Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Aug 9, 2020

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=520)
1003	387 375 277 186	0.0462
1006	387 375 293 180	0.0462
1011	376 365 281 180	0.0019
1012	388 369 289 188	0.0135
1014	375 373 287 178	0.0279
1016	382 371 277 178	0.2077
1018	375 373 287 186	0.0038
1029	380 365 281 182	0.0298
1030	380 373 293 178	0.0029
1035	386 373 277 184	0.0048
1040	380 371 277 186	0.0212
1052	380 372 289 184	0.0058
1054	382 379 277 184	0.1192
1068	380 373 287 181	0.0154
1084	376 373 277 184	0.0029
1087	380 371 277 178	0.0010
1092	376 379 277 181	0.0885
1093	386 379 277 180	0.0221
1105	382 379 277 178	0.0010
1114	380 373 287 183	0.0154
1115	386 371 277 182	0.1096
1116	380 365 289 186	0.0846
1117	376 373 277 180	0.0423
1118	376 377 277 180	0.0010
1119	376 378 277 180	0.0010
1120	376 386 289 176	0.0019
1121	380 371 277 183	0.0067
1123	386 379 277 184	0.0029
1124	388 373 289 178	0.0067
1125	393 383 277 185	0.0125
1126	387 373 287 182	0.0010
1128	384 376 287 182	0.0019
1129	382 371 277 181	0.0010
1132	376 379 277 184	0.0019
1133	378 365 287 172	0.0221
1134	384 365 291 178	0.0019
1136	382 371 277 182	0.0010
1140	376 379 301 180	0.0029
1142	376 379 277 180	0.0029
1147	391 375 293 180	0.0029
1148	376 375 277 180	0.0048
1154	376 365 281 183	0.0048
1155	388 369 287 184	0.0010
1173	392 371 277 186	0.0029
1180	386 371 277 181	0.0010

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=520)
2001	343 324 284	0.0500
2003	343 324 282	0.2183
2005	339 322 280	0.0019
2006	339 325 280	0.0029
2007	351 327 280	0.0490
2011	345 322 284	0.0010
2012	345 322 280	0.0058
2014	339 322 284	0.0067
2016	339 323 284	0.0154
2017	343 322 280	0.0067
2018	339 324 284	0.0173
2021	339 324 268	0.0019
2022	339 327 282	0.1144
2023	341 323 282	0.0029
2024	343 323 280	0.0029
2032	339 323 280	0.0250
2033	339 323 282	0.0019
2035	341 323 280	0.0010
2037	341 327 280	0.0279
2040	345 327 280	0.0029
2053	343 324 280	0.0365
2066	339 324 280	0.1837
2070	347 324 282	0.0837
2071	339 322 286	0.0067
2072	339 325 282	0.0154
2073	339 327 286	0.0077
2074	341 324 284	0.0442
2075	341 327 282	0.0298
2076	345 322 282	0.0067
2077	347 325 286	0.0221
2079	343 323 278	0.0019
2082	339 325 268	0.0048
2087	347 324 280	0.0010

