Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Apr 18, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1041)
1003	387 375 277 186	0.0461
1006	387 375 293 180	0.0504
1009	382 377 277 184	0.0005
1011	376 365 281 180	0.0010
1012	388 369 289 188	0.0115
1014	375 373 287 178	0.0202
1016	382 371 277 178	0.1936
1017	386 373 289 178	0.0005
1018	375 373 287 186	0.0077
1019	380 373 287 185	0.0010
1029	380 365 281 182	0.0365
1030	380 373 293 178	0.0029
1033	382 379 277 181	0.0014
1035	386 373 277 184	0.0043
1040	380 371 277 186	0.0154
1052	380 372 289 184	0.0101
1054	382 379 277 184	0.1234
1062	382 371 277 183	0.0005
1068	380 373 287 181	0.0120
1071	380 373 277 178	0.0005
1084	376 373 277 184	0.0014
1087	380 371 277 178	0.0034
1092	376 379 277 181	0.0946
1093	386 379 277 180	0.0149
1105	382 379 277 178	0.0005
1111	387 378 287 182	0.0034
1114	380 373 287 183	0.0168
1115	386 371 277 182	0.0908
1116	380 365 289 186	0.1057
1117	376 373 277 180	0.0504
1118	376 377 277 180	0.0010
1120	376 386 289 176	0.0010
1121	380 371 277 183	0.0053
1123	386 379 277 184	0.0014
1124	388 373 289 178	0.0053
1125	393 383 277 185	0.0183
1128	384 376 287 182	0.0010
1129	382 371 277 181	0.0010
1132	376 379 277 184	0.0010
1133	378 365 287 172	0.0183
1134	384 365 291 178	0.0010
1136	382 371 277 182	0.0005
1140	376 379 301 180	0.0024
1142	376 379 277 180	0.0043
1147	391 375 293 180	0.0014
1148	376 375 277 180	0.0024
1154	376 365 281 183	0.0072
1155	388 369 287 184	0.0005
1173	392 371 277 186	0.0024
1180	386 371 277 181	0.0005
1260	387 379 277 184	0.0005
1262	382 377 289 180	0.0010
1266	378 365 287 181	0.0010
1290	380 369 277 181	0.0005

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1041)
2001	343 324 284	0.0509
2003	343 324 282	0.2094
2005	339 322 280	0.0024
2006	339 325 280	0.0014
2007	351 327 280	0.0519
2008	339 327 276	0.0005
2011	345 322 284	0.0005
2012	345 322 280	0.0029
2014	339 322 284	0.0038
2016	339 323 284	0.0216
2017	343 322 280	0.0106
2018	339 324 284	0.0264
2021	339 324 268	0.0043
2022	339 327 282	0.1177
2023	341 323 282	0.0029
2024	343 323 280	0.0043
2028	345 327 288	0.0010
2032	339 323 280	0.0192
2033	339 323 282	0.0010
2035	341 323 280	0.0024
2037	341 327 280	0.0202
2040	345 327 280	0.0024
2053	343 324 280	0.0269
2066	339 324 280	0.1633
2068	339 327 284	0.0005
2070	347 324 282	0.1052
2071	339 322 286	0.0053
2072	339 325 282	0.0168
2073	339 327 286	0.0072
2074	341 324 284	0.0509
2075	341 327 282	0.0370
2076	345 322 282	0.0053
2077	347 325 286	0.0183
2079	343 323 278	0.0010
2082	339 325 268	0.0043
2087	347 324 280	0.0005

