Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Aug 19, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1106)
1003	387 375 277 186	0.0439
1006	387 375 293 180	0.0497
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0113
1014	375 373 287 178	0.0194
1016	382 371 277 178	0.1935
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0068
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0362
1030	380 373 293 178	0.0027
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0041
1040	380 371 277 186	0.0154
1052	380 372 289 184	0.0095
1054	382 379 277 184	0.1221
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0127
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0032
1092	376 379 277 181	0.0958
1093	386 379 277 180	0.0145
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0032
1114	380 373 287 183	0.0176
1115	386 371 277 182	0.0936
1116	380 365 289 186	0.1053
1117	376 373 277 180	0.0488
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0050
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0059
1125	393 383 277 185	0.0199
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0176
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0041
1142	376 379 277 180	0.0041
1147	391 375 293 180	0.0027
1148	376 375 277 180	0.0023
1154	376 365 281 183	0.0077
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0032
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0009

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1106)
2001	343 324 284	0.0479
2003	343 324 282	0.2134
2005	339 322 280	0.0023
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0524
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0027
2014	339 322 284	0.0036
2016	339 323 284	0.0249
2017	343 322 280	0.0099
2018	339 324 284	0.0262
2021	339 324 268	0.0045
2022	339 327 282	0.1166
2023	341 323 282	0.0027
2024	343 323 280	0.0041
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0185
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0023
2037	341 327 280	0.0194
2040	345 327 280	0.0032
2053	343 324 280	0.0280
2066	339 324 280	0.1637
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1049
2071	339 322 286	0.0050
2072	339 325 282	0.0176
2073	339 327 286	0.0068
2074	341 324 284	0.0493
2075	341 327 282	0.0366
2076	345 322 282	0.0059
2077	347 325 286	0.0176
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0041
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1106)
1	AHT121	92	0.1062
		94	0.0728
		96	0.0018
		98	0.0099
		100	0.0470
		102	0.1031
		104	0.5389
		106	0.0348
		108	0.0814
		110	0.0014
		112	0.0027
2	AHT137	131	0.2355
		133	0.0633
		137	0.0791
		139	0.0402
		141	0.1745
		143	0.1121
		145	0.0081
		147	0.1998
		149	0.0665
		151	0.0199
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0371
		119	0.2622
		121	0.0506
		123	0.0321
		125	0.3635
		127	0.1894
		129	0.0425
		131	0.0199
		133	0.0027
4	AHTh171-A	217	0.0009
		219	0.1582
		221	0.0014
		225	0.2581
		227	0.0298
		229	0.1885
		231	0.2785
		233	0.0190
		235	0.0375
		237	0.0280
5	AHTh260	238	0.1207
		242	0.0140
		244	0.2283
		246	0.2902
		248	0.2066
		250	0.1076
		252	0.0027
		254	0.0280
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4715
		89	0.2278
		91	0.1469
		95	0.1420
		97	0.0118
7	AHTk253	284	0.0127
		286	0.0701
		288	0.6365
		290	0.0484
		292	0.2324
8	C22.279	116	0.1031
		118	0.2152
		120	0.0054
		122	0.0167
		124	0.2220
		126	0.1320
		128	0.0009
		130	0.3047
9	FH2001	124	0.0362
		128	0.0090
		132	0.4164
		136	0.0099
		140	0.0104
		144	0.4552
		148	0.0506
		152	0.0104
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0154
		152	0.0836
		156	0.2495
		160	0.1980
		164	0.0927
		168	0.1438
		172	0.1103
		176	0.1035
		180	0.0027
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0145
		232	0.3011
		234	0.0502
		236	0.0827
		238	0.0484
		240	0.2337
		242	0.2595
		244	0.0054
		246	0.0045
12	INRA21	91	0.1356
		95	0.1022
		97	0.3734
		99	0.0484
		101	0.1790
		103	0.1505
		105	0.0108
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0321
		122	0.0145
		124	0.5850
		126	0.2179
		128	0.0090
		132	0.0280
		134	0.0036
		138	0.1090
14	INU030	144	0.6334
		146	0.0371
		148	0.0244
		150	0.1284
		152	0.1609
		154	0.0145
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3766
		212	0.2098
		214	0.1040
		216	0.1279
		218	0.1772
		222	0.0045
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6401
		93	0.0005
		95	0.2238
		97	0.0131
		101	0.0018
		105	0.0005
		107	0.1126
		109	0.0072
17	REN105L03	227	0.0235
		229	0.0172
		231	0.2071
		233	0.0936
		235	0.0032
		237	0.1926
		239	0.0113
		241	0.4453
		245	0.0063
18	REN162C04	200	0.0362
		202	0.2220
		204	0.0484
		206	0.3920
		208	0.1307
		210	0.1709
19	REN169D01	202	0.0687
		204	0.0009
		210	0.1691
		212	0.0533
		214	0.0276
		216	0.4213
		218	0.0683
		220	0.1908
20	REN169O18	160	0.0710
		162	0.2098
		164	0.0420
		166	0.2297
		168	0.1854
		170	0.2297
		172	0.0325
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4055
		270	0.1062
		272	0.1664
		274	0.0181
		276	0.2735
		278	0.0298
22	REN54P11	222	0.1718
		226	0.2685
		228	0.1090
		232	0.0913
		234	0.0597
		236	0.0416
		238	0.2581
23	REN64E19	139	0.1433
		143	0.0136
		145	0.0981
		147	0.3033
		149	0.0145
		151	0.0041
		153	0.4046
		155	0.0181
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0339
		13	0.0615
		14	0.1026
		15	0.0099
		18.2	0.0972
		19.2	0.0027
		20.2	0.0176
		21.2	0.2328
		22.2	0.1722
		23.2	0.1587
		24.2	0.0520
		25.2	0.0285
		26.2	0.0298
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0041
		14	0.0099
		16.1	0.0940
		17	0.0068
		17.1	0.1022
		18	0.0253
		18.1	0.0624
		19.1	0.1668
		20.1	0.0389
		20.3	0.0050
		21.1	0.3133
		22	0.0330
		22.1	0.1062
		23	0.0154
		23.1	0.0167
26	VGL1063	8	0.0253
		12	0.0836
		13	0.0384
		14	0.1980
		15	0.1040
		16	0.0072
		17	0.0859
		18	0.0701
		19	0.0452
		20	0.0832
		21	0.0886
		22	0.1578
		23	0.0127
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0005
		16	0.0054
		17	0.0294
		18	0.1076
		19	0.0158
		20	0.0280
		21	0.1148
		22	0.0005
		23	0.0258
		25	0.0027
		26	0.3562
		27	0.0714
		28	0.1754
		29	0.0081
		30	0.0108
		31	0.0231
		32	0.0099
		33	0.0131
		34	0.0005
28	VGL1828	15	0.0149
		16	0.3079
		17	0.0050
		18	0.0222
		19	0.0312
		19.3	0.0027
		20	0.1099
		20.3	0.0005
		21	0.3580
		22	0.0651
		23	0.0818
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0023
		10	0.0018
		11	0.1478
		12	0.0262
		13	0.2197
		14	0.2269
		15	0.2875
		16	0.0863
		17	0.0014
30	VGL2409	14	0.0118
		15	0.0719
		16	0.3259
		17	0.3210
		18	0.2156
		19	0.0032
		20	0.0411
		21	0.0095
31	VGL2918	12	0.0457
		13	0.2844
		14	0.1492
		15	0.0678
		16	0.0108
		16.3	0.0041
		17.3	0.0113
		18.3	0.0683
		19.3	0.0407
		20.3	0.0280
		21.3	0.0696
		22.3	0.2120
		23.3	0.0081
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1243
		14	0.0086
		15	0.0710
		16	0.0253
		17	0.1062
		18	0.1551
		19	0.1790
		20	0.2057
		21	0.1058
		22	0.0108
		23	0.0077
33	VGL3235	11	0.0113
		12	0.0185
		13	0.1252
		14	0.2703
		15	0.3513
		16	0.0294
		17	0.0411
		18	0.0651
		19	0.0832
		20	0.0045

