Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Jul 5, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1099)
1003	387 375 277 186	0.0441
1006	387 375 293 180	0.0500
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0109
1014	375 373 287 178	0.0196
1016	382 371 277 178	0.1938
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0068
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0364
1030	380 373 293 178	0.0027
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0041
1040	380 371 277 186	0.0150
1052	380 372 289 184	0.0096
1054	382 379 277 184	0.1228
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0127
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0032
1092	376 379 277 181	0.0960
1093	386 379 277 180	0.0146
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0032
1114	380 373 287 183	0.0177
1115	386 371 277 182	0.0942
1116	380 365 289 186	0.1042
1117	376 373 277 180	0.0487
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0050
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0059
1125	393 383 277 185	0.0191
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0177
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0041
1142	376 379 277 180	0.0041
1147	391 375 293 180	0.0023
1148	376 375 277 180	0.0023
1154	376 365 281 183	0.0077
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0032
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0005

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1099)
2001	343 324 284	0.0482
2003	343 324 282	0.2138
2005	339 322 280	0.0023
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0523
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0027
2014	339 322 284	0.0036
2016	339 323 284	0.0241
2017	343 322 280	0.0100
2018	339 324 284	0.0264
2021	339 324 268	0.0045
2022	339 327 282	0.1174
2023	341 323 282	0.0027
2024	343 323 280	0.0041
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0187
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0023
2037	341 327 280	0.0196
2040	345 327 280	0.0032
2053	343 324 280	0.0273
2066	339 324 280	0.1638
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1037
2071	339 322 286	0.0050
2072	339 325 282	0.0177
2073	339 327 286	0.0068
2074	341 324 284	0.0491
2075	341 327 282	0.0369
2076	345 322 282	0.0059
2077	347 325 286	0.0177
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0041
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1099)
1	AHT121	92	0.1051
		94	0.0728
		96	0.0018
		98	0.0100
		100	0.0473
		102	0.1037
		104	0.5400
		106	0.0350
		108	0.0801
		110	0.0014
		112	0.0027
2	AHT137	131	0.2352
		133	0.0637
		137	0.0787
		139	0.0396
		141	0.1752
		143	0.1124
		145	0.0077
		147	0.2002
		149	0.0664
		151	0.0200
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0373
		119	0.2607
		121	0.0510
		123	0.0323
		125	0.3644
		127	0.1888
		129	0.0428
		131	0.0200
		133	0.0027
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1574
		221	0.0014
		225	0.2580
		227	0.0300
		229	0.1879
		231	0.2798
		233	0.0191
		235	0.0373
		237	0.0282
5	AHTh260	238	0.1215
		242	0.0136
		244	0.2288
		246	0.2894
		248	0.2061
		250	0.1078
		252	0.0027
		254	0.0282
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4718
		89	0.2275
		91	0.1474
		95	0.1415
		97	0.0118
7	AHTk253	284	0.0127
		286	0.0701
		288	0.6351
		290	0.0487
		292	0.2334
8	C22.279	116	0.1033
		118	0.2152
		120	0.0055
		122	0.0164
		124	0.2216
		126	0.1319
		128	0.0009
		130	0.3053
9	FH2001	124	0.0364
		128	0.0091
		132	0.4167
		136	0.0096
		140	0.0105
		144	0.4545
		148	0.0510
		152	0.0105
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0155
		152	0.0833
		156	0.2498
		160	0.1975
		164	0.0933
		168	0.1442
		172	0.1101
		176	0.1033
		180	0.0027
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0146
		232	0.3021
		234	0.0500
		236	0.0833
		238	0.0482
		240	0.2311
		242	0.2611
		244	0.0055
		246	0.0041
12	INRA21	91	0.1356
		95	0.1028
		97	0.3731
		99	0.0482
		101	0.1788
		103	0.1506
		105	0.0109
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0323
		122	0.0146
		124	0.5842
		126	0.2179
		128	0.0091
		132	0.0278
		134	0.0036
		138	0.1096
14	INU030	144	0.6328
		146	0.0373
		148	0.0246
		150	0.1288
		152	0.1606
		154	0.0146
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3767
		212	0.2097
		214	0.1042
		216	0.1274
		218	0.1774
		222	0.0045
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6397
		93	0.0005
		95	0.2238
		97	0.0132
		101	0.0018
		105	0.0005
		107	0.1128
		109	0.0073
17	REN105L03	227	0.0232
		229	0.0173
		231	0.2079
		233	0.0928
		235	0.0032
		237	0.1938
		239	0.0114
		241	0.4445
		245	0.0059
18	REN162C04	200	0.0364
		202	0.2220
		204	0.0487
		206	0.3922
		208	0.1306
		210	0.1702
19	REN169D01	202	0.0682
		204	0.0009
		210	0.1692
		212	0.0537
		214	0.0273
		216	0.4213
		218	0.0678
		220	0.1915
20	REN169O18	160	0.0714
		162	0.2102
		164	0.0423
		166	0.2298
		168	0.1847
		170	0.2288
		172	0.0328
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4072
		270	0.1065
		272	0.1647
		274	0.0173
		276	0.2739
		278	0.0300
22	REN54P11	222	0.1720
		226	0.2684
		228	0.1087
		232	0.0914
		234	0.0596
		236	0.0419
		238	0.2580
23	REN64E19	139	0.1429
		143	0.0136
		145	0.0974
		147	0.3044
		149	0.0141
		151	0.0041
		153	0.4054
		155	0.0177
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0337
		13	0.0619
		14	0.1024
		15	0.0096
		18.2	0.0974
		19.2	0.0027
		20.2	0.0177
		21.2	0.2338
		22.2	0.1724
		23.2	0.1579
		24.2	0.0514
		25.2	0.0287
		26.2	0.0300
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0041
		14	0.0100
		16.1	0.0937
		17	0.0064
		17.1	0.1019
		18	0.0250
		18.1	0.0623
		19.1	0.1670
		20.1	0.0387
		20.3	0.0050
		21.1	0.3135
		22	0.0332
		22.1	0.1069
		23	0.0155
		23.1	0.0168
26	VGL1063	8	0.0255
		12	0.0837
		13	0.0382
		14	0.1984
		15	0.1037
		16	0.0073
		17	0.0855
		18	0.0701
		19	0.0455
		20	0.0833
		21	0.0887
		22	0.1574
		23	0.0127
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0005
		16	0.0055
		17	0.0296
		18	0.1083
		19	0.0159
		20	0.0282
		21	0.1156
		22	0.0005
		23	0.0259
		25	0.0027
		26	0.3553
		27	0.0710
		28	0.1747
		29	0.0082
		30	0.0109
		31	0.0227
		32	0.0100
		33	0.0132
		34	0.0005
28	VGL1828	15	0.0150
		16	0.3066
		17	0.0050
		18	0.0223
		19	0.0314
		19.3	0.0027
		20	0.1101
		20.3	0.0005
		21	0.3585
		22	0.0655
		23	0.0814
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0023
		10	0.0018
		11	0.1474
		12	0.0264
		13	0.2207
		14	0.2270
		15	0.2866
		16	0.0864
		17	0.0014
30	VGL2409	14	0.0118
		15	0.0710
		16	0.3271
		17	0.3212
		18	0.2157
		19	0.0027
		20	0.0409
		21	0.0096
31	VGL2918	12	0.0460
		13	0.2853
		14	0.1483
		15	0.0682
		16	0.0105
		16.3	0.0041
		17.3	0.0114
		18.3	0.0682
		19.3	0.0409
		20.3	0.0282
		21.3	0.0692
		22.3	0.2116
		23.3	0.0082
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1242
		14	0.0086
		15	0.0710
		16	0.0255
		17	0.1056
		18	0.1556
		19	0.1797
		20	0.2047
		21	0.1060
		22	0.0109
		23	0.0077
33	VGL3235	11	0.0114
		12	0.0187
		13	0.1251
		14	0.2712
		15	0.3503
		16	0.0296
		17	0.0409
		18	0.0651
		19	0.0833
		20	0.0045

