Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Jul 30, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1102)
1003	387 375 277 186	0.0440
1006	387 375 293 180	0.0499
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0109
1014	375 373 287 178	0.0195
1016	382 371 277 178	0.1942
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0068
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0363
1030	380 373 293 178	0.0027
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0041
1040	380 371 277 186	0.0150
1052	380 372 289 184	0.0095
1054	382 379 277 184	0.1225
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0127
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0032
1092	376 379 277 181	0.0957
1093	386 379 277 180	0.0145
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0032
1114	380 373 287 183	0.0177
1115	386 371 277 182	0.0939
1116	380 365 289 186	0.1048
1117	376 373 277 180	0.0485
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0050
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0059
1125	393 383 277 185	0.0195
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0177
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0041
1142	376 379 277 180	0.0041
1147	391 375 293 180	0.0023
1148	376 375 277 180	0.0023
1154	376 365 281 183	0.0077
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0032
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0009

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1102)
2001	343 324 284	0.0481
2003	343 324 282	0.2132
2005	339 322 280	0.0023
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0522
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0027
2014	339 322 284	0.0036
2016	339 323 284	0.0245
2017	343 322 280	0.0100
2018	339 324 284	0.0263
2021	339 324 268	0.0045
2022	339 327 282	0.1171
2023	341 323 282	0.0027
2024	343 323 280	0.0041
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0186
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0023
2037	341 327 280	0.0195
2040	345 327 280	0.0032
2053	343 324 280	0.0277
2066	339 324 280	0.1642
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1044
2071	339 322 286	0.0050
2072	339 325 282	0.0177
2073	339 327 286	0.0068
2074	341 324 284	0.0490
2075	341 327 282	0.0368
2076	345 322 282	0.0059
2077	347 325 286	0.0177
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0041
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1102)
1	AHT121	92	0.1062
		94	0.0730
		96	0.0018
		98	0.0100
		100	0.0472
		102	0.1034
		104	0.5386
		106	0.0349
		108	0.0808
		110	0.0014
		112	0.0027
2	AHT137	131	0.2359
		133	0.0635
		137	0.0789
		139	0.0395
		141	0.1747
		143	0.1121
		145	0.0077
		147	0.2005
		149	0.0662
		151	0.0200
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0372
		119	0.2613
		121	0.0508
		123	0.0322
		125	0.3634
		127	0.1897
		129	0.0426
		131	0.0200
		133	0.0027
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1574
		221	0.0014
		225	0.2577
		227	0.0299
		229	0.1887
		231	0.2795
		233	0.0191
		235	0.0372
		237	0.0281
5	AHTh260	238	0.1211
		242	0.0136
		244	0.2282
		246	0.2904
		248	0.2060
		250	0.1080
		252	0.0027
		254	0.0281
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4723
		89	0.2273
		91	0.1470
		95	0.1416
		97	0.0118
7	AHTk253	284	0.0127
		286	0.0703
		288	0.6352
		290	0.0485
		292	0.2332
8	C22.279	116	0.1030
		118	0.2151
		120	0.0054
		122	0.0168
		124	0.2214
		126	0.1325
		128	0.0009
		130	0.3049
9	FH2001	124	0.0363
		128	0.0091
		132	0.4161
		136	0.0095
		140	0.0104
		144	0.4555
		148	0.0508
		152	0.0104
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0154
		152	0.0830
		156	0.2495
		160	0.1978
		164	0.0930
		168	0.1443
		172	0.1098
		176	0.1039
		180	0.0027
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0145
		232	0.3017
		234	0.0504
		236	0.0830
		238	0.0485
		240	0.2314
		242	0.2604
		244	0.0054
		246	0.0045
12	INRA21	91	0.1357
		95	0.1025
		97	0.3730
		99	0.0481
		101	0.1792
		103	0.1506
		105	0.0109
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0322
		122	0.0145
		124	0.5844
		126	0.2182
		128	0.0091
		132	0.0277
		134	0.0036
		138	0.1093
14	INU030	144	0.6329
		146	0.0372
		148	0.0245
		150	0.1289
		152	0.1606
		154	0.0145
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3770
		212	0.2096
		214	0.1039
		216	0.1275
		218	0.1774
		222	0.0045
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6402
		93	0.0005
		95	0.2232
		97	0.0132
		101	0.0018
		105	0.0005
		107	0.1130
		109	0.0073
17	REN105L03	227	0.0236
		229	0.0172
		231	0.2074
		233	0.0930
		235	0.0032
		237	0.1933
		239	0.0113
		241	0.4446
		245	0.0064
18	REN162C04	200	0.0363
		202	0.2219
		204	0.0485
		206	0.3920
		208	0.1311
		210	0.1701
19	REN169D01	202	0.0681
		204	0.0009
		210	0.1692
		212	0.0535
		214	0.0272
		216	0.4211
		218	0.0685
		220	0.1915
20	REN169O18	160	0.0712
		162	0.2101
		164	0.0422
		166	0.2296
		168	0.1847
		170	0.2296
		172	0.0327
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4065
		270	0.1066
		272	0.1656
		274	0.0172
		276	0.2736
		278	0.0299
22	REN54P11	222	0.1720
		226	0.2681
		228	0.1093
		232	0.0912
		234	0.0599
		236	0.0417
		238	0.2577
23	REN64E19	139	0.1429
		143	0.0136
		145	0.0971
		147	0.3040
		149	0.0141
		151	0.0041
		153	0.4056
		155	0.0181
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0340
		13	0.0617
		14	0.1021
		15	0.0095
		18.2	0.0975
		19.2	0.0027
		20.2	0.0177
		21.2	0.2337
		22.2	0.1720
		23.2	0.1588
		24.2	0.0513
		25.2	0.0286
		26.2	0.0299
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0041
		14	0.0100
		16.1	0.0939
		17	0.0068
		17.1	0.1016
		18	0.0254
		18.1	0.0622
		19.1	0.1674
		20.1	0.0386
		20.3	0.0050
		21.1	0.3131
		22	0.0331
		22.1	0.1066
		23	0.0154
		23.1	0.0168
26	VGL1063	8	0.0254
		12	0.0835
		13	0.0386
		14	0.1978
		15	0.1039
		16	0.0073
		17	0.0858
		18	0.0703
		19	0.0454
		20	0.0830
		21	0.0885
		22	0.1579
		23	0.0127
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0005
		16	0.0054
		17	0.0295
		18	0.1080
		19	0.0159
		20	0.0281
		21	0.1152
		22	0.0005
		23	0.0259
		25	0.0027
		26	0.3553
		27	0.0712
		28	0.1751
		29	0.0082
		30	0.0109
		31	0.0231
		32	0.0100
		33	0.0132
		34	0.0005
28	VGL1828	15	0.0150
		16	0.3067
		17	0.0050
		18	0.0222
		19	0.0313
		19.3	0.0027
		20	0.1098
		20.3	0.0005
		21	0.3584
		22	0.0653
		23	0.0821
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0023
		10	0.0018
		11	0.1475
		12	0.0263
		13	0.2205
		14	0.2269
		15	0.2872
		16	0.0862
		17	0.0014
30	VGL2409	14	0.0118
		15	0.0712
		16	0.3267
		17	0.3203
		18	0.2164
		19	0.0027
		20	0.0413
		21	0.0095
31	VGL2918	12	0.0458
		13	0.2849
		14	0.1488
		15	0.0681
		16	0.0109
		16.3	0.0041
		17.3	0.0113
		18.3	0.0681
		19.3	0.0408
		20.3	0.0281
		21.3	0.0690
		22.3	0.2119
		23.3	0.0082
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1243
		14	0.0086
		15	0.0708
		16	0.0254
		17	0.1062
		18	0.1556
		19	0.1797
		20	0.2046
		21	0.1057
		22	0.0109
		23	0.0077
33	VGL3235	11	0.0113
		12	0.0186
		13	0.1248
		14	0.2709
		15	0.3507
		16	0.0295
		17	0.0413
		18	0.0649
		19	0.0835
		20	0.0045

