Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Feb 22, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1083)
1003	387 375 277 186	0.0448
1006	387 375 293 180	0.0499
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0111
1014	375 373 287 178	0.0194
1016	382 371 277 178	0.1930
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0069
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0355
1030	380 373 293 178	0.0028
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0042
1040	380 371 277 186	0.0152
1052	380 372 289 184	0.0097
1054	382 379 277 184	0.1242
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0129
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0032
1092	376 379 277 181	0.0965
1093	386 379 277 180	0.0143
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0032
1114	380 373 287 183	0.0171
1115	386 371 277 182	0.0933
1116	380 365 289 186	0.1043
1117	376 373 277 180	0.0494
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0051
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0060
1125	393 383 277 185	0.0194
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0180
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0037
1142	376 379 277 180	0.0042
1147	391 375 293 180	0.0014
1148	376 375 277 180	0.0023
1154	376 365 281 183	0.0078
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0028
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0005

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1083)
2001	343 324 284	0.0489
2003	343 324 282	0.2138
2005	339 322 280	0.0023
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0512
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0028
2014	339 322 284	0.0037
2016	339 323 284	0.0240
2017	343 322 280	0.0102
2018	339 324 284	0.0259
2021	339 324 268	0.0046
2022	339 327 282	0.1187
2023	341 323 282	0.0028
2024	343 323 280	0.0042
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0185
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0023
2037	341 327 280	0.0194
2040	345 327 280	0.0028
2053	343 324 280	0.0277
2066	339 324 280	0.1634
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1039
2071	339 322 286	0.0051
2072	339 325 282	0.0171
2073	339 327 286	0.0069
2074	341 324 284	0.0499
2075	341 327 282	0.0360
2076	345 322 282	0.0060
2077	347 325 286	0.0180
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0042
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1083)
1	AHT121	92	0.1048
		94	0.0734
		96	0.0018
		98	0.0102
		100	0.0466
		102	0.1043
		104	0.5392
		106	0.0355
		108	0.0799
		110	0.0014
		112	0.0028
2	AHT137	131	0.2331
		133	0.0646
		137	0.0789
		139	0.0383
		141	0.1750
		143	0.1127
		145	0.0078
		147	0.2008
		149	0.0674
		151	0.0203
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0374
		119	0.2585
		121	0.0512
		123	0.0319
		125	0.3670
		127	0.1888
		129	0.0425
		131	0.0199
		133	0.0028
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1588
		221	0.0014
		225	0.2567
		227	0.0305
		229	0.1874
		231	0.2793
		233	0.0194
		235	0.0379
		237	0.0277
5	AHTh260	238	0.1210
		242	0.0139
		244	0.2295
		246	0.2886
		248	0.2064
		250	0.1076
		252	0.0028
		254	0.0286
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4718
		89	0.2281
		91	0.1477
		95	0.1404
		97	0.0120
7	AHTk253	284	0.0129
		286	0.0702
		288	0.6339
		290	0.0489
		292	0.2341
8	C22.279	116	0.1043
		118	0.2151
		120	0.0055
		122	0.0166
		124	0.2221
		126	0.1330
		128	0.0009
		130	0.3024
9	FH2001	124	0.0369
		128	0.0092
		132	0.4187
		136	0.0092
		140	0.0106
		144	0.4520
		148	0.0512
		152	0.0102
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0157
		152	0.0826
		156	0.2479
		160	0.1976
		164	0.0928
		168	0.1464
		172	0.1103
		176	0.1034
		180	0.0028
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0148
		232	0.3010
		234	0.0508
		236	0.0822
		238	0.0476
		240	0.2318
		242	0.2622
		244	0.0055
		246	0.0042
12	INRA21	91	0.1339
		95	0.1030
		97	0.3744
		99	0.0485
		101	0.1791
		103	0.1500
		105	0.0111
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0323
		122	0.0143
		124	0.5840
		126	0.2179
		128	0.0088
		132	0.0282
		134	0.0037
		138	0.1099
14	INU030	144	0.6320
		146	0.0379
		148	0.0245
		150	0.1279
		152	0.1616
		154	0.0148
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3800
		212	0.2101
		214	0.1016
		216	0.1251
		218	0.1787
		222	0.0046
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6371
		93	0.0005
		95	0.2262
		97	0.0129
		101	0.0018
		105	0.0005
		107	0.1131
		109	0.0074
17	REN105L03	227	0.0231
		229	0.0166
		231	0.2096
		233	0.0928
		235	0.0032
		237	0.1944
		239	0.0115
		241	0.4428
		245	0.0060
18	REN162C04	200	0.0365
		202	0.2216
		204	0.0485
		206	0.3929
		208	0.1307
		210	0.1699
19	REN169D01	202	0.0660
		204	0.0009
		210	0.1708
		212	0.0540
		214	0.0277
		216	0.4201
		218	0.0679
		220	0.1925
20	REN169O18	160	0.0716
		162	0.2110
		164	0.0425
		166	0.2304
		168	0.1842
		170	0.2276
		172	0.0328
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4077
		270	0.1066
		272	0.1644
		274	0.0171
		276	0.2738
		278	0.0300
22	REN54P11	222	0.1722
		226	0.2669
		228	0.1085
		232	0.0919
		234	0.0596
		236	0.0420
		238	0.2590
23	REN64E19	139	0.1436
		143	0.0139
		145	0.0956
		147	0.3061
		149	0.0139
		151	0.0042
		153	0.4049
		155	0.0175
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0342
		13	0.0619
		14	0.1030
		15	0.0097
		18.2	0.0979
		19.2	0.0028
		20.2	0.0171
		21.2	0.2327
		22.2	0.1722
		23.2	0.1579
		24.2	0.0512
		25.2	0.0286
		26.2	0.0305
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0042
		14	0.0102
		16.1	0.0942
		17	0.0065
		17.1	0.1020
		18	0.0245
		18.1	0.0619
		19.1	0.1667
		20.1	0.0392
		20.3	0.0051
		21.1	0.3135
		22	0.0319
		22.1	0.1080
		23	0.0157
		23.1	0.0166
26	VGL1063	8	0.0259
		12	0.0845
		13	0.0383
		14	0.1971
		15	0.1030
		16	0.0074
		17	0.0849
		18	0.0706
		19	0.0457
		20	0.0840
		21	0.0891
		22	0.1574
		23	0.0120
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0005
		16	0.0051
		17	0.0300
		18	0.1080
		19	0.0162
		20	0.0286
		21	0.1154
		22	0.0005
		23	0.0263
		25	0.0028
		26	0.3536
		27	0.0711
		28	0.1750
		29	0.0078
		30	0.0111
		31	0.0231
		32	0.0102
		33	0.0134
		34	0.0005
28	VGL1828	15	0.0152
		16	0.3075
		17	0.0051
		18	0.0226
		19	0.0319
		19.3	0.0028
		20	0.1108
		20.3	0.0005
		21	0.3592
		22	0.0633
		23	0.0803
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0023
		10	0.0018
		11	0.1473
		12	0.0263
		13	0.2207
		14	0.2290
		15	0.2853
		16	0.0859
		17	0.0014
30	VGL2409	14	0.0120
		15	0.0706
		16	0.3273
		17	0.3213
		18	0.2156
		19	0.0028
		20	0.0406
		21	0.0097
31	VGL2918	12	0.0466
		13	0.2844
		14	0.1477
		15	0.0688
		16	0.0102
		16.3	0.0042
		17.3	0.0115
		18.3	0.0688
		19.3	0.0411
		20.3	0.0277
		21.3	0.0693
		22.3	0.2114
		23.3	0.0083
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1242
		14	0.0088
		15	0.0716
		16	0.0259
		17	0.1039
		18	0.1560
		19	0.1814
		20	0.2036
		21	0.1053
		22	0.0111
		23	0.0078
33	VGL3235	11	0.0115
		12	0.0185
		13	0.1247
		14	0.2719
		15	0.3481
		16	0.0300
		17	0.0416
		18	0.0656
		19	0.0836
		20	0.0046

