Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

Updated Oct 3, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Havanese (n=1134)
1003	387 375 277 186	0.0445
1006	387 375 293 180	0.0507
1009	382 377 277 184	0.0004
1011	376 365 281 180	0.0009
1012	388 369 289 188	0.0110
1014	375 373 287 178	0.0190
1016	382 371 277 178	0.1931
1017	386 373 289 178	0.0004
1018	375 373 287 186	0.0066
1019	380 373 287 185	0.0009
1029	380 365 281 182	0.0357
1030	380 373 293 178	0.0026
1033	382 379 277 181	0.0013
1035	386 373 277 184	0.0040
1040	380 371 277 186	0.0154
1052	380 372 289 184	0.0093
1054	382 379 277 184	0.1221
1062	382 371 277 183	0.0004
1068	380 373 287 181	0.0132
1071	380 373 277 178	0.0004
1084	376 373 277 184	0.0013
1087	380 371 277 178	0.0031
1092	376 379 277 181	0.0966
1093	386 379 277 180	0.0141
1105	382 379 277 178	0.0009
1111	387 378 287 182	0.0031
1114	380 373 287 183	0.0172
1115	386 371 277 182	0.0944
1116	380 365 289 186	0.1049
1117	376 373 277 180	0.0485
1118	376 377 277 180	0.0009
1120	376 386 289 176	0.0009
1121	380 371 277 183	0.0049
1123	386 379 277 184	0.0013
1124	388 373 289 178	0.0057
1125	393 383 277 185	0.0203
1128	384 376 287 182	0.0009
1129	382 371 277 181	0.0009
1132	376 379 277 184	0.0009
1133	378 365 287 172	0.0172
1134	384 365 291 178	0.0009
1136	382 371 277 182	0.0004
1140	376 379 301 180	0.0040
1142	376 379 277 180	0.0040
1147	391 375 293 180	0.0026
1148	376 375 277 180	0.0022
1154	376 365 281 183	0.0088
1155	388 369 287 184	0.0004
1173	392 371 277 186	0.0031
1180	386 371 277 181	0.0004
1260	387 379 277 184	0.0004
1262	382 377 289 180	0.0009
1266	378 365 287 181	0.0009
1290	380 369 277 181	0.0009

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Havanese (n=1134)
2001	343 324 284	0.0485
2003	343 324 282	0.2156
2005	339 322 280	0.0022
2006	339 325 280	0.0013
2007	351 327 280	0.0534
2008	339 327 276	0.0004
2011	345 322 284	0.0004
2012	345 322 280	0.0026
2014	339 322 284	0.0035
2016	339 323 284	0.0251
2017	343 322 280	0.0097
2018	339 324 284	0.0256
2021	339 324 268	0.0044
2022	339 327 282	0.1155
2023	341 323 282	0.0026
2024	343 323 280	0.0040
2028	345 327 288	0.0009
2032	339 323 280	0.0181
2033	339 323 282	0.0009
2035	341 323 280	0.0022
2037	341 327 280	0.0190
2040	345 327 280	0.0031
2053	343 324 280	0.0287
2066	339 324 280	0.1640
2068	339 327 284	0.0004
2070	347 324 282	0.1045
2071	339 322 286	0.0049
2072	339 325 282	0.0172
2073	339 327 286	0.0079
2074	341 324 284	0.0489
2075	341 327 282	0.0362
2076	345 322 282	0.0057
2077	347 325 286	0.0172
2079	343 323 278	0.0009
2082	339 325 268	0.0040
2087	347 324 280	0.0004

