Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Sep 28, 2020

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=546)
1003	387 375 277 186	0.0485
1006	387 375 293 180	0.0449
1011	376 365 281 180	0.0018
1012	388 369 289 188	0.0128
1014	375 373 287 178	0.0266
1016	382 371 277 178	0.2125
1018	375 373 287 186	0.0037
1029	380 365 281 182	0.0284
1030	380 373 293 178	0.0027
1035	386 373 277 184	0.0046
1040	380 371 277 186	0.0211
1052	380 372 289 184	0.0055
1054	382 379 277 184	0.1209
1068	380 373 287 181	0.0156
1084	376 373 277 184	0.0027
1087	380 371 277 178	0.0009
1092	376 379 277 181	0.0870
1093	386 379 277 180	0.0211
1105	382 379 277 178	0.0009
1114	380 373 287 183	0.0165
1115	386 371 277 182	0.1062
1116	380 365 289 186	0.0897
1117	376 373 277 180	0.0421
1118	376 377 277 180	0.0009
1119	376 378 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0018
1121	380 371 277 183	0.0064
1123	386 379 277 184	0.0027
1124	388 373 289 178	0.0064
1125	393 383 277 185	0.0119
1126	387 373 287 182	0.0009
1128	384 376 287 182	0.0018
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0018
1133	378 365 287 172	0.0211
1134	384 365 291 178	0.0018
1136	382 371 277 182	0.0009
1140	376 379 301 180	0.0027
1142	376 379 277 180	0.0027
1147	391 375 293 180	0.0027
1148	376 375 277 180	0.0046
1154	376 365 281 183	0.0046
1155	388 369 287 184	0.0009
1173	392 371 277 186	0.0027
1180	386 371 277 181	0.0009
1260	387 379 277 184	0.0009

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=546)
2001	343 324 284	0.0522
2003	343 324 282	0.2125
2005	339 322 280	0.0018
2006	339 325 280	0.0027
2007	351 327 280	0.0476
2011	345 322 284	0.0009
2012	345 322 280	0.0055
2014	339 322 284	0.0064
2016	339 323 284	0.0147
2017	343 322 280	0.0064
2018	339 324 284	0.0201
2021	339 324 268	0.0018
2022	339 327 282	0.1172
2023	341 323 282	0.0027
2024	343 323 280	0.0027
2032	339 323 280	0.0238
2033	339 323 282	0.0018
2035	341 323 280	0.0009
2037	341 327 280	0.0266
2040	345 327 280	0.0027
2053	343 324 280	0.0366
2066	339 324 280	0.1859
2070	347 324 282	0.0888
2071	339 322 286	0.0064
2072	339 325 282	0.0165
2073	339 327 286	0.0073
2074	341 324 284	0.0440
2075	341 327 282	0.0284
2076	345 322 282	0.0064
2077	347 325 286	0.0211
2079	343 323 278	0.0018
2082	339 325 268	0.0046
2087	347 324 280	0.0009