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1041)
1	AHT121	92	0.1052
		94	0.0725
		96	0.0019
		98	0.0101
		100	0.0480
		102	0.1018
		104	0.5408
		106	0.0346
		108	0.0812
		110	0.0014
		112	0.0024
2	AHT137	131	0.2315
		133	0.0663
		137	0.0812
		139	0.0375
		141	0.1748
		143	0.1143
		145	0.0082
		147	0.1979
		149	0.0668
		151	0.0207
		155	0.0010
3	AHTH130	117	0.0384
		119	0.2594
		121	0.0524
		123	0.0317
		125	0.3646
		127	0.1873
		129	0.0442
		131	0.0197
		133	0.0024
4	AHTh171-A	217	0.0010
		219	0.1580
		221	0.0014
		225	0.2565
		227	0.0283
		229	0.1878
		231	0.2829
		233	0.0192
		235	0.0365
		237	0.0283
5	AHTh260	238	0.1182
		242	0.0144
		244	0.2267
		246	0.2911
		248	0.2085
		250	0.1081
		252	0.0029
		254	0.0283
		258	0.0019
6	AHTk211	87	0.4736
		89	0.2286
		91	0.1470
		95	0.1388
		97	0.0120
7	AHTk253	284	0.0130
		286	0.0701
		288	0.6369
		290	0.0490
		292	0.2310
8	C22.279	116	0.1023
		118	0.2137
		120	0.0053
		122	0.0163
		124	0.2233
		126	0.1335
		128	0.0010
		130	0.3045
9	FH2001	124	0.0355
		128	0.0091
		132	0.4232
		136	0.0091
		140	0.0106
		144	0.4481
		148	0.0519
		152	0.0106
		158	0.0019
10	FH2054	148	0.0154
		152	0.0812
		156	0.2493
		160	0.1955
		164	0.0965
		168	0.1455
		172	0.1119
		176	0.1023
		180	0.0019
		184	0.0005
11	FH2848	230	0.0149
		232	0.2992
		234	0.0519
		236	0.0807
		238	0.0480
		240	0.2349
		242	0.2603
		244	0.0058
		246	0.0043
12	INRA21	91	0.1321
		95	0.0999
		97	0.3761
		99	0.0485
		101	0.1801
		103	0.1518
		105	0.0115
13	INU005	106	0.0010
		110	0.0331
		122	0.0144
		124	0.5841
		126	0.2181
		128	0.0062
		132	0.0288
		134	0.0038
		138	0.1105
14	INU030	144	0.6321
		146	0.0375
		148	0.0255
		150	0.1282
		152	0.1604
		154	0.0149
		156	0.0014
15	INU055	210	0.3809
		212	0.2089
		214	0.1004
		216	0.1234
		218	0.1816
		222	0.0048
16	LEI004	83	0.0005
		85	0.6374
		93	0.0005
		95	0.2272
		97	0.0110
		101	0.0019
		105	0.0005
		107	0.1143
		109	0.0067
17	REN105L03	227	0.0240
		229	0.0173
		231	0.2089
		233	0.0917
		235	0.0029
		237	0.1912
		239	0.0115
		241	0.4462
		245	0.0062
18	REN162C04	200	0.0379
		202	0.2243
		204	0.0500
		206	0.3895
		208	0.1287
		210	0.1695
19	REN169D01	202	0.0658
		204	0.0010
		210	0.1705
		212	0.0528
		214	0.0288
		216	0.4236
		218	0.0658
		220	0.1916
20	REN169O18	160	0.0730
		162	0.2128
		164	0.0413
		166	0.2305
		168	0.1840
		170	0.2262
		172	0.0322
21	REN247M23	266	0.0005
		268	0.4087
		270	0.1057
		272	0.1628
		274	0.0178
		276	0.2757
		278	0.0288
22	REN54P11	222	0.1753
		226	0.2695
		228	0.1052
		232	0.0884
		234	0.0605
		236	0.0437
		238	0.2574
23	REN64E19	139	0.1441
		143	0.0144
		145	0.0965
		147	0.3060
		149	0.0144
		151	0.0038
		153	0.4025
		155	0.0178
		157	0.0005
24	VGL0760	12	0.0346
		13	0.0586
		14	0.1023
		15	0.0101
		18.2	0.0999
		19.2	0.0029
		20.2	0.0168
		21.2	0.2301
		22.2	0.1720
		23.2	0.1595
		24.2	0.0528
		25.2	0.0293
		26.2	0.0307
		27.2	0.0005
25	VGL0910	13	0.0029
		14	0.0101
		16.1	0.0937
		17	0.0067
		17.1	0.1042
		18	0.0245
		18.1	0.0615
		19.1	0.1662
		20.1	0.0384
		20.3	0.0043
		21.1	0.3180
		22	0.0303
		22.1	0.1076
		23	0.0154
		23.1	0.0163
26	VGL1063	8	0.0255
		12	0.0860
		13	0.0384
		14	0.1979
		15	0.1033
		16	0.0072
		17	0.0841
		18	0.0701
		19	0.0451
		20	0.0836
		21	0.0898
		22	0.1571
		23	0.0120
27	VGL1165	14	0.0010
		15	0.0005
		16	0.0053
		17	0.0293
		18	0.1100
		19	0.0163
		20	0.0274
		21	0.1153
		22	0.0005
		23	0.0274
		25	0.0029
		26	0.3506
		27	0.0720
		28	0.1748
		29	0.0077
		30	0.0110
		31	0.0235
		32	0.0106
		33	0.0139
28	VGL1828	15	0.0149
		16	0.3098
		17	0.0048
		18	0.0231
		19	0.0327
		19.3	0.0029
		20	0.1100
		21	0.3578
		22	0.0634
		23	0.0797
		24	0.0010
29	VGL2009	9	0.0024
		10	0.0014
		11	0.1470
		12	0.0250
		13	0.2233
		14	0.2320
		15	0.2824
		16	0.0855
		17	0.0010
30	VGL2409	14	0.0125
		15	0.0711
		16	0.3305
		17	0.3170
		18	0.2152
		19	0.0024
		20	0.0413
		21	0.0101
31	VGL2918	12	0.0476
		13	0.2848
		14	0.1446
		15	0.0687
		16	0.0106
		16.3	0.0043
		17.3	0.0120
		18.3	0.0687
		19.3	0.0418
		20.3	0.0269
		21.3	0.0706
		22.3	0.2109
		23.3	0.0086
32	VGL3008	10	0.0005
		13	0.1258
		14	0.0082
		15	0.0716
		16	0.0264
		17	0.1018
		18	0.1532
		19	0.1835
		20	0.2046
		21	0.1052
		22	0.0110
		23	0.0082
33	VGL3235	11	0.0115
		12	0.0187
		13	0.1230
		14	0.2728
		15	0.3482
		16	0.0303
		17	0.0423
		18	0.0648
		19	0.0836
		20	0.0048