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1102	9.485	4.482	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1102	8.714	3.815	0.665	0.689	0.036
	SE		1.024	0.592	0.047	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1102	11	3.054	0.662	0.673	0.016
2	AHT137	1102	11	6.426	0.827	0.844	0.021
3	AHTH130	1102	9	4.105	0.719	0.756	0.050
4	AHTh171-A	1102	10	4.799	0.789	0.792	0.004
5	AHTh260	1102	9	4.851	0.771	0.794	0.028
6	AHTk211	1102	5	3.159	0.657	0.683	0.039
7	AHTk253	1102	5	2.149	0.491	0.535	0.082
8	C22.279	1102	8	4.614	0.755	0.783	0.036
9	FH2001	1102	9	2.598	0.621	0.615	-0.009
10	FH2054	1102	10	6.216	0.831	0.839	0.009
11	FH2848	1102	9	4.455	0.758	0.776	0.023
12	INRA21	1102	7	4.439	0.744	0.775	0.040
13	INU005	1102	9	2.480	0.594	0.597	0.004
14	INU030	1102	7	2.246	0.546	0.555	0.015
15	INU055	1102	6	4.088	0.729	0.755	0.035
16	LEI004	1102	9	2.116	0.531	0.527	-0.007
17	REN105L03	1102	9	3.475	0.687	0.712	0.036
18	REN162C04	1102	6	3.957	0.737	0.747	0.014
19	REN169D01	1102	8	3.914	0.738	0.744	0.009
20	REN169O18	1102	7	5.220	0.794	0.808	0.018
21	REN247M23	1102	7	3.570	0.703	0.720	0.023
22	REN54P11	1102	7	5.168	0.771	0.807	0.044
23	REN64E19	1102	9	3.478	0.711	0.712	0.003
24	VGL0760	1102	14	7.192	0.849	0.861	0.013
25	VGL0910	1102	15	6.084	0.815	0.836	0.025
26	VGL1063	1102	13	8.829	0.876	0.887	0.012
27	VGL1165	1102	20	5.249	0.756	0.809	0.066
28	VGL1828	1102	12	4.043	0.771	0.753	-0.025
29	VGL2009	1102	9	4.707	0.756	0.788	0.040
30	VGL2409	1102	8	3.800	0.713	0.737	0.032
31	VGL2918	1102	13	5.983	0.823	0.833	0.012
32	VGL3008	1102	12	7.033	0.850	0.858	0.009
33	VGL3235	1102	10	4.421	0.734	0.774	0.051

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1102	12	5.000	0.776	0.800	0.030
2	DLA I-4ACA	1102	12	4.664	0.754	0.786	0.040
3	DLA I-4BCT	1102	7	2.028	0.492	0.507	0.030
4	DLA1131	1102	11	6.605	0.828	0.849	0.024
5	5ACA	1102	6	3.561	0.694	0.719	0.035
6	5ACT	1102	5	2.133	0.503	0.531	0.054
7	5BCA	1102	8	2.717	0.609	0.632	0.037

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media