Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Rat Terrier

Updated Apr 22, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Rat Terrier (n=46)
1002	380 365 281 181	0.01
1008	386 373 289 182	0.02
1009	382 377 277 184	0.04
1011	376 365 281 180	0.05
1012	388 369 289 188	0.05
1014	375 373 287 178	0.01
1016	382 371 277 178	0.08
1030	380 373 293 178	0.02
1040	380 371 277 186	0.16
1046	376 379 291 180	0.03
1054	382 379 277 184	0.01
1062	382 371 277 183	0.07
1068	380 373 287 181	0.01
1074	386 383 289 186	0.02
1087	380 371 277 178	0.11
1092	376 379 277 181	0.05
1105	382 379 277 178	0.02
1128	384 376 287 182	0.03
1200	394 367 273 178	0.01
1211	386 369 277 183	0.03
1234	380 371 281 181	0.01
1252	389 371 277 182	0.02
1253	389 365 289 182	0.02
1254	388 371 291 180	0.01
1255	388 371 277 186	0.01
1256	386 365 281 180	0.01
1257	384 376 289 180	0.04
1258	384 373 287 180	0.01

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Rat Terrier (n=46)
2001	343 324 284	0.01
2002	343 327 280	0.01
2003	343 324 282	0.12
2005	339 322 280	0.07
2009	351 324 280	0.01
2011	345 322 284	0.05
2012	345 322 280	0.01
2014	339 322 284	0.05
2015	339 327 280	0.01
2017	343 322 280	0.02
2021	339 324 268	0.02
2022	339 327 282	0.13
2023	341 323 282	0.02
2025	351 321 280	0.07
2028	345 327 288	0.10
2031	339 322 282	0.13
2035	341 323 280	0.01
2037	341 327 280	0.05
2040	345 327 280	0.01
2043	343 324 296	0.01
2050	341 327 284	0.01
2053	343 324 280	0.01
2079	343 323 278	0.03
2081	343 322 282	0.02

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Rat Terrier (n=46)
1	AHT121	92	0.10
		94	0.03
		96	0.04
		98	0.18
		100	0.24
		102	0.01
		104	0.16
		106	0.12
		108	0.09
		110	0.02
2	AHT137	131	0.27
		133	0.04
		137	0.12
		139	0.04
		141	0.09
		145	0.12
		147	0.16
		149	0.02
		151	0.13
3	AHTH130	119	0.12
		121	0.16
		123	0.07
		125	0.07
		127	0.42
		129	0.11
		131	0.03
		133	0.02
4	AHTh171-A	219	0.30
		221	0.10
		223	0.01
		225	0.27
		227	0.04
		233	0.15
		235	0.03
		237	0.09
5	AHTh260	234	0.01
		238	0.20
		240	0.01
		242	0.05
		244	0.11
		246	0.43
		248	0.12
		250	0.05
		252	0.01
6	AHTk211	87	0.38
		89	0.24
		91	0.26
		95	0.03
		97	0.09
7	AHTk253	282	0.02
		284	0.01
		286	0.27
		288	0.27
		290	0.29
		292	0.11
		294	0.02
8	C22.279	114	0.02
		116	0.13
		118	0.14
		120	0.21
		122	0.03
		124	0.27
		126	0.20
9	FH2001	128	0.07
		132	0.11
		136	0.03
		140	0.04
		144	0.22
		148	0.32
		152	0.20
		158	0.02
10	FH2054	144	0.09
		148	0.11
		152	0.03
		156	0.37
		160	0.01
		164	0.15
		168	0.05
		172	0.13
		176	0.04
		180	0.01
11	FH2848	228	0.10
		230	0.01
		232	0.02
		234	0.05
		236	0.16
		238	0.21
		240	0.29
		242	0.07
		244	0.09
12	INRA21	95	0.23
		97	0.17
		99	0.12
		101	0.26
		103	0.08
		105	0.14
13	INU005	106	0.05
		110	0.12
		122	0.01
		124	0.41
		126	0.17
		130	0.11
		132	0.12
14	INU030	144	0.40
		148	0.11
		150	0.39
		152	0.08
		156	0.02
15	INU055	204	0.04
		208	0.03
		210	0.52
		212	0.18
		214	0.01
		216	0.01
		218	0.15
		220	0.04
16	LEI004	85	0.15
		95	0.71
		97	0.09
		101	0.01
		107	0.04
17	REN105L03	227	0.12
		229	0.14
		231	0.16
		233	0.03
		235	0.23
		237	0.04
		239	0.14
		241	0.13
18	REN162C04	200	0.02
		202	0.14
		204	0.21
		206	0.46
		208	0.05
		210	0.12
19	REN169D01	202	0.04
		210	0.05
		212	0.24
		214	0.03
		216	0.49
		218	0.05
		220	0.09
20	REN169O18	162	0.16
		164	0.09
		166	0.28
		168	0.16
		170	0.30
21	REN247M23	268	0.61
		270	0.03
		272	0.24
		274	0.04
		276	0.08
22	REN54P11	222	0.15
		226	0.33
		228	0.01
		230	0.02
		232	0.16
		234	0.20
		236	0.09
		238	0.04
23	REN64E19	139	0.05
		141	0.01
		143	0.03
		145	0.34
		147	0.25
		149	0.01
		151	0.07
		153	0.22
		155	0.02
24	VGL0760	12	0.12
		18.2	0.04
		19.2	0.09
		20.2	0.11
		21.2	0.21
		22.2	0.20
		23.2	0.09
		24.2	0.09
		25.2	0.05
		26.2	0.01
25	VGL0910	13	0.04
		15.1	0.01
		16	0.03
		17	0.01
		17.1	0.13
		18.1	0.05
		19.1	0.47
		20.1	0.17
		21.1	0.03
		22.1	0.01
		26.1	0.03
26	VGL1063	8	0.04
		9	0.07
		12	0.13
		13	0.08
		14	0.25
		15	0.10
		17	0.02
		18	0.01
		19	0.11
		20	0.17
		22	0.02
27	VGL1165	17	0.02
		18	0.10
		20	0.04
		21	0.24
		22	0.13
		24	0.01
		25	0.09
		26	0.07
		27	0.08
		28	0.10
		30	0.01
		31	0.12
28	VGL1828	14	0.07
		15	0.03
		16	0.10
		17	0.16
		19	0.09
		20	0.13
		21	0.07
		22	0.27
		23	0.09
29	VGL2009	9	0.10
		10	0.14
		11	0.03
		13	0.29
		14	0.25
		15	0.16
		17	0.02
30	VGL2409	13	0.01
		14	0.11
		15	0.25
		16	0.14
		17	0.25
		18	0.20
		19	0.04
31	VGL2918	12	0.11
		13	0.29
		14	0.25
		15	0.08
		17.3	0.16
		18.3	0.05
		19.3	0.03
		21.3	0.01
		23.3	0.01
32	VGL3008	12	0.01
		15	0.38
		17	0.15
		18	0.07
		19	0.23
		20	0.08
		21	0.08
		23	0.01
33	VGL3235	9	0.01
		11	0.01
		12	0.02
		13	0.21
		14	0.40
		15	0.05
		16	0.08
		17	0.08
		18	0.14

