Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Oct 8, 2026

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1182)
1003	387 375 277 186	0.0385
1006	387 375 293 180	0.0563
1009	382 377 277 184	0.0004
1011	376 365 281 180	0.0008
1012	388 369 289 188	0.0110
1014	375 373 287 178	0.0186
1016	382 371 277 178	0.1925
1017	386 373 289 178	0.0008
1018	375 373 287 186	0.0068
1019	380 373 287 185	0.0008
1029	380 365 281 182	0.0355
1030	380 373 293 178	0.0025
1033	382 379 277 181	0.0013
1035	386 373 277 184	0.0038
1040	380 371 277 186	0.0161
1052	380 372 289 184	0.0089
1054	382 379 277 184	0.1227
1062	382 371 277 183	0.0004
1068	380 373 287 181	0.0127
1071	380 373 277 178	0.0004
1084	376 373 277 184	0.0013
1087	380 371 277 178	0.0034
1092	376 379 277 181	0.0964
1093	386 379 277 180	0.0135
1105	382 379 277 178	0.0008
1111	387 378 287 182	0.0025
1114	380 373 287 183	0.0169
1115	386 371 277 182	0.0918
1116	380 365 289 186	0.1079
1117	376 373 277 180	0.0474
1118	376 377 277 180	0.0008
1120	376 386 289 176	0.0008
1121	380 371 277 183	0.0047
1123	386 379 277 184	0.0013
1124	388 373 289 178	0.0055
1125	393 383 277 185	0.0220
1128	384 376 287 182	0.0008
1129	382 371 277 181	0.0008
1132	376 379 277 184	0.0013
1133	378 365 287 172	0.0169
1134	384 365 291 178	0.0008
1136	382 371 277 182	0.0004
1140	376 379 301 180	0.0038
1142	376 379 277 180	0.0047
1147	391 375 293 180	0.0025
1148	376 375 277 180	0.0021
1154	376 365 281 183	0.0097
1155	388 369 287 184	0.0004
1173	392 371 277 186	0.0038
1180	386 371 277 181	0.0004
1260	387 379 277 184	0.0004
1262	382 377 289 180	0.0008
1266	378 365 287 181	0.0008
1290	380 369 277 181	0.0008
1300	388 369 260 184	0.0004

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1182)
2001	343 324 284	0.0427
2003	343 324 282	0.2136
2005	339 322 280	0.0025
2006	339 325 280	0.0013
2007	351 327 280	0.0588
2008	339 327 276	0.0004
2011	345 322 284	0.0004
2012	345 322 280	0.0025
2014	339 322 284	0.0034
2016	339 323 284	0.0266
2017	343 322 280	0.0097
2018	339 324 284	0.0250
2021	339 324 268	0.0047
2022	339 327 282	0.1155
2023	341 323 282	0.0025
2024	343 323 280	0.0034
2028	345 327 288	0.0008
2032	339 323 280	0.0182
2033	339 323 282	0.0013
2035	341 323 280	0.0021
2037	341 327 280	0.0186
2040	345 327 280	0.0038
2053	343 324 280	0.0288
2066	339 324 280	0.1641
2068	339 327 284	0.0004
2070	347 324 282	0.1074
2071	339 322 286	0.0047
2072	339 325 282	0.0169
2073	339 327 286	0.0085
2074	341 324 284	0.0474
2075	341 327 282	0.0364
2076	345 322 282	0.0055
2077	347 325 286	0.0169
2079	343 323 278	0.0008
2082	339 325 268	0.0038
2087	347 324 280	0.0004

