Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Feb 25, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1084)
1003	387 375 277 186	0.0447
1006	387 375 293 180	0.0498
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0111
1014	375 373 287 178	0.0194
1016	382 371 277 178	0.1933
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0069
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0355
1030	380 373 293 178	0.0028
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0042
1040	380 371 277 186	0.0152
1052	380 372 289 184	0.0097
1054	382 379 277 184	0.1241
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0129
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0032
1092	376 379 277 181	0.0964
1093	386 379 277 180	0.0143
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0032
1114	380 373 287 183	0.0171
1115	386 371 277 182	0.0932
1116	380 365 289 186	0.1042
1117	376 373 277 180	0.0494
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0051
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0060
1125	393 383 277 185	0.0194
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0180
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0037
1142	376 379 277 180	0.0042
1147	391 375 293 180	0.0018
1148	376 375 277 180	0.0023
1154	376 365 281 183	0.0078
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0028
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0005

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1084)
2001	343 324 284	0.0489
2003	343 324 282	0.2136
2005	339 322 280	0.0023
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0517
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0028
2014	339 322 284	0.0037
2016	339 323 284	0.0240
2017	343 322 280	0.0101
2018	339 324 284	0.0258
2021	339 324 268	0.0046
2022	339 327 282	0.1185
2023	341 323 282	0.0028
2024	343 323 280	0.0042
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0185
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0023
2037	341 327 280	0.0194
2040	345 327 280	0.0028
2053	343 324 280	0.0277
2066	339 324 280	0.1637
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1038
2071	339 322 286	0.0051
2072	339 325 282	0.0171
2073	339 327 286	0.0069
2074	341 324 284	0.0498
2075	341 327 282	0.0360
2076	345 322 282	0.0060
2077	347 325 286	0.0180
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0042
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1084)
1	AHT121	92	0.1052
		94	0.0733
		96	0.0018
		98	0.0101
		100	0.0466
		102	0.1042
		104	0.5392
		106	0.0355
		108	0.0798
		110	0.0014
		112	0.0028
2	AHT137	131	0.2329
		133	0.0646
		137	0.0789
		139	0.0383
		141	0.1757
		143	0.1125
		145	0.0078
		147	0.2006
		149	0.0673
		151	0.0203
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0374
		119	0.2592
		121	0.0512
		123	0.0318
		125	0.3667
		127	0.1887
		129	0.0424
		131	0.0198
		133	0.0028
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1591
		221	0.0014
		225	0.2565
		227	0.0304
		229	0.1873
		231	0.2795
		233	0.0194
		235	0.0378
		237	0.0277
5	AHTh260	238	0.1213
		242	0.0138
		244	0.2292
		246	0.2887
		248	0.2062
		250	0.1075
		252	0.0028
		254	0.0286
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4719
		89	0.2279
		91	0.1476
		95	0.1407
		97	0.0120
7	AHTk253	284	0.0129
		286	0.0701
		288	0.6342
		290	0.0489
		292	0.2339
8	C22.279	116	0.1042
		118	0.2149
		120	0.0055
		122	0.0166
		124	0.2223
		126	0.1328
		128	0.0009
		130	0.3026
9	FH2001	124	0.0369
		128	0.0092
		132	0.4188
		136	0.0092
		140	0.0106
		144	0.4520
		148	0.0512
		152	0.0101
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0157
		152	0.0826
		156	0.2482
		160	0.1979
		164	0.0927
		168	0.1462
		172	0.1102
		176	0.1033
		180	0.0028
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0148
		232	0.3007
		234	0.0507
		236	0.0826
		238	0.0480
		240	0.2315
		242	0.2620
		244	0.0055
		246	0.0042
12	INRA21	91	0.1338
		95	0.1029
		97	0.3745
		99	0.0484
		101	0.1794
		103	0.1499
		105	0.0111
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0323
		122	0.0143
		124	0.5839
		126	0.2177
		128	0.0088
		132	0.0281
		134	0.0037
		138	0.1102
14	INU030	144	0.6315
		146	0.0378
		148	0.0249
		150	0.1282
		152	0.1614
		154	0.0148
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3796
		212	0.2099
		214	0.1019
		216	0.1255
		218	0.1785
		222	0.0046
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6375
		93	0.0005
		95	0.2260
		97	0.0129
		101	0.0018
		105	0.0005
		107	0.1130
		109	0.0074
17	REN105L03	227	0.0231
		229	0.0166
		231	0.2094
		233	0.0927
		235	0.0032
		237	0.1942
		239	0.0115
		241	0.4433
		245	0.0060
18	REN162C04	200	0.0364
		202	0.2214
		204	0.0484
		206	0.3925
		208	0.1315
		210	0.1697
19	REN169D01	202	0.0660
		204	0.0009
		210	0.1707
		212	0.0540
		214	0.0277
		216	0.4207
		218	0.0678
		220	0.1923
20	REN169O18	160	0.0715
		162	0.2108
		164	0.0424
		166	0.2311
		168	0.1840
		170	0.2274
		172	0.0327
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4073
		270	0.1065
		272	0.1647
		274	0.0171
		276	0.2740
		278	0.0300
22	REN54P11	222	0.1720
		226	0.2666
		228	0.1084
		232	0.0918
		234	0.0595
		236	0.0420
		238	0.2597
23	REN64E19	139	0.1435
		143	0.0138
		145	0.0955
		147	0.3063
		149	0.0138
		151	0.0042
		153	0.4050
		155	0.0175
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0341
		13	0.0618
		14	0.1029
		15	0.0097
		18.2	0.0978
		19.2	0.0028
		20.2	0.0175
		21.2	0.2325
		22.2	0.1725
		23.2	0.1577
		24.2	0.0512
		25.2	0.0286
		26.2	0.0304
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0042
		14	0.0101
		16.1	0.0941
		17	0.0065
		17.1	0.1019
		18	0.0244
		18.1	0.0618
		19.1	0.1674
		20.1	0.0392
		20.3	0.0051
		21.1	0.3132
		22	0.0318
		22.1	0.1079
		23	0.0157
		23.1	0.0166
26	VGL1063	8	0.0258
		12	0.0844
		13	0.0383
		14	0.1974
		15	0.1029
		16	0.0074
		17	0.0849
		18	0.0706
		19	0.0457
		20	0.0839
		21	0.0890
		22	0.1577
		23	0.0120
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0005
		16	0.0051
		17	0.0300
		18	0.1079
		19	0.0161
		20	0.0286
		21	0.1153
		22	0.0005
		23	0.0263
		25	0.0028
		26	0.3538
		27	0.0710
		28	0.1753
		29	0.0078
		30	0.0111
		31	0.0231
		32	0.0101
		33	0.0134
		34	0.0005
28	VGL1828	15	0.0152
		16	0.3081
		17	0.0051
		18	0.0226
		19	0.0318
		19.3	0.0028
		20	0.1107
		20.3	0.0005
		21	0.3589
		22	0.0632
		23	0.0803
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0023
		10	0.0018
		11	0.1471
		12	0.0263
		13	0.2209
		14	0.2288
		15	0.2855
		16	0.0858
		17	0.0014
30	VGL2409	14	0.0120
		15	0.0706
		16	0.3280
		17	0.3210
		18	0.2154
		19	0.0028
		20	0.0406
		21	0.0097
31	VGL2918	12	0.0466
		13	0.2851
		14	0.1476
		15	0.0687
		16	0.0101
		16.3	0.0042
		17.3	0.0115
		18.3	0.0687
		19.3	0.0411
		20.3	0.0277
		21.3	0.0692
		22.3	0.2113
		23.3	0.0083
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1241
		14	0.0088
		15	0.0715
		16	0.0258
		17	0.1042
		18	0.1559
		19	0.1817
		20	0.2034
		21	0.1052
		22	0.0111
		23	0.0078
33	VGL3235	11	0.0115
		12	0.0185
		13	0.1250
		14	0.2717
		15	0.3482
		16	0.0300
		17	0.0415
		18	0.0655
		19	0.0835
		20	0.0046

