Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Oct 13, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1135)
1003	387 375 277 186	0.0445
1006	387 375 293 180	0.0507
1009	382 377 277 184	0.0004
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0110
1014	375 373 287 178	0.0189
1016	382 371 277 178	0.1930
1017	386 373 289 178	0.0004
1018	375 373 287 186	0.0066
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0357
1030	380 373 293 178	0.0026
1033	382 379 277 181	0.0013
1035	386 373 277 184	0.0040
1040	380 371 277 186	0.0154
1052	380 372 289 184	0.0093
1054	382 379 277 184	0.1220
1062	382 371 277 183	0.0004
1068	380 373 287 181	0.0132
1071	380 373 277 178	0.0004
1084	376 373 277 184	0.0013
1087	380 371 277 178	0.0031
1092	376 379 277 181	0.0965
1093	386 379 277 180	0.0141
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0031
1114	380 373 287 183	0.0172
1115	386 371 277 182	0.0947
1116	380 365 289 186	0.1048
1117	376 373 277 180	0.0485
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0048
1123	386 379 277 184	0.0013
1124	388 373 289 178	0.0057
1125	393 383 277 185	0.0203
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0172
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0004
1140	376 379 301 180	0.0040
1142	376 379 277 180	0.0040
1147	391 375 293 180	0.0026
1148	376 375 277 180	0.0022
1154	376 365 281 183	0.0088
1155	388 369 287 184	0.0004
1173	392 371 277 186	0.0035
1180	386 371 277 181	0.0004
1260	387 379 277 184	0.0004
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0009

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1135)
2001	343 324 284	0.0485
2003	343 324 282	0.2159
2005	339 322 280	0.0022
2006	339 325 280	0.0013
2007	351 327 280	0.0533
2008	339 327 276	0.0004
2011	345 322 284	0.0004
2012	345 322 280	0.0026
2014	339 322 284	0.0035
2016	339 323 284	0.0251
2017	343 322 280	0.0097
2018	339 324 284	0.0256
2021	339 324 268	0.0044
2022	339 327 282	0.1154
2023	341 323 282	0.0026
2024	343 323 280	0.0040
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0181
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0022
2037	341 327 280	0.0189
2040	345 327 280	0.0035
2053	343 324 280	0.0286
2066	339 324 280	0.1639
2068	339 327 284	0.0004
2070	347 324 282	0.1044
2071	339 322 286	0.0048
2072	339 325 282	0.0172
2073	339 327 286	0.0079
2074	341 324 284	0.0489
2075	341 327 282	0.0361
2076	345 322 282	0.0057
2077	347 325 286	0.0172
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0040
2087	347 324 280	0.0004