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=522)
1	AHT121	92	0.1123
		94	0.0624
		96	0.0010
		98	0.0144
		100	0.0537
		102	0.1094
		104	0.5163
		106	0.0432
		108	0.0854
		112	0.0019
2	AHT137	131	0.2366
		133	0.0603
		137	0.0939
		139	0.0326
		141	0.1724
		143	0.1169
		145	0.0057
		147	0.1954
		149	0.0632
		151	0.0211
		155	0.0019
3	AHTH130	117	0.0307
		119	0.2572
		121	0.0576
		123	0.0269
		125	0.3676
		127	0.1977
		129	0.0355
		131	0.0259
		133	0.0010
4	AHTh171-A	219	0.1718
		225	0.2476
		227	0.0288
		229	0.2121
		231	0.2514
		233	0.0211
		235	0.0374
		237	0.0298
5	AHTh260	238	0.1044
		242	0.0096
		244	0.2280
		246	0.3027
		248	0.2136
		250	0.1015
		252	0.0057
		254	0.0307
		258	0.0038
6	AHTk211	87	0.4904
		89	0.2213
		91	0.1485
		95	0.1274
		97	0.0125
7	AHTk253	284	0.0048
		286	0.0776
		288	0.6398
		290	0.0402
		292	0.2375
8	C22.279	116	0.0950
		118	0.2284
		120	0.0048
		122	0.0134
		124	0.2255
		126	0.1190
		128	0.0010
		130	0.3129
9	FH2001	124	0.0403
		128	0.0125
		132	0.4520
		136	0.0125
		140	0.0077
		144	0.4203
		148	0.0422
		152	0.0115
		158	0.0010
10	FH2054	148	0.0192
		152	0.0797
		156	0.2562
		160	0.1958
		164	0.0797
		168	0.1545
		172	0.1027
		176	0.1104
		180	0.0010
		184	0.0010
11	FH2848	230	0.0172
		232	0.2883
		234	0.0460
		236	0.0929
		238	0.0623
		240	0.2232
		242	0.2596
		244	0.0067
		246	0.0038
12	INRA21	91	0.1152
		95	0.1027
		97	0.3781
		99	0.0528
		101	0.1766
		103	0.1660
		105	0.0086
13	INU005	110	0.0393
		122	0.0086
		124	0.5720
		126	0.2303
		128	0.0077
		132	0.0259
		134	0.0048
		138	0.1113
14	INU030	144	0.6334
		146	0.0345
		148	0.0336
		150	0.1267
		152	0.1603
		154	0.0106
		156	0.0010
15	INU055	210	0.3676
		212	0.2015
		214	0.0931
		216	0.1564
		218	0.1795
		222	0.0019
16	LEI004	83	0.0010
		85	0.6286
		93	0.0010
		95	0.2495
		97	0.0029
		101	0.0029
		105	0.0010
		107	0.1036
		109	0.0096
17	REN105L03	227	0.0077
		229	0.0201
		231	0.2136
		233	0.0900
		235	0.0029
		237	0.1849
		239	0.0172
		241	0.4588
		245	0.0048
18	REN162C04	200	0.0470
		202	0.2226
		204	0.0489
		206	0.3685
		208	0.1267
		210	0.1862
19	REN169D01	202	0.0690
		204	0.0010
		210	0.1801
		212	0.0393
		214	0.0412
		216	0.4253
		218	0.0603
		220	0.1839
20	REN169O18	160	0.0747
		162	0.2289
		164	0.0460
		166	0.2059
		168	0.1801
		170	0.2261
		172	0.0383
21	REN247M23	268	0.3774
		270	0.1370
		272	0.1734
		274	0.0105
		276	0.2634
		278	0.0383
22	REN54P11	222	0.1900
		226	0.2543
		228	0.1200
		232	0.1104
		234	0.0557
		236	0.0557
		238	0.2140
23	REN64E19	139	0.1507
		143	0.0086
		145	0.0960
		147	0.3119
		149	0.0144
		151	0.0019
		153	0.4002
		155	0.0163
24	VGL0760	12	0.0365
		13	0.0432
		14	0.0912
		15	0.0058
		18.2	0.0931
		19.2	0.0038
		20.2	0.0211
		21.2	0.2505
		22.2	0.1689
		23.2	0.1766
		24.2	0.0489
		25.2	0.0317
		26.2	0.0278
		27.2	0.0010
25	VGL0910	13	0.0058
		14	0.0134
		16.1	0.0854
		17	0.0134
		17.1	0.1113
		18	0.0269
		18.1	0.0537
		19.1	0.1459
		20.1	0.0413
		20.3	0.0048
		21.1	0.3225
		22	0.0345
		22.1	0.1075
		23	0.0250
		23.1	0.0086
26	VGL1063	8	0.0240
		12	0.1008
		13	0.0374
		14	0.2083
		15	0.0912
		16	0.0067
		17	0.1065
		18	0.0768
		19	0.0461
		20	0.0643
		21	0.0710
		22	0.1631
		23	0.0038
27	VGL1165	14	0.0019
		15	0.0010
		16	0.0019
		17	0.0269
		18	0.0979
		19	0.0221
		20	0.0202
		21	0.1161
		22	0.0010
		23	0.0403
		25	0.0010
		26	0.3301
		27	0.0672
		28	0.1958
		29	0.0029
		30	0.0134
		31	0.0317
		32	0.0106
		33	0.0182
28	VGL1828	15	0.0182
		16	0.3196
		17	0.0019
		18	0.0317
		19	0.0413
		19.3	0.0048
		20	0.0960
		21	0.3378
		22	0.0537
		23	0.0940
		24	0.0010
29	VGL2009	9	0.0038
		10	0.0010
		11	0.1449
		12	0.0211
		13	0.2380
		14	0.2495
		15	0.2639
		16	0.0768
		17	0.0010
30	VGL2409	14	0.0182
		15	0.0547
		16	0.3157
		17	0.3560
		18	0.2063
		19	0.0029
		20	0.0393
		21	0.0067
31	VGL2918	12	0.0470
		13	0.2764
		14	0.1478
		15	0.0835
		16	0.0134
		16.3	0.0058
		17.3	0.0144
		18.3	0.0854
		19.3	0.0259
		20.3	0.0250
		21.3	0.0729
		22.3	0.1958
		23.3	0.0067
32	VGL3008	13	0.1353
		14	0.0058
		15	0.0758
		16	0.0134
		17	0.0883
		18	0.1583
		19	0.1881
		20	0.2188
		21	0.1017
		22	0.0134
		23	0.0010
33	VGL3235	11	0.0154
		12	0.0163
		13	0.1094
		14	0.2505
		15	0.3762
		16	0.0403
		17	0.0355
		18	0.0710
		19	0.0816
		20	0.0038

