	0.0098
2018	339 324 284	0.0258
2021	339 324 268	0.0044
2022	339 327 282	0.1160
2023	341 323 282	0.0027
2024	343 323 280	0.0040
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0182
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0022
2037	341 327 280	0.0191
2040	345 327 280	0.0031
2053	343 324 280	0.0280
2066	339 324 280	0.1631
2068	339 327 284	0.0004
2070	347 324 282	0.1049
2071	339 322 286	0.0049
2072	339 325 282	0.0173
2073	339 327 286	0.0080
2074	341 324 284	0.0493
2075	341 327 282	0.0364
2076	345 322 282	0.0058
2077	347 325 286	0.0173
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0040
2087	347 324 280	0.0004

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1127)
1	AHT121	92	0.1051
		94	0.0745
		96	0.0018
		98	0.0098
		100	0.0466
		102	0.1038
		104	0.5382
		106	0.0359
		108	0.0799
		110	0.0013
		112	0.0031
2	AHT137	131	0.2325
		133	0.0630
		137	0.0794
		139	0.0399
		141	0.1757
		143	0.1118
		145	0.0080
		147	0.2028
		149	0.0665
		151	0.0195
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0364
		119	0.2613
		121	0.0506
		123	0.0319
		125	0.3656
		127	0.1886
		129	0.0417
		131	0.0209
		133	0.0031
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1588
		221	0.0013
		225	0.2595
		227	0.0293
		229	0.1872
		231	0.2786
		233	0.0186
		235	0.0373
		237	0.0284
5	AHTh260	238	0.1229
		242	0.0138
		244	0.2298
		246	0.2888
		248	0.2054
		250	0.1065
		252	0.0027
		254	0.0284
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4712
		89	0.2298
		91	0.1469
		95	0.1406
		97	0.0115
7	AHTk253	284	0.0124
		286	0.0710
		288	0.6362
		290	0.0484
		292	0.2320
8	C22.279	116	0.1029
		118	0.2152
		120	0.0053
		122	0.0164
		124	0.2236
		126	0.1327
		128	0.0009
		130	0.3030
9	FH2001	124	0.0377
		128	0.0089
		132	0.4161
		136	0.0111
		140	0.0102
		144	0.4525
		148	0.0515
		152	0.0102
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0151
		152	0.0843
		156	0.2511
		160	0.1974
		164	0.0909
		168	0.1442
		172	0.1105
		176	0.1029
		180	0.0031
		184	0.0004
11	FH2848	230	0.0142
		232	0.3031
		234	0.0511
		236	0.0827
		238	0.0476
		240	0.2333
		242	0.2582
		244	0.0053
		246	0.0044
12	INRA21	91	0.1353
		95	0.1020
		97	0.3718
		99	0.0501
		101	0.1792
		103	0.1508
		105	0.0106
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0315
		122	0.0142
		124	0.5861
		126	0.2183
		128	0.0089
		132	0.0280
		134	0.0040
		138	0.1083
14	INU030	144	0.6340
		146	0.0377
		148	0.0240
		150	0.1264
		152	0.1624
		154	0.0142
		156	0.0013
15	INU055	210	0.3771
		212	0.2090
		214	0.1020
		216	0.1264
		218	0.1810
		222	0.0044
16	LEI004	83	0.0004
		85	0.6389
		93	0.0004
		95	0.2232
		97	0.0142
		101	0.0018
		105	0.0004
		107	0.1131
		109	0.0075
17	REN105L03	227	0.0231
		229	0.0169
		231	0.2085
		233	0.0936
		235	0.0035
		237	0.1948
		239	0.0111
		241	0.4423
		245	0.0062
18	REN162C04	200	0.0355
		202	0.2205
		204	0.0488
		206	0.3935
		208	0.1318
		210	0.1699
19	REN169D01	202	0.0679
		204	0.0009
		210	0.1704
		212	0.0528
		214	0.0271
		216	0.4219
		218	0.0692
		220	0.1899
20	REN169O18	160	0.0710
		162	0.2067
		164	0.0426
		166	0.2338
		168	0.1841
		170	0.2294
		172	0.0324
21	REN247M23	266	0.0004
		268	0.4064
		270	0.1060
		272	0.1655
		274	0.0177
		276	0.2733
		278	0.0306
22	REN54P11	222	0.1699
		226	0.2684
		228	0.1105
		232	0.0918
		234	0.0594
		236	0.0413
		238	0.2587
23	REN64E19	139	0.1415
		143	0.0133
		145	0.0972
		147	0.3070
		149	0.0146
		151	0.0040
		153	0.4042
		155	0.0177
		157	0.0004
24	VGL0760	12	0.0333
		13	0.0612
		14	0.1038
		15	0.0098
		18.2	0.0980
		19.2	0.0027
		20.2	0.0177
		21.2	0.2316
		22.2	0.1708
		23.2	0.1593
		24.2	0.0510
		25.2	0.0284
		26.2	0.0319
		27.2	0.0004
25	VGL0910	13	0.0040
		14	0.0098
		16.1	0.0945
		17	0.0067
		17.1	0.1016
		18	0.0248
		18.1	0.0612
		19.1	0.1677
		20.1	0.0395
		20.3	0.0049
		21.1	0.3137
		22	0.0324
		22.1	0.1069
		23	0.0155
		23.1	0.0169
26	VGL1063	8	0.0248
		12	0.0825
		13	0.0390
		14	0.1983
		15	0.1029
		16	0.0071
		17	0.0865
		18	0.0701
		19	0.0444
		20	0.0852
		21	0.0878
		22	0.1584
		23	0.0129
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0004
		16	0.0053
		17	0.0297
		18	0.1087
		19	0.0155
		20	0.0302
		21	0.1136
		22	0.0004
		23	0.0253
		25	0.0027
		26	0.3549
		27	0.0719
		28	0.1739
		29	0.0080
		30	0.0106
		31	0.0240
		32	0.0102
		33	0.0133
		34	0.0004
28	VGL1828	15	0.0151
		16	0.3070
		17	0.0049
		18	0.0226
		19	0.0306
		19.3	0.0027
		20	0.1087
		20.3	0.0004
		21	0.3607
		22	0.0648
		23	0.0816
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0022
		10	0.0018
		11	0.1464
		12	0.0257
		13	0.2169
		14	0.2280
		15	0.2915
		16	0.0861
		17	0.0013
30	VGL2409	14	0.0124
		15	0.0705
		16	0.3252
		17	0.3221
		18	0.2156
		19	0.0031
		20	0.0417
		21	0.0093
31	VGL2918	12	0.0457
		13	0.2826
		14	0.1491
		15	0.0674
		16	0.0111
		16.3	0.0040
		17.3	0.0111
		18.3	0.0683
		19.3	0.0417
		20.3	0.0293
		21.3	0.0688
		22.3	0.2130
		23.3	0.0080
32	VGL3008	10	0.0004
		13	0.1242
		14	0.0084
		15	0.0714
		16	0.0257
		17	0.1087
		18	0.1544
		19	0.1797
		20	0.2050
		21	0.1038
		22	0.0106
		23	0.0075
33	VGL3235	11	0.0111
		12	0.0182
		13	0.1247
		14	0.2711
		15	0.3496
		16	0.0297
		17	0.0408
		18	0.0665
		19	0.0839
		20	0.0044