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1135)
1	AHT121	92	0.1053
		94	0.0753
		96	0.0018
		98	0.0097
		100	0.0463
		102	0.1044
		104	0.5374
		106	0.0357
		108	0.0797
		110	0.0013
		112	0.0031
2	AHT137	131	0.2326
		133	0.0626
		137	0.0815
		139	0.0396
		141	0.1762
		143	0.1110
		145	0.0079
		147	0.2013
		149	0.0661
		151	0.0203
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0374
		119	0.2626
		121	0.0502
		123	0.0317
		125	0.3643
		127	0.1881
		129	0.0419
		131	0.0207
		133	0.0031
4	AHTh171-A	217	0.0018
		219	0.1581
		221	0.0013
		225	0.2581
		227	0.0291
		229	0.1890
		231	0.2784
		233	0.0185
		235	0.0374
		237	0.0282
5	AHTh260	238	0.1251
		242	0.0141
		244	0.2295
		246	0.2868
		248	0.2057
		250	0.1062
		252	0.0026
		254	0.0282
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4696
		89	0.2300
		91	0.1485
		95	0.1405
		97	0.0115
7	AHTk253	284	0.0123
		286	0.0705
		288	0.6379
		290	0.0485
		292	0.2308
8	C22.279	116	0.1026
		118	0.2159
		120	0.0053
		122	0.0163
		124	0.2229
		126	0.1344
		128	0.0009
		130	0.3018
9	FH2001	124	0.0374
		128	0.0088
		132	0.4154
		136	0.0110
		140	0.0106
		144	0.4537
		148	0.0511
		152	0.0101
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0163
		152	0.0841
		156	0.2520
		160	0.1965
		164	0.0903
		168	0.1445
		172	0.1101
		176	0.1026
		180	0.0031
		184	0.0004
11	FH2848	230	0.0145
		232	0.3026
		234	0.0507
		236	0.0824
		238	0.0485
		240	0.2339
		242	0.2577
		244	0.0053
		246	0.0044
12	INRA21	91	0.1357
		95	0.1013
		97	0.3736
		99	0.0498
		101	0.1784
		103	0.1507
		105	0.0106
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0313
		122	0.0141
		124	0.5885
		126	0.2172
		128	0.0088
		132	0.0278
		134	0.0040
		138	0.1075
14	INU030	144	0.6339
		146	0.0374
		148	0.0238
		150	0.1282
		152	0.1612
		154	0.0141
		156	0.0013
15	INU055	210	0.3762
		212	0.2075
		214	0.1018
		216	0.1282
		218	0.1819
		222	0.0044
16	LEI004	83	0.0004
		85	0.6401
		93	0.0004
		95	0.2229
		97	0.0141
		101	0.0018
		105	0.0004
		107	0.1123
		109	0.0075
17	REN105L03	227	0.0229
		229	0.0172
		231	0.2093
		233	0.0934
		235	0.0035
		237	0.1934
		239	0.0110
		241	0.4432
		245	0.0062
18	REN162C04	200	0.0352
		202	0.2198
		204	0.0493
		206	0.3938
		208	0.1313
		210	0.1705
19	REN169D01	202	0.0674
		204	0.0009
		210	0.1709
		212	0.0524
		214	0.0273
		216	0.4207
		218	0.0700
		220	0.1903
20	REN169O18	160	0.0709
		162	0.2079
		164	0.0423
		166	0.2330
		168	0.1837
		170	0.2300
		172	0.0322
21	REN247M23	266	0.0004
		268	0.4084
		270	0.1053
		272	0.1652
		274	0.0176
		276	0.2727
		278	0.0304
22	REN54P11	222	0.1689
		226	0.2685
		228	0.1116
		232	0.0922
		234	0.0595
		236	0.0410
		238	0.2584
23	REN64E19	139	0.1414
		143	0.0132
		145	0.0969
		147	0.3075
		149	0.0145
		151	0.0040
		153	0.4040
		155	0.0181
		157	0.0004
24	VGL0760	12	0.0330
		13	0.0608
		14	0.1035
		15	0.0097
		18.2	0.0974
		19.2	0.0026
		20.2	0.0176
		21.2	0.2344
		22.2	0.1700
		23.2	0.1595
		24.2	0.0507
		25.2	0.0286
		26.2	0.0317
		27.2	0.0004
25	VGL0910	13	0.0040
		14	0.0097
		16.1	0.0938
		17	0.0066
		17.1	0.1009
		18	0.0247
		18.1	0.0612
		19.1	0.1683
		20.1	0.0414
		20.3	0.0048
		21.1	0.3123
		22	0.0326
		22.1	0.1075
		23	0.0154
		23.1	0.0167
26	VGL1063	8	0.0247
		12	0.0833
		13	0.0401
		14	0.1974
		15	0.1040
		16	0.0070
		17	0.0859
		18	0.0700
		19	0.0445
		20	0.0846
		21	0.0872
		22	0.1586
		23	0.0128
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0004
		16	0.0057
		17	0.0295
		18	0.1088
		19	0.0154
		20	0.0300
		21	0.1132
		22	0.0004
		23	0.0251
		25	0.0035
		26	0.3524
		27	0.0718
		28	0.1740
		29	0.0079
		30	0.0110
		31	0.0238
		32	0.0101
		33	0.0154
		34	0.0004
28	VGL1828	15	0.0150
		16	0.3057
		17	0.0048
		18	0.0225
		19	0.0313
		19.3	0.0026
		20	0.1079
		20.3	0.0004
		21	0.3604
		22	0.0652
		23	0.0833
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0022
		10	0.0026
		11	0.1458
		12	0.0256
		13	0.2154
		14	0.2282
		15	0.2916
		16	0.0872
		17	0.0013
30	VGL2409	14	0.0123
		15	0.0700
		16	0.3256
		17	0.3220
		18	0.2163
		19	0.0031
		20	0.0414
		21	0.0093
31	VGL2918	12	0.0454
		13	0.2833
		14	0.1493
		15	0.0674
		16	0.0110
		16.3	0.0048
		17.3	0.0110
		18.3	0.0678
		19.3	0.0414
		20.3	0.0291
		21.3	0.0683
		22.3	0.2128
		23.3	0.0084
32	VGL3008	10	0.0004
		13	0.1269
		14	0.0084
		15	0.0709
		16	0.0256
		17	0.1079
		18	0.1551
		19	0.1789
		20	0.2040
		21	0.1040
		22	0.0106
		23	0.0075
33	VGL3235	11	0.0110
		12	0.0181
		13	0.1260
		14	0.2731
		15	0.3476
		16	0.0295
		17	0.0405
		18	0.0661
		19	0.0837
		20	0.0044