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=547)
1	AHT121	92	0.1099
		94	0.0614
		96	0.0009
		98	0.0137
		100	0.0531
		102	0.1099
		104	0.5183
		106	0.0412
		108	0.0897
		112	0.0018
2	AHT137	131	0.2340
		133	0.0585
		137	0.0951
		139	0.0338
		141	0.1737
		143	0.1133
		145	0.0055
		147	0.1993
		149	0.0649
		151	0.0201
		155	0.0018
3	AHTH130	117	0.0339
		119	0.2601
		121	0.0559
		123	0.0275
		125	0.3626
		127	0.1941
		129	0.0394
		131	0.0256
		133	0.0009
4	AHTh171-A	219	0.1676
		225	0.2573
		227	0.0293
		229	0.2088
		231	0.2500
		233	0.0201
		235	0.0385
		237	0.0284
5	AHTh260	238	0.1015
		242	0.0091
		244	0.2377
		246	0.2980
		248	0.2112
		250	0.1024
		252	0.0055
		254	0.0311
		258	0.0037
6	AHTk211	87	0.4909
		89	0.2203
		91	0.1472
		95	0.1298
		97	0.0119
7	AHTk253	284	0.0046
		286	0.0786
		288	0.6399
		290	0.0384
		292	0.2386
8	C22.279	116	0.0980
		118	0.2198
		120	0.0046
		122	0.0128
		124	0.2299
		126	0.1163
		128	0.0009
		130	0.3178
9	FH2001	124	0.0403
		128	0.0137
		132	0.4469
		136	0.0119
		140	0.0073
		144	0.4222
		148	0.0458
		152	0.0110
		158	0.0009
10	FH2054	148	0.0183
		152	0.0797
		156	0.2518
		160	0.1978
		164	0.0788
		168	0.1529
		172	0.1007
		176	0.1172
		180	0.0018
		184	0.0009
11	FH2848	230	0.0165
		232	0.2952
		234	0.0439
		236	0.0914
		238	0.0594
		240	0.2176
		242	0.2660
		244	0.0064
		246	0.0037
12	INRA21	91	0.1145
		95	0.1016
		97	0.3755
		99	0.0504
		101	0.1795
		103	0.1685
		105	0.0101
13	INU005	110	0.0375
		122	0.0082
		124	0.5760
		126	0.2262
		128	0.0073
		132	0.0266
		134	0.0046
		138	0.1136
14	INU030	144	0.6346
		146	0.0330
		148	0.0366
		150	0.1273
		152	0.1575
		154	0.0101
		156	0.0009
15	INU055	210	0.3690
		212	0.2033
		214	0.0916
		216	0.1520
		218	0.1822
		222	0.0018
16	LEI004	83	0.0009
		85	0.6310
		93	0.0009
		95	0.2518
		97	0.0027
		101	0.0027
		105	0.0009
		107	0.0998
		109	0.0092
17	REN105L03	227	0.0082
		229	0.0192
		231	0.2139
		233	0.0868
		235	0.0027
		237	0.1874
		239	0.0174
		241	0.4598
		245	0.0046
18	REN162C04	200	0.0476
		202	0.2179
		204	0.0513
		206	0.3736
		208	0.1236
		210	0.1859
19	REN169D01	202	0.0676
		204	0.0009
		210	0.1746
		212	0.0466
		214	0.0430
		216	0.4260
		218	0.0603
		220	0.1810
20	REN169O18	160	0.0731
		162	0.2340
		164	0.0448
		166	0.2020
		168	0.1819
		170	0.2276
		172	0.0366
21	REN247M23	268	0.3848
		270	0.1325
		272	0.1746
		274	0.0110
		276	0.2605
		278	0.0366
22	REN54P11	222	0.1877
		226	0.2564
		228	0.1218
		232	0.1081
		234	0.0531
		236	0.0559
		238	0.2170
23	REN64E19	139	0.1529
		143	0.0082
		145	0.0943
		147	0.3086
		149	0.0137
		151	0.0037
		153	0.4029
		155	0.0156
24	VGL0760	12	0.0357
		13	0.0449
		14	0.0916
		15	0.0055
		18.2	0.0934
		19.2	0.0037
		20.2	0.0211
		21.2	0.2537
		22.2	0.1685
		23.2	0.1749
		24.2	0.0485
		25.2	0.0311
		26.2	0.0266
		27.2	0.0009
25	VGL0910	13	0.0055
		14	0.0128
		16.1	0.0897
		17	0.0128
		17.1	0.1099
		18	0.0275
		18.1	0.0522
		19.1	0.1465
		20.1	0.0394
		20.3	0.0055
		21.1	0.3196
		22	0.0330
		22.1	0.1081
		23	0.0256
		23.1	0.0119
26	VGL1063	8	0.0256
		12	0.1007
		13	0.0357
		14	0.2024
		15	0.0980
		16	0.0064
		17	0.1035
		18	0.0742
		19	0.0467
		20	0.0623
		21	0.0760
		22	0.1648
		23	0.0037
27	VGL1165	14	0.0018
		15	0.0009
		16	0.0018
		17	0.0302
		18	0.0943
		19	0.0211
		20	0.0192
		21	0.1145
		22	0.0009
		23	0.0385
		25	0.0009
		26	0.3333
		27	0.0659
		28	0.2005
		29	0.0046
		30	0.0128
		31	0.0311
		32	0.0101
		33	0.0174
28	VGL1828	15	0.0192
		16	0.3168
		17	0.0018
		18	0.0302
		19	0.0394
		19.3	0.0046
		20	0.0980
		21	0.3370
		22	0.0568
		23	0.0943
		24	0.0018
29	VGL2009	9	0.0046
		10	0.0009
		11	0.1493
		12	0.0211
		13	0.2408
		14	0.2436
		15	0.2601
		16	0.0788
		17	0.0009
30	VGL2409	14	0.0174
		15	0.0522
		16	0.3168
		17	0.3581
		18	0.2088
		19	0.0027
		20	0.0375
		21	0.0064
31	VGL2918	12	0.0449
		13	0.2811
		14	0.1447
		15	0.0806
		16	0.0128
		16.3	0.0055
		17.3	0.0137
		18.3	0.0815
		19.3	0.0247
		20.3	0.0238
		21.3	0.0778
		22.3	0.2024
		23.3	0.0064
32	VGL3008	13	0.1300
		14	0.0064
		15	0.0723
		16	0.0174
		17	0.0897
		18	0.1612
		19	0.1859
		20	0.2179
		21	0.1053
		22	0.0128
		23	0.0009
33	VGL3235	11	0.0147
		12	0.0156
		13	0.1053
		14	0.2537
		15	0.3828
		16	0.0394
		17	0.0339
		18	0.0696
		19	0.0815
		20	0.0037

