Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Aug 3, 2026

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1187)
1003	387 375 277 186	0.0442
1006	387 375 293 180	0.0543
1009	382 377 277 184	0.0004
1011	376 365 281 180	0.0008
1012	388 369 289 188	0.0110
1014	375 373 287 178	0.0181
1016	382 371 277 178	0.1904
1017	386 373 289 178	0.0004
1018	375 373 287 186	0.0067
1019	380 373 287 185	0.0008
1029	380 365 281 182	0.0354
1030	380 373 293 178	0.0025
1033	382 379 277 181	0.0013
1035	386 373 277 184	0.0038
1040	380 371 277 186	0.0156
1052	380 372 289 184	0.0088
1054	382 379 277 184	0.1234
1062	382 371 277 183	0.0004
1068	380 373 287 181	0.0126
1071	380 373 277 178	0.0004
1084	376 373 277 184	0.0013
1087	380 371 277 178	0.0034
1092	376 379 277 181	0.0998
1093	386 379 277 180	0.0135
1105	382 379 277 178	0.0008
1111	387 378 287 182	0.0029
1114	380 373 287 183	0.0164
1115	386 371 277 182	0.0914
1116	380 365 289 186	0.1053
1117	376 373 277 180	0.0476
1118	376 377 277 180	0.0008
1120	376 386 289 176	0.0008
1121	380 371 277 183	0.0046
1123	386 379 277 184	0.0013
1124	388 373 289 178	0.0055
1125	393 383 277 185	0.0211
1128	384 376 287 182	0.0008
1129	382 371 277 181	0.0008
1132	376 379 277 184	0.0013
1133	378 365 287 172	0.0168
1134	384 365 291 178	0.0008
1136	382 371 277 182	0.0004
1140	376 379 301 180	0.0038
1142	376 379 277 180	0.0046
1147	391 375 293 180	0.0025
1148	376 375 277 180	0.0021
1154	376 365 281 183	0.0097
1155	388 369 287 184	0.0004
1173	392 371 277 186	0.0038
1180	386 371 277 181	0.0004
1260	387 379 277 184	0.0004
1262	382 377 289 180	0.0008
1266	378 365 287 181	0.0008
1290	380 369 277 181	0.0008
1300	388 369 260 184	0.0004

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1187)
2001	343 324 284	0.0489
2003	343 324 282	0.2161
2005	339 322 280	0.0021
2006	339 325 280	0.0013
2007	351 327 280	0.0569
2008	339 327 276	0.0004
2011	345 322 284	0.0004
2012	345 322 280	0.0025
2014	339 322 284	0.0034
2016	339 323 284	0.0257
2017	343 322 280	0.0097
2018	339 324 284	0.0249
2021	339 324 268	0.0046
2022	339 327 282	0.1163
2023	341 323 282	0.0025
2024	343 323 280	0.0038
2028	345 327 288	0.0008
2032	339 323 280	0.0181
2033	339 323 282	0.0013
2035	341 323 280	0.0021
2037	341 327 280	0.0181
2040	345 327 280	0.0038
2053	343 324 280	0.0282
2066	339 324 280	0.1622
2068	339 327 284	0.0004
2070	347 324 282	0.1049
2071	339 322 286	0.0046
2072	339 325 282	0.0164
2073	339 327 286	0.0084
2074	341 324 284	0.0476
2075	341 327 282	0.0362
2076	345 322 282	0.0055
2077	347 325 286	0.0168
2079	343 323 278	0.0008
2082	339 325 268	0.0038
2087	347 324 280	0.0004

