Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Nov 12, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1068)
1003	387 375 277 186	0.0445
1006	387 375 293 180	0.0506
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0112
1014	375 373 287 178	0.0197
1016	382 371 277 178	0.1934
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0070
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0360
1030	380 373 293 178	0.0028
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0042
1040	380 371 277 186	0.0150
1052	380 372 289 184	0.0098
1054	382 379 277 184	0.1231
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0126
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0033
1092	376 379 277 181	0.0974
1093	386 379 277 180	0.0145
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0033
1114	380 373 287 183	0.0173
1115	386 371 277 182	0.0922
1116	380 365 289 186	0.1044
1117	376 373 277 180	0.0492
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0051
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0056
1125	393 383 277 185	0.0192
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0178
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0037
1142	376 379 277 180	0.0042
1147	391 375 293 180	0.0014
1148	376 375 277 180	0.0023
1154	376 365 281 183	0.0075
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0028
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0005

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1068)
2001	343 324 284	0.0492
2003	343 324 282	0.2130
2005	339 322 280	0.0023
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0520
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0028
2014	339 322 284	0.0037
2016	339 323 284	0.0239
2017	343 322 280	0.0103
2018	339 324 284	0.0257
2021	339 324 268	0.0047
2022	339 327 282	0.1175
2023	341 323 282	0.0028
2024	343 323 280	0.0042
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0187
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0023
2037	341 327 280	0.0197
2040	345 327 280	0.0028
2053	343 324 280	0.0272
2066	339 324 280	0.1639
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1039
2071	339 322 286	0.0051
2072	339 325 282	0.0173
2073	339 327 286	0.0070
2074	341 324 284	0.0496
2075	341 327 282	0.0365
2076	345 322 282	0.0056
2077	347 325 286	0.0178
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0042
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1069)
1	AHT121	92	0.1049
		94	0.0735
		96	0.0019
		98	0.0103
		100	0.0468
		102	0.1035
		104	0.5407
		106	0.0351
		108	0.0791
		110	0.0014
		112	0.0028
2	AHT137	131	0.2334
		133	0.0645
		137	0.0800
		139	0.0370
		141	0.1759
		143	0.1137
		145	0.0080
		147	0.1993
		149	0.0669
		151	0.0206
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0375
		119	0.2589
		121	0.0515
		123	0.0314
		125	0.3666
		127	0.1887
		129	0.0431
		131	0.0201
		133	0.0023
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1582
		221	0.0014
		225	0.2556
		227	0.0290
		229	0.1877
		231	0.2818
		233	0.0187
		235	0.0384
		237	0.0281
5	AHTh260	238	0.1202
		242	0.0140
		244	0.2283
		246	0.2891
		248	0.2077
		250	0.1080
		252	0.0028
		254	0.0281
		258	0.0019
6	AHTk211	87	0.4719
		89	0.2283
		91	0.1487
		95	0.1389
		97	0.0122
7	AHTk253	284	0.0126
		286	0.0707
		288	0.6330
		290	0.0492
		292	0.2346
8	C22.279	116	0.1049
		118	0.2140
		120	0.0056
		122	0.0169
		124	0.2219
		126	0.1334
		128	0.0009
		130	0.3024
9	FH2001	124	0.0370
		128	0.0094
		132	0.4185
		136	0.0089
		140	0.0108
		144	0.4518
		148	0.0515
		152	0.0103
		158	0.0019
10	FH2054	148	0.0159
		152	0.0824
		156	0.2467
		160	0.1976
		164	0.0941
		168	0.1456
		172	0.1105
		176	0.1044
		180	0.0023
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0150
		232	0.3012
		234	0.0514
		236	0.0814
		238	0.0468
		240	0.2325
		242	0.2619
		244	0.0056
		246	0.0042
12	INRA21	91	0.1330
		95	0.1025
		97	0.3745
		99	0.0487
		101	0.1784
		103	0.1517
		105	0.0112
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0328
		122	0.0145
		124	0.5829
		126	0.2177
		128	0.0089
		132	0.0286
		134	0.0037
		138	0.1100
14	INU030	144	0.6292
		146	0.0384
		148	0.0248
		150	0.1287
		152	0.1625
		154	0.0150
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3806
		212	0.2097
		214	0.1016
		216	0.1236
		218	0.1798
		222	0.0047
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6372
		93	0.0005
		95	0.2266
		97	0.0126
		101	0.0019
		105	0.0005
		107	0.1128
		109	0.0075
17	REN105L03	227	0.0234
		229	0.0168
		231	0.2100
		233	0.0921
		235	0.0028
		237	0.1936
		239	0.0117
		241	0.4434
		245	0.0061
18	REN162C04	200	0.0370
		202	0.2219
		204	0.0492
		206	0.3919
		208	0.1301
		210	0.1699
19	REN169D01	202	0.0664
		204	0.0009
		210	0.1688
		212	0.0533
		214	0.0281
		216	0.4233
		218	0.0669
		220	0.1922
20	REN169O18	160	0.0720
		162	0.2105
		164	0.0416
		166	0.2311
		168	0.1848
		170	0.2273
		172	0.0327
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4074
		270	0.1066
		272	0.1637
		274	0.0173
		276	0.2755
		278	0.0290
22	REN54P11	222	0.1732
		226	0.2678
		228	0.1063
		232	0.0908
		234	0.0599
		236	0.0426
		238	0.2594
23	REN64E19	139	0.1433
		143	0.0140
		145	0.0969
		147	0.3052
		149	0.0140
		151	0.0042
		153	0.4040
		155	0.0178
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0342
		13	0.0613
		14	0.1030
		15	0.0098
		18.2	0.0983
		19.2	0.0028
		20.2	0.0173
		21.2	0.2313
		22.2	0.1728
		23.2	0.1573
		24.2	0.0515
		25.2	0.0290
		26.2	0.0309
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0037
		14	0.0103
		16.1	0.0950
		17	0.0066
		17.1	0.1021
		18	0.0248
		18.1	0.0609
		19.1	0.1667
		20.1	0.0393
		20.3	0.0047
		21.1	0.3137
		22	0.0314
		22.1	0.1086
		23	0.0154
		23.1	0.0169
26	VGL1063	8	0.0253
		12	0.0847
		13	0.0389
		14	0.1976
		15	0.1025
		16	0.0070
		17	0.0852
		18	0.0707
		19	0.0449
		20	0.0843
		21	0.0890
		22	0.1582
		23	0.0117
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0005
		16	0.0051
		17	0.0286
		18	0.1081
		19	0.0159
		20	0.0281
		21	0.1152
		22	0.0005
		23	0.0267
		25	0.0028
		26	0.3535
		27	0.0721
		28	0.1751
		29	0.0080
		30	0.0112
		31	0.0234
		32	0.0103
		33	0.0136
		34	0.0005
28	VGL1828	15	0.0150
		16	0.3081
		17	0.0051
		18	0.0229
		19	0.0323
		19.3	0.0028
		20	0.1105
		21	0.3605
		22	0.0632
		23	0.0787
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0023
		10	0.0019
		11	0.1461
		12	0.0253
		13	0.2219
		14	0.2303
		15	0.2846
		16	0.0861
		17	0.0014
30	VGL2409	14	0.0122
		15	0.0712
		16	0.3282
		17	0.3193
		18	0.2163
		19	0.0023
		20	0.0407
		21	0.0098
31	VGL2918	12	0.0468
		13	0.2856
		14	0.1442
		15	0.0698
		16	0.0103
		16.3	0.0042
		17.3	0.0117
		18.3	0.0688
		19.3	0.0407
		20.3	0.0272
		21.3	0.0693
		22.3	0.2130
		23.3	0.0084
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1255
		14	0.0080
		15	0.0716
		16	0.0262
		17	0.1044
		18	0.1540
		19	0.1821
		20	0.2037
		21	0.1053
		22	0.0108
		23	0.0080
33	VGL3235	11	0.0112
		12	0.0187
		13	0.1250
		14	0.2715
		15	0.3474
		16	0.0295
		17	0.0417
		18	0.0660
		19	0.0843
		20	0.0047

