Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Shikoku

Updated Aug 9, 2020

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Shikoku (n=48)
1	AHT121	96	0.40
		98	0.04
		100	0.15
		102	0.14
		106	0.23
		108	0.05
2	AHT137	131	0.70
		133	0.16
		147	0.09
		151	0.05
3	AHTH130	115	0.78
		117	0.01
		121	0.20
		133	0.01
4	AHTh171-A	219	0.96
		221	0.01
		237	0.03
5	AHTh260	236	0.30
		246	0.17
		248	0.53
6	AHTk211	89	0.82
		91	0.04
		95	0.14
7	AHTk253	282	0.35
		286	0.10
		288	0.42
		290	0.07
		292	0.04
		294	0.01
8	C22.279	110	0.29
		116	0.39
		118	0.27
		122	0.04
		130	0.01
9	FH2001	132	0.17
		136	0.01
		140	0.30
		144	0.19
		148	0.19
		152	0.01
		154	0.14
10	FH2054	148	0.01
		152	0.03
		156	0.29
		160	0.10
		164	0.05
		168	0.51
11	FH2848	234	0.01
		238	0.97
		240	0.02
12	INRA21	95	0.01
		97	0.53
		99	0.11
		101	0.34
13	INU005	110	0.04
		124	0.67
		126	0.29
14	INU030	144	0.36
		146	0.32
		152	0.31
15	INU055	210	0.04
		214	0.02
		220	0.29
		222	0.63
		224	0.02
16	LEI004	95	0.36
		97	0.60
		107	0.02
		109	0.01
17	REN105L03	227	0.29
		231	0.19
		233	0.32
		239	0.08
		241	0.11
18	REN162C04	200	0.19
		206	0.80
		210	0.01
19	REN169D01	202	0.06
		212	0.61
		214	0.01
		216	0.31
20	REN169O18	160	0.30
		164	0.58
		168	0.04
		172	0.07
21	REN247M23	268	0.34
		270	0.20
		272	0.46
22	REN54P11	230	0.08
		236	0.27
		238	0.65
23	REN64E19	145	0.05
		147	0.02
		151	0.89
		153	0.04
24	VGL0760	12	0.60
		13	0.06
		14	0.09
		21.2	0.02
		23.2	0.22
25	VGL0910	17.1	0.10
		18.1	0.31
		19.1	0.55
		20.1	0.01
		24.1	0.01
		25.1	0.01
26	VGL1063	13	0.03
		14	0.80
		15	0.15
		16	0.01
		20	0.01
27	VGL1165	20	0.71
		22	0.08
		23	0.01
		26	0.02
		28.2	0.18
28	VGL1828	18	0.13
		19	0.57
		20	0.09
		21	0.13
		22	0.08
29	VGL2009	10	0.09
		11	0.19
		13	0.55
		14	0.03
		15	0.14
30	VGL2409	13.3	0.39
		15	0.28
		15.3	0.02
		16	0.20
		18	0.11
31	VGL2918	13	0.23
		14	0.43
		15	0.08
		17.3	0.22
		19.3	0.04
32	VGL3008	11	0.01
		12	0.42
		13	0.03
		15	0.41
		17	0.07
		18	0.06
33	VGL3235	12	0.05
		15	0.05
		16	0.17
		18	0.73

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Shikoku	Mean	48	4.424	2.421	0.521	0.527	0.012
	SE		0.197	0.153	0.034	0.032	0.019

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Shikoku	Mean	48	4.714	2.500	0.464	0.588	0.213
	SE		0.389	0.148	0.027	0.028	0.020

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	48	6	3.949	0.833	0.747	-0.116
2	AHT137	48	4	1.912	0.521	0.477	-0.092
3	AHTH130	48	4	1.539	0.396	0.350	-0.130
4	AHTh171-A	48	3	1.088	0.083	0.081	-0.035
5	AHTh260	48	3	2.492	0.625	0.599	-0.044
6	AHTk211	48	3	1.434	0.292	0.303	0.037
7	AHTk253	48	6	3.154	0.667	0.683	0.024
8	C22.279	48	5	3.238	0.750	0.691	-0.085
9	FH2001	48	7	4.810	0.708	0.792	0.106
10	FH2054	48	6	2.776	0.521	0.640	0.186
11	FH2848	48	3	1.065	0.063	0.061	-0.025
12	INRA21	48	4	2.418	0.458	0.586	0.218
13	INU005	48	3	1.882	0.396	0.469	0.156
14	INU030	48	3	2.986	0.646	0.665	0.029
15	INU055	48	5	2.091	0.417	0.522	0.201
16	LEI004	48	4	2.006	0.521	0.502	-0.039
17	REN105L03	48	5	4.089	0.792	0.755	-0.048
18	REN162C04	48	3	1.474	0.271	0.321	0.157
19	REN169D01	48	4	2.086	0.521	0.521	-0.000
20	REN169O18	48	4	2.280	0.542	0.561	0.035
21	REN247M23	48	3	2.722	0.667	0.633	-0.054
22	REN54P11	48	3	2.010	0.625	0.503	-0.244
23	REN64E19	48	4	1.268	0.229	0.211	-0.085
24	VGL0760	48	5	2.347	0.583	0.574	-0.016
25	VGL0910	48	6	2.418	0.646	0.586	-0.101
26	VGL1063	48	5	1.502	0.313	0.334	0.065
27	VGL1165	48	5	1.850	0.396	0.459	0.138
28	VGL1828	48	5	2.665	0.667	0.625	-0.067
29	VGL2009	48	5	2.717	0.604	0.632	0.044
30	VGL2409	48	5	3.567	0.750	0.720	-0.042
31	VGL2918	48	5	3.431	0.729	0.709	-0.029
32	VGL3008	48	6	2.866	0.646	0.651	0.008
33	VGL3235	48	4	1.770	0.333	0.435	0.234

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	48	7	3.018	0.542	0.669	0.190
2	DLA I-4ACA	48	5	2.801	0.521	0.643	0.190
3	DLA I-4BCT	48	4	2.696	0.521	0.629	0.172
4	DLA1131	48	4	2.514	0.438	0.602	0.274
5	5ACA	48	5	2.579	0.458	0.612	0.251
6	5ACT	48	4	2.114	0.458	0.527	0.130
7	5BCA	48	4	1.776	0.313	0.437	0.285