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1188)
1	AHT121	88	0.0004
		92	0.1065
		94	0.0766
		96	0.0021
		98	0.0097
		100	0.0467
		102	0.1056
		104	0.5311
		106	0.0349
		108	0.0821
		110	0.0013
		112	0.0029
2	AHT137	131	0.2332
		133	0.0619
		137	0.0821
		139	0.0400
		141	0.1789
		143	0.1120
		145	0.0080
		147	0.1995
		149	0.0644
		151	0.0194
		155	0.0008
3	AHTH130	117	0.0362
		119	0.2652
		121	0.0497
		123	0.0311
		125	0.3670
		127	0.1869
		129	0.0408
		131	0.0202
		133	0.0029
4	AHTh171-A	217	0.0017
		219	0.1608
		221	0.0013
		225	0.2551
		227	0.0295
		229	0.1869
		231	0.2774
		233	0.0206
		235	0.0387
		237	0.0282
5	AHTh260	238	0.1237
		242	0.0135
		244	0.2344
		246	0.2875
		248	0.2041
		250	0.1052
		252	0.0025
		254	0.0274
		258	0.0017
6	AHTk211	87	0.4743
		89	0.2260
		91	0.1465
		95	0.1423
		97	0.0109
7	AHTk253	284	0.0118
		286	0.0699
		288	0.6427
		290	0.0488
		292	0.2269
8	C22.279	116	0.1035
		118	0.2130
		120	0.0051
		122	0.0168
		124	0.2285
		126	0.1330
		128	0.0008
		130	0.2992
9	FH2001	124	0.0404
		128	0.0088
		132	0.4129
		136	0.0114
		140	0.0109
		144	0.4524
		148	0.0518
		152	0.0097
		158	0.0017
10	FH2054	148	0.0160
		152	0.0838
		156	0.2504
		160	0.1991
		164	0.0880
		168	0.1469
		172	0.1103
		176	0.1023
		180	0.0029
		184	0.0004
11	FH2848	230	0.0139
		232	0.3043
		234	0.0488
		236	0.0825
		238	0.0467
		240	0.2344
		242	0.2597
		244	0.0055
		246	0.0042
12	INRA21	91	0.1368
		95	0.0993
		97	0.3750
		99	0.0505
		101	0.1776
		103	0.1498
		105	0.0109
13	INU005	106	0.0008
		110	0.0307
		122	0.0135
		124	0.5884
		126	0.2172
		128	0.0088
		132	0.0269
		134	0.0038
		138	0.1098
14	INU030	144	0.6338
		146	0.0387
		148	0.0236
		150	0.1275
		152	0.1616
		154	0.0135
		156	0.0013
15	INU055	210	0.3746
		212	0.2058
		214	0.1002
		216	0.1292
		218	0.1848
		222	0.0055
16	LEI004	83	0.0004
		85	0.6414
		93	0.0004
		95	0.2256
		97	0.0135
		101	0.0017
		105	0.0004
		107	0.1094
		109	0.0072
17	REN105L03	227	0.0223
		229	0.0181
		231	0.2092
		233	0.0926
		235	0.0034
		237	0.1902
		239	0.0114
		241	0.4470
		245	0.0059
18	REN162C04	200	0.0349
		202	0.2193
		204	0.0492
		206	0.3969
		208	0.1288
		210	0.1709
19	REN169D01	202	0.0686
		204	0.0008
		210	0.1688
		212	0.0518
		214	0.0269
		216	0.4205
		218	0.0703
		220	0.1923
20	REN169O18	160	0.0699
		162	0.2050
		164	0.0425
		166	0.2323
		168	0.1852
		170	0.2344
		172	0.0307
21	REN247M23	266	0.0004
		268	0.4112
		270	0.1035
		272	0.1646
		274	0.0185
		276	0.2719
		278	0.0299
22	REN54P11	222	0.1688
		226	0.2673
		228	0.1098
		232	0.0905
		234	0.0602
		236	0.0408
		238	0.2626
23	REN64E19	139	0.1423
		143	0.0130
		145	0.0972
		147	0.3114
		149	0.0152
		151	0.0038
		153	0.3990
		155	0.0177
		157	0.0004
24	VGL0760	12	0.0320
		13	0.0610
		14	0.1031
		15	0.0097
		18.2	0.0981
		19.2	0.0025
		20.2	0.0168
		21.2	0.2323
		22.2	0.1713
		23.2	0.1608
		24.2	0.0501
		25.2	0.0290
		26.2	0.0328
		27.2	0.0004
25	VGL0910	13	0.0038
		14	0.0097
		16.1	0.0922
		17	0.0063
		17.1	0.1010
		18	0.0248
		18.1	0.0610
		19.1	0.1692
		20.1	0.0408
		20.3	0.0051
		21.1	0.3152
		22	0.0324
		22.1	0.1065
		23	0.0156
		23.1	0.0164
26	VGL1063	8	0.0236
		12	0.0846
		13	0.0400
		14	0.1978
		15	0.1031
		16	0.0072
		17	0.0875
		18	0.0690
		19	0.0438
		20	0.0859
		21	0.0892
		22	0.1557
		23	0.0126
27	VGL1165	14	0.0008
		15	0.0004
		16	0.0059
		17	0.0290
		18	0.1111
		19	0.0156
		20	0.0290
		21	0.1128
		22	0.0004
		23	0.0248
		25	0.0038
		26	0.3531
		27	0.0707
		28	0.1734
		29	0.0080
		30	0.0114
		31	0.0231
		32	0.0105
		33	0.0152
		34	0.0008
28	VGL1828	15	0.0143
		16	0.3060
		17	0.0051
		18	0.0215
		19	0.0320
		19.3	0.0029
		20	0.1098
		20.3	0.0004
		21	0.3611
		22	0.0640
		23	0.0821
		24	0.0008
29	VGL2009	9	0.0021
		10	0.0025
		11	0.1456
		12	0.0257
		13	0.2142
		14	0.2285
		15	0.2938
		16	0.0863
		17	0.0013
30	VGL2409	14	0.0118
		15	0.0699
		16	0.3274
		17	0.3241
		18	0.2125
		19	0.0029
		20	0.0421
		21	0.0093
31	VGL2918	12	0.0438
		13	0.2824
		14	0.1490
		15	0.0682
		16	0.0109
		16.3	0.0055
		17.3	0.0109
		18.3	0.0669
		19.3	0.0412
		20.3	0.0307
		21.3	0.0669
		22.3	0.2151
		23.3	0.0084
32	VGL3008	10	0.0004
		13	0.1279
		14	0.0084
		15	0.0707
		16	0.0265
		17	0.1098
		18	0.1536
		19	0.1772
		20	0.2037
		21	0.1040
		22	0.0105
		23	0.0072
33	VGL3235	11	0.0109
		12	0.0181
		13	0.1258
		14	0.2778
		15	0.3443
		16	0.0286
		17	0.0396
		18	0.0665
		19	0.0838
		20	0.0046