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1106	9.485	4.482	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1106	8.714	3.822	0.666	0.689	0.035
	SE		1.024	0.594	0.047	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1106	11	3.051	0.661	0.672	0.017
2	AHT137	1106	11	6.444	0.827	0.845	0.021
3	AHTH130	1106	9	4.100	0.719	0.756	0.049
4	AHTh171-A	1106	10	4.803	0.788	0.792	0.004
5	AHTh260	1106	9	4.850	0.770	0.794	0.030
6	AHTk211	1106	5	3.163	0.657	0.684	0.039
7	AHTk253	1106	5	2.143	0.489	0.533	0.083
8	C22.279	1106	8	4.613	0.755	0.783	0.036
9	FH2001	1106	9	2.598	0.621	0.615	-0.010
10	FH2054	1106	10	6.216	0.832	0.839	0.009
11	FH2848	1106	9	4.453	0.756	0.775	0.025
12	INRA21	1106	7	4.436	0.744	0.775	0.039
13	INU005	1106	9	2.477	0.594	0.596	0.004
14	INU030	1106	7	2.244	0.546	0.554	0.015
15	INU055	1106	6	4.091	0.729	0.756	0.036
16	LEI004	1106	9	2.115	0.532	0.527	-0.008
17	REN105L03	1106	9	3.472	0.686	0.712	0.036
18	REN162C04	1106	6	3.955	0.737	0.747	0.014
19	REN169D01	1106	8	3.914	0.738	0.745	0.009
20	REN169O18	1106	7	5.216	0.795	0.808	0.017
21	REN247M23	1106	7	3.579	0.704	0.721	0.023
22	REN54P11	1106	7	5.161	0.772	0.806	0.042
23	REN64E19	1106	9	3.489	0.711	0.713	0.004
24	VGL0760	1106	14	7.206	0.848	0.861	0.015
25	VGL0910	1106	15	6.083	0.816	0.836	0.024
26	VGL1063	1106	13	8.823	0.876	0.887	0.012
27	VGL1165	1106	20	5.232	0.756	0.809	0.066
28	VGL1828	1106	12	4.037	0.770	0.752	-0.024
29	VGL2009	1106	9	4.707	0.757	0.788	0.039
30	VGL2409	1106	8	3.804	0.713	0.737	0.032
31	VGL2918	1106	13	5.987	0.824	0.833	0.011
32	VGL3008	1106	12	7.029	0.849	0.858	0.010
33	VGL3235	1106	10	4.418	0.734	0.774	0.051

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1106	12	5.014	0.777	0.801	0.030
2	DLA I-4ACA	1106	12	4.675	0.755	0.786	0.040
3	DLA I-4BCT	1106	7	2.031	0.493	0.508	0.029
4	DLA1131	1106	11	6.616	0.829	0.849	0.023
5	5ACA	1106	6	3.567	0.694	0.720	0.035
6	5ACT	1106	5	2.132	0.503	0.531	0.053
7	5BCA	1106	8	2.717	0.610	0.632	0.034

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media