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1198)
1	AHT121	88	0.0004
		92	0.1060
		94	0.0768
		96	0.0021
		98	0.0096
		100	0.0472
		102	0.1060
		104	0.5305
		106	0.0351
		108	0.0822
		110	0.0013
		112	0.0029
2	AHT137	131	0.2337
		133	0.0622
		137	0.0818
		139	0.0401
		141	0.1786
		143	0.1123
		145	0.0079
		147	0.1991
		149	0.0643
		151	0.0192
		155	0.0008
3	AHTH130	117	0.0359
		119	0.2667
		121	0.0501
		123	0.0317
		125	0.3664
		127	0.1853
		129	0.0409
		131	0.0200
		133	0.0029
4	AHTh171-A	217	0.0017
		219	0.1619
		221	0.0013
		225	0.2550
		227	0.0296
		229	0.1866
		231	0.2771
		233	0.0205
		235	0.0384
		237	0.0280
5	AHTh260	238	0.1235
		242	0.0134
		244	0.2337
		246	0.2884
		248	0.2041
		250	0.1056
		252	0.0025
		254	0.0271
		258	0.0017
6	AHTk211	87	0.4745
		89	0.2258
		91	0.1457
		95	0.1427
		97	0.0113
7	AHTk253	284	0.0117
		286	0.0693
		288	0.6444
		290	0.0488
		292	0.2258
8	C22.279	116	0.1031
		118	0.2120
		120	0.0050
		122	0.0171
		124	0.2308
		126	0.1331
		128	0.0008
		130	0.2980
9	FH2001	124	0.0405
		128	0.0092
		132	0.4119
		136	0.0113
		140	0.0113
		144	0.4528
		148	0.0513
		152	0.0100
		158	0.0017
10	FH2054	148	0.0159
		152	0.0843
		156	0.2513
		160	0.1982
		164	0.0881
		168	0.1461
		172	0.1106
		176	0.1023
		180	0.0029
		184	0.0004
11	FH2848	230	0.0138
		232	0.3043
		234	0.0484
		236	0.0818
		238	0.0463
		240	0.2337
		242	0.2617
		244	0.0058
		246	0.0042
12	INRA21	91	0.1373
		95	0.0989
		97	0.3756
		99	0.0501
		101	0.1778
		103	0.1494
		105	0.0109
13	INU005	106	0.0008
		110	0.0309
		122	0.0134
		124	0.5872
		126	0.2179
		128	0.0088
		132	0.0275
		134	0.0038
		138	0.1098
14	INU030	144	0.6327
		146	0.0392
		148	0.0238
		150	0.1273
		152	0.1624
		154	0.0134
		156	0.0013
15	INU055	210	0.3740
		212	0.2058
		214	0.1006
		216	0.1298
		218	0.1845
		222	0.0054
16	LEI004	83	0.0004
		85	0.6411
		93	0.0004
		95	0.2262
		97	0.0138
		101	0.0017
		105	0.0004
		107	0.1089
		109	0.0071
17	REN105L03	227	0.0221
		229	0.0184
		231	0.2095
		233	0.0922
		235	0.0033
		237	0.1903
		239	0.0113
		241	0.4470
		245	0.0058
18	REN162C04	200	0.0346
		202	0.2199
		204	0.0488
		206	0.3969
		208	0.1285
		210	0.1711
19	REN169D01	202	0.0693
		204	0.0008
		210	0.1674
		212	0.0526
		214	0.0267
		216	0.4199
		218	0.0705
		220	0.1928
20	REN169O18	160	0.0710
		162	0.2045
		164	0.0430
		166	0.2312
		168	0.1853
		170	0.2346
		172	0.0305
21	REN247M23	266	0.0004
		268	0.4111
		270	0.1031
		272	0.1657
		274	0.0188
		276	0.2713
		278	0.0296
22	REN54P11	222	0.1690
		226	0.2667
		228	0.1110
		232	0.0902
		234	0.0597
		236	0.0409
		238	0.2625
23	REN64E19	139	0.1415
		143	0.0134
		145	0.0985
		147	0.3105
		149	0.0150
		151	0.0038
		153	0.3994
		155	0.0175
		157	0.0004
24	VGL0760	12	0.0317
		13	0.0609
		14	0.1031
		15	0.0096
		18.2	0.0972
		19.2	0.0025
		20.2	0.0167
		21.2	0.2337
		22.2	0.1707
		23.2	0.1611
		24.2	0.0501
		25.2	0.0296
		26.2	0.0326
		27.2	0.0004
25	VGL0910	13	0.0038
		14	0.0096
		16.1	0.0918
		17	0.0063
		17.1	0.1010
		18	0.0246
		18.1	0.0618
		19.1	0.1703
		20.1	0.0405
		20.3	0.0050
		21.1	0.3147
		22	0.0326
		22.1	0.1060
		23	0.0154
		23.1	0.0167
26	VGL1063	8	0.0234
		12	0.0843
		13	0.0396
		14	0.1978
		15	0.1031
		16	0.0071
		17	0.0876
		18	0.0689
		19	0.0438
		20	0.0860
		21	0.0893
		22	0.1565
		23	0.0125
27	VGL1165	14	0.0008
		15	0.0004
		16	0.0058
		17	0.0292
		18	0.1114
		19	0.0154
		20	0.0292
		21	0.1123
		22	0.0004
		23	0.0246
		25	0.0038
		26	0.3531
		27	0.0710
		28	0.1736
		29	0.0079
		30	0.0113
		31	0.0234
		32	0.0104
		33	0.0150
		34	0.0008
28	VGL1828	15	0.0146
		16	0.3084
		17	0.0050
		18	0.0213
		19	0.0326
		19.3	0.0029
		20	0.1089
		20.3	0.0004
		21	0.3602
		22	0.0634
		23	0.0814
		24	0.0008
29	VGL2009	9	0.0021
		10	0.0025
		11	0.1457
		12	0.0255
		13	0.2141
		14	0.2287
		15	0.2947
		16	0.0856
		17	0.0013
30	VGL2409	14	0.0117
		15	0.0701
		16	0.3264
		17	0.3251
		18	0.2129
		19	0.0029
		20	0.0417
		21	0.0092
31	VGL2918	12	0.0447
		13	0.2809
		14	0.1490
		15	0.0684
		16	0.0109
		16.3	0.0054
		17.3	0.0109
		18.3	0.0668
		19.3	0.0409
		20.3	0.0305
		21.3	0.0668
		22.3	0.2166
		23.3	0.0083
32	VGL3008	10	0.0004
		13	0.1285
		14	0.0083
		15	0.0705
		16	0.0263
		17	0.1098
		18	0.1540
		19	0.1770
		20	0.2037
		21	0.1039
		22	0.0104
		23	0.0071
33	VGL3235	11	0.0113
		12	0.0179
		13	0.1265
		14	0.2788
		15	0.3431
		16	0.0288
		17	0.0396
		18	0.0659
		19	0.0835
		20	0.0046