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1135	9.485	4.485	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1135	8.714	3.821	0.667	0.689	0.032
	SE		1.024	0.597	0.048	0.048	0.004

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1135	11	3.064	0.665	0.674	0.012
2	AHT137	1135	11	6.453	0.831	0.845	0.017
3	AHTH130	1135	9	4.096	0.719	0.756	0.049
4	AHTh171-A	1135	10	4.801	0.789	0.792	0.004
5	AHTh260	1135	9	4.874	0.769	0.795	0.032
6	AHTk211	1135	5	3.171	0.657	0.685	0.040
7	AHTk253	1135	5	2.138	0.490	0.532	0.080
8	C22.279	1135	8	4.625	0.751	0.784	0.042
9	FH2001	1135	9	2.612	0.621	0.617	-0.007
10	FH2054	1135	10	6.205	0.833	0.839	0.006
11	FH2848	1135	9	4.451	0.756	0.775	0.025
12	INRA21	1135	7	4.438	0.747	0.775	0.036
13	INU005	1135	9	2.456	0.593	0.593	-0.000
14	INU030	1135	7	2.240	0.545	0.554	0.015
15	INU055	1135	6	4.090	0.729	0.756	0.036
16	LEI004	1135	9	2.117	0.532	0.528	-0.008
17	REN105L03	1135	9	3.481	0.687	0.713	0.036
18	REN162C04	1135	6	3.946	0.737	0.747	0.013
19	REN169D01	1135	8	3.916	0.738	0.745	0.008
20	REN169O18	1135	7	5.208	0.794	0.808	0.018
21	REN247M23	1135	7	3.562	0.704	0.719	0.021
22	REN54P11	1135	7	5.167	0.772	0.806	0.042
23	REN64E19	1135	9	3.474	0.708	0.712	0.005
24	VGL0760	1135	14	7.191	0.848	0.861	0.014
25	VGL0910	1135	15	6.089	0.817	0.836	0.023
26	VGL1063	1135	13	8.826	0.877	0.887	0.011
27	VGL1165	1135	20	5.317	0.759	0.812	0.066
28	VGL1828	1135	12	4.034	0.769	0.752	-0.023
29	VGL2009	1135	9	4.693	0.759	0.787	0.036
30	VGL2409	1135	8	3.797	0.716	0.737	0.028
31	VGL2918	1135	13	6.003	0.826	0.833	0.008
32	VGL3008	1135	12	7.037	0.848	0.858	0.011
33	VGL3235	1135	10	4.432	0.734	0.774	0.052

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1135	12	5.022	0.781	0.801	0.024
2	DLA I-4ACA	1135	12	4.669	0.758	0.786	0.036
3	DLA I-4BCT	1135	7	2.026	0.494	0.506	0.024
4	DLA1131	1135	11	6.629	0.833	0.849	0.019
5	5ACA	1135	6	3.566	0.698	0.720	0.030
6	5ACT	1135	5	2.120	0.498	0.528	0.058
7	5BCA	1135	8	2.719	0.610	0.632	0.036

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media