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1084	9.485	4.485	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1084	8.714	3.815	0.665	0.689	0.036
	SE		1.024	0.594	0.047	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1084	11	3.049	0.662	0.672	0.014
2	AHT137	1084	11	6.454	0.830	0.845	0.018
3	AHTH130	1084	9	4.090	0.720	0.756	0.048
4	AHTh171-A	1084	10	4.812	0.790	0.792	0.003
5	AHTh260	1084	9	4.861	0.773	0.794	0.027
6	AHTk211	1084	5	3.162	0.658	0.684	0.038
7	AHTk253	1084	5	2.153	0.492	0.536	0.082
8	C22.279	1084	8	4.629	0.758	0.784	0.033
9	FH2001	1084	9	2.603	0.623	0.616	-0.011
10	FH2054	1084	10	6.226	0.832	0.839	0.009
11	FH2848	1084	9	4.451	0.757	0.775	0.023
12	INRA21	1084	7	4.427	0.741	0.774	0.043
13	INU005	1084	9	2.483	0.594	0.597	0.005
14	INU030	1084	7	2.255	0.547	0.556	0.017
15	INU055	1084	6	4.062	0.727	0.754	0.036
16	LEI004	1084	9	2.126	0.534	0.530	-0.009
17	REN105L03	1084	9	3.477	0.686	0.712	0.037
18	REN162C04	1084	6	3.955	0.736	0.747	0.015
19	REN169D01	1084	8	3.911	0.738	0.744	0.008
20	REN169O18	1084	7	5.225	0.794	0.809	0.018
21	REN247M23	1084	7	3.564	0.704	0.719	0.022
22	REN54P11	1084	7	5.165	0.772	0.806	0.042
23	REN64E19	1084	9	3.470	0.710	0.712	0.002
24	VGL0760	1084	14	7.216	0.849	0.861	0.015
25	VGL0910	1084	15	6.072	0.815	0.835	0.024
26	VGL1063	1084	13	8.839	0.877	0.887	0.011
27	VGL1165	1084	20	5.275	0.756	0.810	0.068
28	VGL1828	1084	12	4.029	0.771	0.752	-0.026
29	VGL2009	1084	9	4.708	0.754	0.788	0.043
30	VGL2409	1084	8	3.789	0.714	0.736	0.030
31	VGL2918	1084	13	5.993	0.822	0.833	0.013
32	VGL3008	1084	12	7.039	0.851	0.858	0.008
33	VGL3235	1084	10	4.443	0.733	0.775	0.054

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1084	12	4.995	0.775	0.800	0.031
2	DLA I-4ACA	1084	12	4.670	0.754	0.786	0.041
3	DLA I-4BCT	1084	7	2.019	0.489	0.505	0.031
4	DLA1131	1084	11	6.611	0.827	0.849	0.025
5	5ACA	1084	6	3.555	0.694	0.719	0.035
6	5ACT	1084	5	2.131	0.504	0.531	0.051
7	5BCA	1084	8	2.722	0.611	0.633	0.035

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media