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1198	9.515	4.476	0.730	0.748	0.023
	SE		0.535	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1198	8.857	3.840	0.670	0.690	0.031
	SE		0.999	0.600	0.047	0.047	0.004

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1198	12	3.124	0.675	0.680	0.007
2	AHT137	1198	11	6.431	0.832	0.844	0.015
3	AHTH130	1198	9	4.055	0.715	0.753	0.050
4	AHTh171-A	1198	10	4.845	0.785	0.794	0.010
5	AHTh260	1198	9	4.836	0.770	0.793	0.030
6	AHTk211	1198	5	3.146	0.652	0.682	0.044
7	AHTk253	1198	5	2.112	0.484	0.526	0.080
8	C22.279	1198	8	4.636	0.757	0.784	0.035
9	FH2001	1198	9	2.635	0.626	0.621	-0.009
10	FH2054	1198	10	6.189	0.832	0.838	0.007
11	FH2848	1198	9	4.403	0.753	0.773	0.026
12	INRA21	1198	7	4.419	0.744	0.774	0.039
13	INU005	1198	9	2.461	0.594	0.594	-0.001
14	INU030	1198	7	2.246	0.545	0.555	0.018
15	INU055	1198	6	4.112	0.730	0.757	0.036
16	LEI004	1198	9	2.109	0.534	0.526	-0.016
17	REN105L03	1198	9	3.455	0.684	0.711	0.037
18	REN162C04	1198	6	3.917	0.730	0.745	0.019
19	REN169D01	1198	8	3.926	0.734	0.745	0.015
20	REN169O18	1198	7	5.196	0.793	0.808	0.018
21	REN247M23	1198	7	3.547	0.703	0.718	0.021
22	REN54P11	1198	7	5.147	0.773	0.806	0.041
23	REN64E19	1198	9	3.492	0.711	0.714	0.003
24	VGL0760	1198	14	7.176	0.851	0.861	0.011
25	VGL0910	1198	15	6.035	0.814	0.834	0.024
26	VGL1063	1198	13	8.818	0.876	0.887	0.011
27	VGL1165	1198	20	5.304	0.762	0.811	0.061
28	VGL1828	1198	12	4.014	0.764	0.751	-0.017
29	VGL2009	1198	9	4.669	0.759	0.786	0.034
30	VGL2409	1198	8	3.782	0.713	0.736	0.031
31	VGL2918	1198	13	6.004	0.826	0.833	0.009
32	VGL3008	1198	12	7.053	0.849	0.858	0.011
33	VGL3235	1198	10	4.432	0.733	0.774	0.054

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1198	12	5.043	0.783	0.802	0.023
2	DLA I-4ACA	1198	12	4.705	0.760	0.787	0.034
3	DLA I-4BCT	1198	8	2.043	0.502	0.510	0.017
4	DLA1131	1198	11	6.661	0.833	0.850	0.020
5	5ACA	1198	6	3.587	0.700	0.721	0.029
6	5ACT	1198	5	2.132	0.502	0.531	0.055
7	5BCA	1198	8	2.711	0.609	0.631	0.035

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media