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Havanese (n=1134)
1	AHT121	92	0.1054
		94	0.0754
		96	0.0018
		98	0.0097
		100	0.0463
		102	0.1045
		104	0.5370
		106	0.0357
		108	0.0798
		110	0.0013
		112	0.0031
2	AHT137	131	0.2324
		133	0.0626
		137	0.0816
		139	0.0397
		141	0.1764
		143	0.1111
		145	0.0079
		147	0.2015
		149	0.0661
		151	0.0198
		155	0.0009
3	AHTH130	117	0.0375
		119	0.2623
		121	0.0503
		123	0.0317
		125	0.3642
		127	0.1883
		129	0.0419
		131	0.0207
		133	0.0031
4	AHTh171-A	217	0.0018
		219	0.1583
		221	0.0013
		225	0.2584
		227	0.0291
		229	0.1883
		231	0.2787
		233	0.0185
		235	0.0375
		237	0.0282
5	AHTh260	238	0.1248
		242	0.0141
		244	0.2297
		246	0.2870
		248	0.2059
		250	0.1058
		252	0.0026
		254	0.0282
		258	0.0018
6	AHTk211	87	0.4700
		89	0.2297
		91	0.1486
		95	0.1402
		97	0.0115
7	AHTk253	284	0.0123
		286	0.0705
		288	0.6380
		290	0.0481
		292	0.2310
8	C22.279	116	0.1023
		118	0.2156
		120	0.0053
		122	0.0163
		124	0.2231
		126	0.1345
		128	0.0009
		130	0.3020
9	FH2001	124	0.0375
		128	0.0088
		132	0.4158
		136	0.0110
		140	0.0106
		144	0.4533
		148	0.0511
		152	0.0101
		158	0.0018
10	FH2054	148	0.0159
		152	0.0842
		156	0.2522
		160	0.1966
		164	0.0904
		168	0.1446
		172	0.1098
		176	0.1027
		180	0.0031
		184	0.0004
11	FH2848	230	0.0141
		232	0.3029
		234	0.0507
		236	0.0825
		238	0.0485
		240	0.2337
		242	0.2579
		244	0.0053
		246	0.0044
12	INRA21	91	0.1358
		95	0.1014
		97	0.3735
		99	0.0498
		101	0.1786
		103	0.1504
		105	0.0106
13	INU005	106	0.0009
		110	0.0313
		122	0.0141
		124	0.5882
		126	0.2174
		128	0.0088
		132	0.0278
		134	0.0040
		138	0.1076
14	INU030	144	0.6340
		146	0.0375
		148	0.0238
		150	0.1279
		152	0.1614
		154	0.0141
		156	0.0013
15	INU055	210	0.3765
		212	0.2077
		214	0.1019
		216	0.1283
		218	0.1812
		222	0.0044
16	LEI004	83	0.0004
		85	0.6398
		93	0.0004
		95	0.2231
		97	0.0141
		101	0.0018
		105	0.0004
		107	0.1124
		109	0.0075
17	REN105L03	227	0.0229
		229	0.0168
		231	0.2094
		233	0.0935
		235	0.0035
		237	0.1936
		239	0.0110
		241	0.4431
		245	0.0062
18	REN162C04	200	0.0353
		202	0.2200
		204	0.0494
		206	0.3937
		208	0.1314
		210	0.1702
19	REN169D01	202	0.0675
		204	0.0009
		210	0.1711
		212	0.0525
		214	0.0273
		216	0.4202
		218	0.0701
		220	0.1905
20	REN169O18	160	0.0710
		162	0.2077
		164	0.0423
		166	0.2332
		168	0.1839
		170	0.2297
		172	0.0322
21	REN247M23	266	0.0004
		268	0.4078
		270	0.1054
		272	0.1653
		274	0.0176
		276	0.2729
		278	0.0304
22	REN54P11	222	0.1689
		226	0.2685
		228	0.1116
		232	0.0922
		234	0.0595
		236	0.0410
		238	0.2584
23	REN64E19	139	0.1415
		143	0.0132
		145	0.0970
		147	0.3073
		149	0.0146
		151	0.0040
		153	0.4039
		155	0.0181
		157	0.0004
24	VGL0760	12	0.0331
		13	0.0608
		14	0.1032
		15	0.0097
		18.2	0.0974
		19.2	0.0026
		20.2	0.0176
		21.2	0.2346
		22.2	0.1702
		23.2	0.1596
		24.2	0.0507
		25.2	0.0282
		26.2	0.0317
		27.2	0.0004
25	VGL0910	13	0.0040
		14	0.0097
		16.1	0.0939
		17	0.0066
		17.1	0.1010
		18	0.0247
		18.1	0.0613
		19.1	0.1684
		20.1	0.0414
		20.3	0.0049
		21.1	0.3126
		22	0.0322
		22.1	0.1071
		23	0.0154
		23.1	0.0168
26	VGL1063	8	0.0247
		12	0.0833
		13	0.0401
		14	0.1975
		15	0.1036
		16	0.0071
		17	0.0860
		18	0.0701
		19	0.0441
		20	0.0847
		21	0.0873
		22	0.1587
		23	0.0128
27	VGL1165	14	0.0009
		15	0.0004
		16	0.0053
		17	0.0295
		18	0.1089
		19	0.0154
		20	0.0300
		21	0.1133
		22	0.0004
		23	0.0251
		25	0.0035
		26	0.3527
		27	0.0719
		28	0.1737
		29	0.0079
		30	0.0110
		31	0.0238
		32	0.0101
		33	0.0154
		34	0.0004
28	VGL1828	15	0.0150
		16	0.3060
		17	0.0049
		18	0.0225
		19	0.0313
		19.3	0.0026
		20	0.1080
		20.3	0.0004
		21	0.3607
		22	0.0648
		23	0.0829
		24	0.0009
29	VGL2009	9	0.0022
		10	0.0026
		11	0.1459
		12	0.0256
		13	0.2156
		14	0.2284
		15	0.2914
		16	0.0869
		17	0.0013
30	VGL2409	14	0.0123
		15	0.0701
		16	0.3254
		17	0.3223
		18	0.2160
		19	0.0031
		20	0.0414
		21	0.0093
31	VGL2918	12	0.0454
		13	0.2831
		14	0.1495
		15	0.0670
		16	0.0110
		16.3	0.0049
		17.3	0.0110
		18.3	0.0679
		19.3	0.0414
		20.3	0.0291
		21.3	0.0683
		22.3	0.2130
		23.3	0.0084
32	VGL3008	10	0.0004
		13	0.1270
		14	0.0084
		15	0.0710
		16	0.0256
		17	0.1080
		18	0.1552
		19	0.1786
		20	0.2037
		21	0.1041
		22	0.0106
		23	0.0075
33	VGL3235	11	0.0110
		12	0.0181
		13	0.1257
		14	0.2734
		15	0.3474
		16	0.0295
		17	0.0406
		18	0.0661
		19	0.0838
		20	0.0044

