Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Rat Terrier

Updated Feb 25, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Rat Terrier (n=47)
1002	380 365 281 181	0.01
1008	386 373 289 182	0.02
1009	382 377 277 184	0.04
1011	376 365 281 180	0.05
1012	388 369 289 188	0.05
1014	375 373 287 178	0.01
1016	382 371 277 178	0.07
1030	380 373 293 178	0.02
1040	380 371 277 186	0.18
1046	376 379 291 180	0.03
1054	382 379 277 184	0.01
1062	382 371 277 183	0.06
1068	380 373 287 181	0.01
1074	386 383 289 186	0.02
1087	380 371 277 178	0.11
1092	376 379 277 181	0.05
1105	382 379 277 178	0.02
1128	384 376 287 182	0.03
1200	394 367 273 178	0.01
1211	386 369 277 183	0.03
1234	380 371 281 181	0.01
1252	389 371 277 182	0.02
1253	389 365 289 182	0.02
1254	388 371 291 180	0.01
1255	388 371 277 186	0.01
1256	386 365 281 180	0.01
1257	384 376 289 180	0.04
1258	384 373 287 180	0.01

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Rat Terrier (n=47)
2001	343 324 284	0.01
2002	343 327 280	0.01
2003	343 324 282	0.12
2005	339 322 280	0.06
2009	351 324 280	0.01
2011	345 322 284	0.05
2012	345 322 280	0.01
2014	339 322 284	0.05
2015	339 327 280	0.01
2017	343 322 280	0.02
2021	339 324 268	0.02
2022	339 327 282	0.13
2023	341 323 282	0.02
2025	351 321 280	0.06
2028	345 327 288	0.11
2031	339 322 282	0.13
2035	341 323 280	0.01
2037	341 327 280	0.05
2039	345 327 276	0.01
2040	345 327 280	0.01
2043	343 324 296	0.01
2050	341 327 284	0.01
2053	343 324 280	0.01
2079	343 323 278	0.03
2081	343 322 282	0.02

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Rat Terrier (n=47)
1	AHT121	92	0.11
		94	0.03
		96	0.04
		98	0.18
		100	0.24
		102	0.01
		104	0.16
		106	0.12
		108	0.09
		110	0.02
2	AHT137	131	0.27
		133	0.04
		137	0.14
		139	0.04
		141	0.09
		145	0.12
		147	0.16
		149	0.02
		151	0.13
3	AHTH130	119	0.12
		121	0.16
		123	0.06
		125	0.06
		127	0.43
		129	0.11
		131	0.03
		133	0.03
4	AHTh171-A	219	0.30
		221	0.10
		223	0.01
		225	0.27
		227	0.04
		233	0.16
		235	0.04
		237	0.09
5	AHTh260	234	0.01
		238	0.19
		240	0.03
		242	0.05
		244	0.11
		246	0.43
		248	0.12
		250	0.05
		252	0.01
6	AHTk211	87	0.38
		89	0.23
		91	0.27
		95	0.03
		97	0.09
7	AHTk253	282	0.02
		284	0.01
		286	0.27
		288	0.28
		290	0.29
		292	0.11
		294	0.03
8	C22.279	114	0.02
		116	0.13
		118	0.15
		120	0.20
		122	0.03
		124	0.27
		126	0.20
9	FH2001	128	0.06
		132	0.13
		136	0.03
		140	0.04
		144	0.21
		148	0.31
		152	0.19
		158	0.02
10	FH2054	144	0.09
		148	0.11
		152	0.04
		156	0.36
		160	0.01
		164	0.15
		168	0.06
		172	0.13
		176	0.04
		180	0.01
11	FH2848	228	0.10
		230	0.01
		232	0.02
		234	0.05
		236	0.17
		238	0.20
		240	0.30
		242	0.06
		244	0.09
12	INRA21	95	0.22
		97	0.17
		99	0.12
		101	0.26
		103	0.10
		105	0.14
13	INU005	106	0.05
		110	0.13
		122	0.01
		124	0.40
		126	0.18
		130	0.11
		132	0.12
14	INU030	144	0.39
		148	0.11
		150	0.39
		152	0.07
		156	0.03
15	INU055	204	0.04
		208	0.03
		210	0.52
		212	0.18
		214	0.01
		216	0.01
		218	0.16
		220	0.04
16	LEI004	85	0.16
		95	0.70
		97	0.09
		101	0.01
		107	0.04
17	REN105L03	227	0.12
		229	0.14
		231	0.16
		233	0.03
		235	0.23
		237	0.04
		239	0.15
		241	0.13
18	REN162C04	200	0.02
		202	0.14
		204	0.21
		206	0.46
		208	0.05
		210	0.12
19	REN169D01	202	0.04
		210	0.05
		212	0.23
		214	0.03
		216	0.50
		218	0.05
		220	0.09
20	REN169O18	162	0.16
		164	0.09
		166	0.28
		168	0.17
		170	0.31
21	REN247M23	268	0.62
		270	0.03
		272	0.23
		274	0.04
		276	0.07
22	REN54P11	222	0.15
		226	0.34
		228	0.01
		230	0.02
		232	0.16
		234	0.19
		236	0.09
		238	0.04
23	REN64E19	139	0.05
		141	0.01
		143	0.03
		145	0.34
		147	0.24
		149	0.02
		151	0.06
		153	0.21
		155	0.02
24	VGL0760	12	0.12
		18.2	0.04
		19.2	0.09
		20.2	0.11
		21.2	0.21
		22.2	0.19
		23.2	0.10
		24.2	0.09
		25.2	0.05
		26.2	0.01
25	VGL0910	13	0.04
		15.1	0.01
		16	0.03
		17	0.01
		17.1	0.13
		18.1	0.05
		19.1	0.48
		20.1	0.17
		21.1	0.03
		22.1	0.01
		26.1	0.03
26	VGL1063	8	0.04
		9	0.06
		12	0.13
		13	0.07
		14	0.27
		15	0.10
		17	0.02
		18	0.01
		19	0.11
		20	0.17
		22	0.02
27	VGL1165	17	0.02
		18	0.10
		20	0.04
		21	0.24
		22	0.13
		24	0.01
		25	0.09
		26	0.06
		27	0.07
		28	0.11
		30	0.01
		31	0.12
28	VGL1828	14	0.06
		15	0.03
		16	0.10
		17	0.16
		19	0.09
		20	0.13
		21	0.07
		22	0.28
		23	0.09
29	VGL2009	9	0.10
		10	0.14
		11	0.03
		13	0.30
		14	0.26
		15	0.16
		17	0.02
30	VGL2409	13	0.01
		14	0.12
		15	0.24
		16	0.14
		17	0.26
		18	0.19
		19	0.04
31	VGL2918	12	0.12
		13	0.30
		14	0.24
		15	0.07
		17.3	0.16
		18.3	0.05
		19.3	0.03
		21.3	0.01
		23.3	0.01
32	VGL3008	12	0.01
		15	0.37
		17	0.16
		18	0.07
		19	0.22
		20	0.07
		21	0.07
		23	0.01
33	VGL3235	9	0.01
		11	0.01
		12	0.02
		13	0.21
		14	0.39
		15	0.05
		16	0.07
		17	0.09
		18	0.14