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1127	9.485	4.482	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1127	8.714	3.825	0.667	0.689	0.033
	SE		1.024	0.597	0.047	0.047	0.004

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1127	11	3.059	0.665	0.673	0.013
2	AHT137	1127	11	6.441	0.830	0.845	0.018
3	AHTH130	1127	9	4.089	0.719	0.755	0.049
4	AHTh171-A	1127	10	4.792	0.788	0.791	0.004
5	AHTh260	1127	9	4.857	0.769	0.794	0.031
6	AHTk211	1127	5	3.162	0.655	0.684	0.042
7	AHTk253	1127	5	2.145	0.492	0.534	0.079
8	C22.279	1127	8	4.617	0.752	0.783	0.041
9	FH2001	1127	9	2.615	0.621	0.618	-0.006
10	FH2054	1127	10	6.202	0.832	0.839	0.008
11	FH2848	1127	9	4.445	0.754	0.775	0.027
12	INRA21	1127	7	4.455	0.747	0.776	0.037
13	INU005	1127	9	2.470	0.596	0.595	-0.002
14	INU030	1127	7	2.240	0.544	0.554	0.017
15	INU055	1127	6	4.081	0.729	0.755	0.034
16	LEI004	1127	9	2.123	0.533	0.529	-0.008
17	REN105L03	1127	9	3.487	0.687	0.713	0.037
18	REN162C04	1127	6	3.947	0.736	0.747	0.015
19	REN169D01	1127	8	3.906	0.737	0.744	0.009
20	REN169O18	1127	7	5.213	0.793	0.808	0.018
21	REN247M23	1127	7	3.575	0.706	0.720	0.019
22	REN54P11	1127	7	5.163	0.773	0.806	0.041
23	REN64E19	1127	9	3.475	0.710	0.712	0.003
24	VGL0760	1127	14	7.232	0.850	0.862	0.014
25	VGL0910	1127	15	6.065	0.815	0.835	0.024
26	VGL1063	1127	13	8.809	0.876	0.886	0.012
27	VGL1165	1127	20	5.268	0.758	0.810	0.065
28	VGL1828	1127	12	4.020	0.768	0.751	-0.023
29	VGL2009	1127	9	4.683	0.757	0.786	0.038
30	VGL2409	1127	8	3.803	0.715	0.737	0.030
31	VGL2918	1127	13	6.010	0.826	0.834	0.009
32	VGL3008	1127	12	7.034	0.851	0.858	0.008
33	VGL3235	1127	10	4.430	0.736	0.774	0.050

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1127	12	5.020	0.780	0.801	0.026
2	DLA I-4ACA	1127	12	4.675	0.757	0.786	0.037
3	DLA I-4BCT	1127	7	2.028	0.494	0.507	0.025
4	DLA1131	1127	11	6.639	0.831	0.849	0.021
5	5ACA	1127	6	3.567	0.696	0.720	0.033
6	5ACT	1127	5	2.127	0.500	0.530	0.057
7	5BCA	1127	8	2.720	0.611	0.632	0.034

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media