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1099	9.485	4.482	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1099	8.714	3.815	0.665	0.689	0.035
	SE		1.024	0.592	0.047	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1099	11	3.042	0.662	0.671	0.013
2	AHT137	1099	11	6.435	0.827	0.845	0.021
3	AHTH130	1099	9	4.104	0.720	0.756	0.048
4	AHTh171-A	1099	10	4.799	0.788	0.792	0.005
5	AHTh260	1099	9	4.856	0.772	0.794	0.028
6	AHTk211	1099	5	3.162	0.657	0.684	0.039
7	AHTk253	1099	5	2.149	0.490	0.535	0.083
8	C22.279	1099	8	4.609	0.754	0.783	0.037
9	FH2001	1099	9	2.600	0.621	0.615	-0.010
10	FH2054	1099	10	6.217	0.832	0.839	0.009
11	FH2848	1099	9	4.447	0.757	0.775	0.023
12	INRA21	1099	7	4.440	0.743	0.775	0.040
13	INU005	1099	9	2.482	0.594	0.597	0.005
14	INU030	1099	7	2.247	0.546	0.555	0.016
15	INU055	1099	6	4.090	0.729	0.756	0.035
16	LEI004	1099	9	2.118	0.531	0.528	-0.007
17	REN105L03	1099	9	3.472	0.686	0.712	0.036
18	REN162C04	1099	6	3.956	0.737	0.747	0.014
19	REN169D01	1099	8	3.911	0.738	0.744	0.009
20	REN169O18	1099	7	5.224	0.794	0.809	0.018
21	REN247M23	1099	7	3.565	0.703	0.720	0.022
22	REN54P11	1099	7	5.164	0.771	0.806	0.044
23	REN64E19	1099	9	3.477	0.711	0.712	0.003
24	VGL0760	1099	14	7.192	0.850	0.861	0.013
25	VGL0910	1099	15	6.077	0.815	0.835	0.024
26	VGL1063	1099	13	8.825	0.876	0.887	0.012
27	VGL1165	1099	20	5.249	0.755	0.809	0.067
28	VGL1828	1099	12	4.043	0.771	0.753	-0.024
29	VGL2009	1099	9	4.711	0.756	0.788	0.040
30	VGL2409	1099	8	3.793	0.713	0.736	0.031
31	VGL2918	1099	13	5.983	0.823	0.833	0.012
32	VGL3008	1099	12	7.034	0.850	0.858	0.009
33	VGL3235	1099	10	4.423	0.734	0.774	0.051

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1099	12	5.002	0.777	0.800	0.029
2	DLA I-4ACA	1099	12	4.658	0.754	0.785	0.039
3	DLA I-4BCT	1099	7	2.028	0.491	0.507	0.031
4	DLA1131	1099	11	6.606	0.829	0.849	0.023
5	5ACA	1099	6	3.562	0.694	0.719	0.035
6	5ACT	1099	5	2.135	0.503	0.532	0.054
7	5BCA	1099	8	2.716	0.609	0.632	0.037

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media