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Rat Terrier

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	46	7.939	4.722	0.748	0.766	0.020
	SE		0.321	0.245	0.015	0.015	0.015

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Rat Terrier

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	46	7.143	4.042	0.801	0.733	-0.095
	SE		0.587	0.436	0.030	0.028	0.014

Standard genetic assessment for individual STR loci

Rat Terrier

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	46	10	6.541	0.826	0.847	0.025
2	AHT137	46	9	6.335	0.674	0.842	0.200
3	AHTH130	46	8	4.125	0.826	0.758	-0.090
4	AHTh171-A	46	8	4.766	0.783	0.790	0.010
5	AHTh260	46	9	3.851	0.717	0.740	0.031
6	AHTk211	46	5	3.589	0.696	0.721	0.036
7	AHTk253	46	7	4.054	0.783	0.753	-0.039
8	C22.279	46	7	5.174	0.826	0.807	-0.024
9	FH2001	46	8	4.892	0.783	0.796	0.016
10	FH2054	46	10	4.944	0.848	0.798	-0.063
11	FH2848	46	9	5.547	0.826	0.820	-0.008
12	INRA21	46	6	5.251	0.804	0.810	0.006
13	INU005	46	7	4.093	0.826	0.756	-0.093
14	INU030	46	5	3.004	0.652	0.667	0.022
15	INU055	46	8	2.989	0.587	0.665	0.118
16	LEI004	46	5	1.880	0.543	0.468	-0.161
17	REN105L03	46	8	6.541	0.761	0.847	0.102
18	REN162C04	46	6	3.463	0.848	0.711	-0.192
19	REN169D01	46	7	3.196	0.630	0.687	0.083
20	REN169O18	46	5	4.288	0.587	0.767	0.235
21	REN247M23	46	5	2.291	0.565	0.564	-0.003
22	REN54P11	46	8	4.892	0.717	0.796	0.098
23	REN64E19	46	9	4.305	0.761	0.768	0.009
24	VGL0760	46	10	7.425	0.804	0.865	0.070
25	VGL0910	46	11	3.648	0.717	0.726	0.012
26	VGL1063	46	11	6.938	0.891	0.856	-0.041
27	VGL1165	46	12	7.823	0.804	0.872	0.078
28	VGL1828	46	9	6.592	0.826	0.848	0.026
29	VGL2009	46	7	4.848	0.761	0.794	0.041
30	VGL2409	46	7	5.074	0.804	0.803	-0.002
31	VGL2918	46	9	5.074	0.717	0.803	0.107
32	VGL3008	46	8	4.236	0.717	0.764	0.061
33	VGL3235	46	9	4.174	0.761	0.760	-0.001

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Rat Terrier

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	46	9	5.087	0.891	0.803	-0.109
2	DLA I-4ACA	46	9	3.789	0.826	0.736	-0.122
3	DLA I-4BCT	46	7	2.431	0.674	0.589	-0.145
4	DLA1131	46	8	6.251	0.913	0.840	-0.087
5	5ACA	46	5	3.658	0.761	0.727	-0.047
6	5ACT	46	5	3.602	0.804	0.722	-0.114
7	5BCA	46	7	3.475	0.739	0.712	-0.038

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Rat Terrier

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Rat Terrier

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media