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Havanese	Mean	522	9.212	4.479	0.727	0.749	0.029
	SE		0.514	0.258	0.016	0.016	0.005

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Havanese	Mean	522	8.429	3.732	0.645	0.682	0.056
	SE		1.085	0.576	0.049	0.049	0.011

Standard genetic assessment for individual STR loci

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	522	10	3.254	0.695	0.693	-0.003
2	AHT137	522	11	6.430	0.843	0.844	0.002
3	AHTH130	522	9	4.044	0.704	0.753	0.064
4	AHTh171-A	522	8	4.936	0.785	0.797	0.016
5	AHTh260	522	9	4.728	0.785	0.788	0.004
6	AHTk211	522	5	3.050	0.649	0.672	0.034
7	AHTk253	522	5	2.112	0.475	0.527	0.098
8	C22.279	522	8	4.458	0.750	0.776	0.033
9	FH2001	522	9	2.598	0.635	0.615	-0.033
10	FH2054	522	10	6.111	0.816	0.836	0.025
11	FH2848	522	9	4.645	0.782	0.785	0.004
12	INRA21	522	7	4.379	0.727	0.772	0.057
13	INU005	522	8	2.532	0.576	0.605	0.048
14	INU030	522	7	2.245	0.541	0.555	0.024
15	INU055	522	6	4.148	0.714	0.759	0.059
16	LEI004	522	9	2.136	0.532	0.532	0.000
17	REN105L03	522	9	3.342	0.678	0.701	0.032
18	REN162C04	522	6	4.155	0.750	0.759	0.012
19	REN169D01	522	8	3.865	0.724	0.741	0.023
20	REN169O18	522	7	5.333	0.791	0.812	0.026
21	REN247M23	522	6	3.814	0.726	0.738	0.016
22	REN54P11	522	7	5.576	0.791	0.821	0.036
23	REN64E19	522	8	3.449	0.702	0.710	0.011
24	VGL0760	522	14	6.789	0.820	0.853	0.039
25	VGL0910	522	15	6.093	0.804	0.836	0.038
26	VGL1063	522	13	8.401	0.856	0.881	0.028
27	VGL1165	522	19	5.562	0.739	0.820	0.099
28	VGL1828	522	11	4.162	0.783	0.760	-0.031
29	VGL2009	522	9	4.631	0.756	0.784	0.036
30	VGL2409	522	8	3.650	0.708	0.726	0.024
31	VGL2918	522	13	6.245	0.806	0.840	0.040
32	VGL3008	522	11	6.626	0.831	0.849	0.021
33	VGL3235	522	10	4.323	0.716	0.769	0.069

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	522	12	5.080	0.774	0.803	0.037
2	DLA I-4ACA	522	12	4.376	0.722	0.771	0.065
3	DLA I-4BCT	522	7	1.911	0.461	0.477	0.034
4	DLA1131	522	11	6.412	0.825	0.844	0.022
5	5ACA	522	6	3.445	0.651	0.710	0.083
6	5ACT	522	5	2.152	0.476	0.535	0.111
7	5BCA	522	6	2.751	0.608	0.636	0.044

Veterinary Genetics Laboratory

Vet Med Links +

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media