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Rat Terrier

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	47	7.939	4.726	0.747	0.766	0.021
	SE		0.321	0.241	0.015	0.015	0.015

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Rat Terrier

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	47	7.286	4.007	0.787	0.731	-0.079
	SE		0.596	0.424	0.028	0.028	0.015

Standard genetic assessment for individual STR loci

Rat Terrier

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	47	10	6.507	0.830	0.846	0.020
2	AHT137	47	9	6.384	0.660	0.843	0.218
3	AHTH130	47	8	4.137	0.830	0.758	-0.094
4	AHTh171-A	47	8	4.876	0.787	0.795	0.010
5	AHTh260	47	9	4.005	0.702	0.750	0.064
6	AHTk211	47	5	3.566	0.702	0.720	0.024
7	AHTk253	47	7	4.121	0.787	0.757	-0.039
8	C22.279	47	7	5.198	0.830	0.808	-0.027
9	FH2001	47	8	4.981	0.766	0.799	0.042
10	FH2054	47	10	5.108	0.851	0.804	-0.058
11	FH2848	47	9	5.481	0.830	0.818	-0.015
12	INRA21	47	6	5.375	0.787	0.814	0.033
13	INU005	47	7	4.160	0.830	0.760	-0.092
14	INU030	47	5	3.051	0.660	0.672	0.019
15	INU055	47	8	2.987	0.596	0.665	0.104
16	LEI004	47	5	1.895	0.553	0.472	-0.171
17	REN105L03	47	8	6.478	0.766	0.846	0.094
18	REN162C04	47	6	3.441	0.851	0.709	-0.200
19	REN169D01	47	7	3.120	0.617	0.679	0.092
20	REN169O18	47	5	4.285	0.596	0.767	0.223
21	REN247M23	47	5	2.253	0.553	0.556	0.005
22	REN54P11	47	8	4.766	0.702	0.790	0.111
23	REN64E19	47	9	4.348	0.766	0.770	0.005
24	VGL0760	47	10	7.388	0.809	0.865	0.065
25	VGL0910	47	11	3.540	0.702	0.718	0.021
26	VGL1063	47	11	6.714	0.872	0.851	-0.025
27	VGL1165	47	12	7.710	0.809	0.870	0.071
28	VGL1828	47	9	6.555	0.830	0.847	0.021
29	VGL2009	47	7	4.781	0.766	0.791	0.031
30	VGL2409	47	7	5.090	0.809	0.804	-0.006
31	VGL2918	47	9	5.067	0.723	0.803	0.099
32	VGL3008	47	8	4.331	0.723	0.769	0.059
33	VGL3235	47	9	4.244	0.766	0.764	-0.002

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Rat Terrier

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	47	9	4.942	0.872	0.798	-0.094
2	DLA I-4ACA	47	9	3.666	0.809	0.727	-0.112
3	DLA I-4BCT	47	7	2.382	0.660	0.580	-0.137
4	DLA1131	47	8	6.179	0.894	0.838	-0.066
5	5ACA	47	5	3.709	0.745	0.730	-0.020
6	5ACT	47	5	3.572	0.787	0.720	-0.093
7	5BCA	47	8	3.598	0.745	0.722	-0.031

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Rat Terrier

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Rat Terrier

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media