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1069	9.455	4.484	0.731	0.748	0.023
	SE		0.529	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1069	8.714	3.818	0.664	0.689	0.038
	SE		1.024	0.593	0.046	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1069	11	3.037	0.662	0.671	0.013
2	AHT137	1069	11	6.455	0.832	0.845	0.016
3	AHTH130	1069	9	4.093	0.722	0.756	0.045
4	AHTh171-A	1069	10	4.796	0.788	0.791	0.004
5	AHTh260	1069	9	4.857	0.773	0.794	0.027
6	AHTk211	1069	5	3.161	0.660	0.684	0.034
7	AHTk253	1069	5	2.159	0.493	0.537	0.081
8	C22.279	1069	8	4.638	0.758	0.784	0.033
9	FH2001	1069	9	2.606	0.625	0.616	-0.015
10	FH2054	1069	10	6.246	0.831	0.840	0.011
11	FH2848	1069	9	4.442	0.759	0.775	0.021
12	INRA21	1069	7	4.429	0.742	0.774	0.042
13	INU005	1069	9	2.491	0.596	0.599	0.005
14	INU030	1069	7	2.267	0.550	0.559	0.016
15	INU055	1069	6	4.052	0.724	0.753	0.039
16	LEI004	1069	9	2.126	0.533	0.530	-0.006
17	REN105L03	1069	9	3.476	0.684	0.712	0.040
18	REN162C04	1069	6	3.962	0.738	0.748	0.013
19	REN169D01	1069	8	3.889	0.737	0.743	0.008
20	REN169O18	1069	7	5.222	0.794	0.809	0.018
21	REN247M23	1069	7	3.557	0.703	0.719	0.023
22	REN54P11	1069	7	5.156	0.772	0.806	0.042
23	REN64E19	1069	9	3.484	0.710	0.713	0.004
24	VGL0760	1069	14	7.239	0.848	0.862	0.016
25	VGL0910	1069	15	6.062	0.816	0.835	0.023
26	VGL1063	1069	13	8.819	0.875	0.887	0.013
27	VGL1165	1069	20	5.280	0.754	0.811	0.070
28	VGL1828	1069	11	4.015	0.771	0.751	-0.026
29	VGL2009	1069	9	4.701	0.754	0.787	0.043
30	VGL2409	1069	8	3.796	0.716	0.737	0.028
31	VGL2918	1069	13	5.986	0.823	0.833	0.012
32	VGL3008	1069	12	7.034	0.851	0.858	0.008
33	VGL3235	1069	10	4.453	0.734	0.775	0.053

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1069	12	4.995	0.772	0.800	0.034
2	DLA I-4ACA	1069	12	4.676	0.753	0.786	0.042
3	DLA I-4BCT	1069	7	2.024	0.489	0.506	0.034
4	DLA1131	1069	11	6.611	0.826	0.849	0.027
5	5ACA	1069	6	3.559	0.690	0.719	0.040
6	5ACT	1069	5	2.135	0.505	0.532	0.051
7	5BCA	1069	8	2.725	0.611	0.633	0.034

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media