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Havanese	Mean	547	9.212	4.467	0.727	0.748	0.028
	SE		0.514	0.258	0.016	0.016	0.005

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Havanese	Mean	547	8.429	3.698	0.644	0.680	0.055
	SE		1.085	0.567	0.050	0.049	0.012

Standard genetic assessment for individual STR loci

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	547	10	3.233	0.689	0.691	0.003
2	AHT137	547	11	6.421	0.846	0.844	-0.003
3	AHTH130	547	9	4.097	0.712	0.756	0.058
4	AHTh171-A	547	8	4.903	0.780	0.796	0.020
5	AHTh260	547	9	4.723	0.779	0.788	0.012
6	AHTk211	547	5	3.048	0.651	0.672	0.031
7	AHTk253	547	5	2.110	0.479	0.526	0.089
8	C22.279	547	8	4.436	0.742	0.775	0.042
9	FH2001	547	9	2.617	0.636	0.618	-0.029
10	FH2054	547	10	6.146	0.821	0.837	0.020
11	FH2848	547	9	4.558	0.779	0.781	0.002
12	INRA21	547	7	4.393	0.734	0.772	0.049
13	INU005	547	8	2.512	0.571	0.602	0.051
14	INU030	547	7	2.241	0.544	0.554	0.018
15	INU055	547	6	4.128	0.705	0.758	0.069
16	LEI004	547	9	2.121	0.529	0.528	-0.002
17	REN105L03	547	9	3.327	0.673	0.699	0.038
18	REN162C04	547	6	4.135	0.758	0.758	-0.000
19	REN169D01	547	8	3.892	0.726	0.743	0.023
20	REN169O18	547	7	5.287	0.790	0.811	0.026
21	REN247M23	547	6	3.767	0.722	0.735	0.017
22	REN54P11	547	7	5.539	0.786	0.819	0.041
23	REN64E19	547	8	3.444	0.707	0.710	0.004
24	VGL0760	547	14	6.745	0.817	0.852	0.041
25	VGL0910	547	15	6.145	0.810	0.837	0.033
26	VGL1063	547	13	8.481	0.859	0.882	0.026
27	VGL1165	547	19	5.481	0.744	0.818	0.090
28	VGL1828	547	11	4.192	0.789	0.761	-0.037
29	VGL2009	547	9	4.674	0.766	0.786	0.026
30	VGL2409	547	8	3.614	0.707	0.723	0.023
31	VGL2918	547	13	6.107	0.806	0.836	0.036
32	VGL3008	547	11	6.674	0.833	0.850	0.020
33	VGL3235	547	10	4.226	0.709	0.763	0.072

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	547	12	4.978	0.771	0.799	0.035
2	DLA I-4ACA	547	12	4.359	0.725	0.771	0.059
3	DLA I-4BCT	547	7	1.906	0.462	0.475	0.029
4	DLA1131	547	11	6.347	0.824	0.842	0.022
5	5ACA	547	6	3.426	0.650	0.708	0.082
6	5ACT	547	5	2.120	0.467	0.528	0.116
7	5BCA	547	6	2.748	0.608	0.636	0.044

Veterinary Genetics Laboratory

Vet Med Links +

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media