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1041	9.424	4.482	0.731	0.748	0.023
	SE		0.511	0.269	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1041	8.714	3.822	0.664	0.690	0.038
	SE		1.024	0.590	0.047	0.047	0.003

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1041	11	3.036	0.662	0.671	0.013
2	AHT137	1041	11	6.505	0.835	0.846	0.014
3	AHTH130	1041	9	4.118	0.724	0.757	0.043
4	AHTh171-A	1041	10	4.776	0.787	0.791	0.005
5	AHTh260	1041	9	4.849	0.776	0.794	0.022
6	AHTk211	1041	5	3.149	0.662	0.682	0.030
7	AHTk253	1041	5	2.144	0.492	0.534	0.078
8	C22.279	1041	8	4.611	0.757	0.783	0.033
9	FH2001	1041	9	2.603	0.626	0.616	-0.017
10	FH2054	1041	10	6.224	0.829	0.839	0.012
11	FH2848	1041	9	4.459	0.760	0.776	0.020
12	INRA21	1041	7	4.409	0.737	0.773	0.047
13	INU005	1041	9	2.481	0.594	0.597	0.005
14	INU030	1041	7	2.252	0.546	0.556	0.019
15	INU055	1041	6	4.048	0.718	0.753	0.047
16	LEI004	1041	9	2.123	0.529	0.529	-0.001
17	REN105L03	1041	9	3.463	0.679	0.711	0.045
18	REN162C04	1041	6	3.979	0.743	0.749	0.008
19	REN169D01	1041	8	3.883	0.735	0.742	0.010
20	REN169O18	1041	7	5.222	0.797	0.808	0.014
21	REN247M23	1041	7	3.547	0.702	0.718	0.022
22	REN54P11	1041	7	5.153	0.768	0.806	0.046
23	REN64E19	1041	9	3.491	0.708	0.714	0.008
24	VGL0760	1041	14	7.247	0.851	0.862	0.013
25	VGL0910	1041	15	5.974	0.813	0.833	0.024
26	VGL1063	1041	13	8.828	0.877	0.887	0.011
27	VGL1165	1041	19	5.325	0.756	0.812	0.069
28	VGL1828	1041	11	4.027	0.772	0.752	-0.028
29	VGL2009	1041	9	4.695	0.753	0.787	0.043
30	VGL2409	1041	8	3.802	0.716	0.737	0.029
31	VGL2918	1041	13	6.025	0.824	0.834	0.012
32	VGL3008	1041	12	7.025	0.850	0.858	0.009
33	VGL3235	1041	10	4.440	0.734	0.775	0.053

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1041	12	4.995	0.773	0.800	0.033
2	DLA I-4ACA	1041	12	4.701	0.757	0.787	0.039
3	DLA I-4BCT	1041	7	2.028	0.492	0.507	0.030
4	DLA1131	1041	11	6.583	0.825	0.848	0.027
5	5ACA	1041	6	3.577	0.688	0.720	0.045
6	5ACT	1041	5	2.132	0.501	0.531	0.056
7	5BCA	1041	8	2.738	0.611	0.635	0.038

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media