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1134	9.485	4.484	0.731	0.748	0.023
	SE		0.532	0.268	0.016	0.016	0.004

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Havanese

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1134	8.714	3.821	0.667	0.689	0.033
	SE		1.024	0.596	0.048	0.048	0.005

Standard genetic assessment for individual STR loci

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1134	11	3.067	0.666	0.674	0.012
2	AHT137	1134	11	6.451	0.831	0.845	0.017
3	AHTH130	1134	9	4.098	0.719	0.756	0.049
4	AHTh171-A	1134	10	4.801	0.789	0.792	0.003
5	AHTh260	1134	9	4.870	0.769	0.795	0.032
6	AHTk211	1134	5	3.169	0.657	0.684	0.040
7	AHTk253	1134	5	2.137	0.489	0.532	0.080
8	C22.279	1134	8	4.623	0.750	0.784	0.042
9	FH2001	1134	9	2.613	0.622	0.617	-0.007
10	FH2054	1134	10	6.199	0.833	0.839	0.006
11	FH2848	1134	9	4.447	0.756	0.775	0.025
12	INRA21	1134	7	4.439	0.747	0.775	0.036
13	INU005	1134	9	2.458	0.593	0.593	-0.001
14	INU030	1134	7	2.239	0.545	0.553	0.015
15	INU055	1134	6	4.088	0.729	0.755	0.035
16	LEI004	1134	9	2.119	0.533	0.528	-0.009
17	REN105L03	1134	9	3.479	0.687	0.713	0.036
18	REN162C04	1134	6	3.947	0.736	0.747	0.014
19	REN169D01	1134	8	3.920	0.739	0.745	0.008
20	REN169O18	1134	7	5.209	0.794	0.808	0.018
21	REN247M23	1134	7	3.565	0.705	0.719	0.021
22	REN54P11	1134	7	5.167	0.772	0.806	0.042
23	REN64E19	1134	9	3.475	0.708	0.712	0.006
24	VGL0760	1134	14	7.185	0.848	0.861	0.015
25	VGL0910	1134	15	6.083	0.817	0.836	0.023
26	VGL1063	1134	13	8.821	0.877	0.887	0.011
27	VGL1165	1134	20	5.312	0.758	0.812	0.066
28	VGL1828	1134	12	4.029	0.769	0.752	-0.023
29	VGL2009	1134	9	4.693	0.758	0.787	0.036
30	VGL2409	1134	8	3.798	0.716	0.737	0.028
31	VGL2918	1134	13	6.004	0.826	0.833	0.009
32	VGL3008	1134	12	7.041	0.848	0.858	0.011
33	VGL3235	1134	10	4.432	0.734	0.774	0.053

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Havanese

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1134	12	5.016	0.781	0.801	0.024
2	DLA I-4ACA	1134	12	4.673	0.758	0.786	0.035
3	DLA I-4BCT	1134	7	2.027	0.495	0.507	0.024
4	DLA1131	1134	11	6.629	0.832	0.849	0.020
5	5ACA	1134	6	3.563	0.698	0.719	0.030
6	5ACT	1134	5	2.119	0.497	0.528	0.058
7	5BCA	1134	8	2.719	0.609	0.632	0.036

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Havanese

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media