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1083	9.485	4.486	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.269	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1083	8.714	3.814	0.665	0.689	0.036
	SE		1.024	0.594	0.047	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1083	11	3.049	0.662	0.672	0.015
2	AHT137	1083	11	6.456	0.831	0.845	0.017
3	AHTH130	1083	9	4.091	0.720	0.756	0.047
4	AHTh171-A	1083	10	4.813	0.789	0.792	0.003
5	AHTh260	1083	9	4.861	0.773	0.794	0.027
6	AHTk211	1083	5	3.161	0.657	0.684	0.038
7	AHTk253	1083	5	2.155	0.492	0.536	0.082
8	C22.279	1083	8	4.631	0.758	0.784	0.033
9	FH2001	1083	9	2.604	0.622	0.616	-0.010
10	FH2054	1083	10	6.231	0.832	0.840	0.009
11	FH2848	1083	9	4.445	0.757	0.775	0.023
12	INRA21	1083	7	4.429	0.741	0.774	0.043
13	INU005	1083	9	2.483	0.594	0.597	0.006
14	INU030	1083	7	2.251	0.547	0.556	0.017
15	INU055	1083	6	4.058	0.727	0.754	0.036
16	LEI004	1083	9	2.127	0.535	0.530	-0.009
17	REN105L03	1083	9	3.480	0.687	0.713	0.036
18	REN162C04	1083	6	3.951	0.737	0.747	0.013
19	REN169D01	1083	8	3.915	0.739	0.745	0.008
20	REN169O18	1083	7	5.227	0.795	0.809	0.017
21	REN247M23	1083	7	3.562	0.704	0.719	0.022
22	REN54P11	1083	7	5.169	0.773	0.807	0.042
23	REN64E19	1083	9	3.471	0.710	0.712	0.003
24	VGL0760	1083	14	7.211	0.849	0.861	0.015
25	VGL0910	1083	15	6.072	0.816	0.835	0.023
26	VGL1063	1083	13	8.848	0.877	0.887	0.011
27	VGL1165	1083	20	5.279	0.755	0.811	0.068
28	VGL1828	1083	12	4.031	0.772	0.752	-0.027
29	VGL2009	1083	9	4.710	0.753	0.788	0.043
30	VGL2409	1083	8	3.791	0.715	0.736	0.029
31	VGL2918	1083	13	6.001	0.823	0.833	0.013
32	VGL3008	1083	12	7.039	0.851	0.858	0.008
33	VGL3235	1083	10	4.443	0.733	0.775	0.054

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1083	12	4.993	0.775	0.800	0.031
2	DLA I-4ACA	1083	12	4.669	0.753	0.786	0.041
3	DLA I-4BCT	1083	7	2.018	0.488	0.505	0.032
4	DLA1131	1083	11	6.613	0.827	0.849	0.025
5	5ACA	1083	6	3.554	0.693	0.719	0.035
6	5ACT	1083	5	2.131	0.503	0.531	0.052
7	5BCA	1083	8	2.721	0.611	0.632	0.034

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media