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1188	9.515	4.477	0.730	0.748	0.023
	SE		0.535	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1188	8.857	3.835	0.669	0.690	0.031
	SE		0.999	0.600	0.047	0.047	0.005

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1188	12	3.118	0.673	0.679	0.009
2	AHT137	1188	11	6.433	0.832	0.845	0.015
3	AHTH130	1188	9	4.053	0.717	0.753	0.048
4	AHTh171-A	1188	10	4.846	0.786	0.794	0.009
5	AHTh260	1188	9	4.841	0.769	0.793	0.030
6	AHTk211	1188	5	3.146	0.652	0.682	0.045
7	AHTk253	1188	5	2.119	0.486	0.528	0.080
8	C22.279	1188	8	4.633	0.757	0.784	0.035
9	FH2001	1188	9	2.632	0.625	0.620	-0.007
10	FH2054	1188	10	6.190	0.832	0.838	0.008
11	FH2848	1188	9	4.413	0.753	0.773	0.027
12	INRA21	1188	7	4.427	0.744	0.774	0.039
13	INU005	1188	9	2.455	0.595	0.593	-0.004
14	INU030	1188	7	2.240	0.545	0.554	0.016
15	INU055	1188	6	4.106	0.730	0.756	0.035
16	LEI004	1188	9	2.107	0.534	0.525	-0.016
17	REN105L03	1188	9	3.457	0.684	0.711	0.038
18	REN162C04	1188	6	3.921	0.730	0.745	0.020
19	REN169D01	1188	8	3.917	0.734	0.745	0.014
20	REN169O18	1188	7	5.185	0.793	0.807	0.018
21	REN247M23	1188	7	3.546	0.704	0.718	0.020
22	REN54P11	1188	7	5.143	0.772	0.806	0.042
23	REN64E19	1188	9	3.489	0.712	0.713	0.002
24	VGL0760	1188	14	7.196	0.851	0.861	0.012
25	VGL0910	1188	15	6.032	0.813	0.834	0.025
26	VGL1063	1188	13	8.833	0.876	0.887	0.012
27	VGL1165	1188	20	5.305	0.762	0.812	0.061
28	VGL1828	1188	12	4.022	0.767	0.751	-0.021
29	VGL2009	1188	9	4.678	0.758	0.786	0.035
30	VGL2409	1188	8	3.784	0.713	0.736	0.031
31	VGL2918	1188	13	5.998	0.827	0.833	0.008
32	VGL3008	1188	12	7.059	0.848	0.858	0.011
33	VGL3235	1188	10	4.428	0.732	0.774	0.054

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1188	12	5.038	0.782	0.802	0.024
2	DLA I-4ACA	1188	12	4.691	0.760	0.787	0.034
3	DLA I-4BCT	1188	8	2.033	0.499	0.508	0.018
4	DLA1131	1188	11	6.664	0.833	0.850	0.020
5	5ACA	1188	6	3.580	0.699	0.721	0.029
6	5ACT	1188	5	2.128	0.498	0.530	0.060
7	5BCA	1188	8	2.714	0.610	0.631	0.034

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media