Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Shiloh Shepherd

Updated Mar 22, 2023

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Shiloh Shepherd (n=39)
1	AHT121	88	0.03
		98	0.29
		102	0.53
		104	0.04
		108	0.09
		112	0.03
2	AHT137	131	0.14
		137	0.85
		139	0.01
3	AHTH130	123	0.19
		125	0.01
		127	0.71
		131	0.09
4	AHTh171-A	219	0.12
		223	0.36
		225	0.21
		233	0.32
5	AHTh260	238	0.24
		242	0.58
		246	0.13
		252	0.05
6	AHTk211	89	0.32
		91	0.04
		95	0.64
7	AHTk253	288	0.87
7	AHTk253	292	0.13
8	C22.279	116	0.60
		118	0.09
		126	0.31
9	FH2001	124	0.05
		132	0.06
		144	0.68
		148	0.21
10	FH2054	148	0.03
		152	0.50
		156	0.19
		164	0.05
		168	0.21
		176	0.03
11	FH2848	232	0.06
		234	0.01
		238	0.36
		240	0.45
		242	0.12
12	INRA21	91	0.01
		95	0.36
		97	0.15
		99	0.19
		101	0.28
13	INU005	124	0.36
		126	0.51
		132	0.13
14	INU030	146	0.08
		148	0.12
		150	0.62
		152	0.19
15	INU055	210	0.65
		218	0.22
		220	0.13
16	LEI004	85	0.71
		95	0.28
		107	0.01
17	REN105L03	227	0.09
		231	0.12
		233	0.05
		235	0.18
		241	0.56
18	REN162C04	200	0.38
		204	0.03
		206	0.35
		212	0.24
19	REN169D01	212	0.13
19	REN169D01	216	0.87
20	REN169O18	162	0.08
		164	0.06
		166	0.55
		168	0.24
		174	0.06
21	REN247M23	268	0.44
		270	0.09
		272	0.01
		276	0.03
		278	0.44
22	REN54P11	226	0.60
		232	0.03
		234	0.35
		240	0.03
23	REN64E19	139	0.09
		147	0.05
		151	0.05
		153	0.10
		155	0.71
24	VGL0760	13	0.03
		18.2	0.09
		19.2	0.15
		20.2	0.04
		21.2	0.41
		22.2	0.27
		23.2	0.01
25	VGL0910	13	0.18
		17.1	0.17
		19.1	0.17
		20.1	0.36
		21.1	0.12
		22.1	0.01
26	VGL1063	10	0.05
		12	0.83
		14	0.05
		15	0.03
		18	0.04
27	VGL1165	14	0.08
		15	0.24
		17	0.04
		19	0.03
		22	0.19
		25	0.22
		28	0.14
		29	0.06
28	VGL1828	15	0.03
		17	0.09
		19	0.86
		20	0.03
29	VGL2009	11	0.92
		12	0.03
		14	0.04
		15	0.01
30	VGL2409	15	0.62
		16	0.19
		17	0.15
		18	0.04
31	VGL2918	13	0.21
		14	0.31
		20.3	0.17
		21.3	0.32
32	VGL3008	10	0.01
		15	0.26
		16	0.09
		17	0.23
		18	0.18
		20	0.09
		21	0.14
33	VGL3235	14	0.46
		15	0.26
		16	0.26
		17	0.03

Shiloh Shepherd

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	39	4.394	2.585	0.587	0.547	-0.068
	SE		0.238	0.189	0.035	0.031	0.016

Shiloh Shepherd

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	39	3.571	2.063	0.491	0.477	-0.041
	SE		0.341	0.204	0.052	0.056	0.017

Shiloh Shepherd

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	39	6	2.673	0.718	0.626	-0.147
2	AHT137	39	3	1.359	0.256	0.264	0.029
3	AHTH130	39	4	1.844	0.538	0.458	-0.177
4	AHTh171-A	39	4	3.485	0.795	0.713	-0.115
5	AHTh260	39	4	2.432	0.615	0.589	-0.045
6	AHTk211	39	3	1.941	0.590	0.485	-0.216
7	AHTk253	39	2	1.288	0.256	0.224	-0.147
8	C22.279	39	3	2.147	0.590	0.534	-0.104
9	FH2001	39	4	1.959	0.487	0.489	0.005
10	FH2054	39	6	3.003	0.692	0.667	-0.038
11	FH2848	39	5	2.875	0.667	0.652	-0.022
12	INRA21	39	5	3.714	0.769	0.731	-0.053
13	INU005	39	3	2.449	0.667	0.592	-0.127
14	INU030	39	4	2.299	0.692	0.565	-0.225
15	INU055	39	3	2.035	0.487	0.509	0.042
16	LEI004	39	3	1.733	0.436	0.423	-0.030
17	REN105L03	39	5	2.671	0.692	0.626	-0.107
18	REN162C04	39	4	3.051	0.769	0.672	-0.144
19	REN169D01	39	2	1.288	0.256	0.224	-0.147
20	REN169O18	39	5	2.650	0.744	0.623	-0.194
21	REN247M23	39	5	2.571	0.590	0.611	0.035
22	REN54P11	39	4	2.065	0.590	0.516	-0.143
23	REN64E19	39	5	1.919	0.436	0.479	0.090
24	VGL0760	39	7	3.639	0.744	0.725	-0.025
25	VGL0910	39	6	4.346	0.744	0.770	0.034
26	VGL1063	39	5	1.425	0.256	0.298	0.140
27	VGL1165	39	8	5.686	0.872	0.824	-0.058
28	VGL1828	39	4	1.338	0.231	0.253	0.087
29	VGL2009	39	4	1.170	0.154	0.146	-0.056
30	VGL2409	39	4	2.268	0.615	0.559	-0.101
31	VGL2918	39	4	3.742	0.718	0.733	0.020
32	VGL3008	39	7	5.337	0.923	0.813	-0.136
33	VGL3235	39	4	2.897	0.769	0.655	-0.175

Shiloh Shepherd

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	39	4	1.477	0.359	0.323	-0.111
2	DLA I-4ACA	39	5	2.585	0.615	0.613	-0.004
3	DLA I-4BCT	39	4	2.580	0.615	0.612	-0.005
4	DLA1131	39	3	2.449	0.615	0.592	-0.040
5	5ACA	39	2	1.418	0.308	0.295	-0.045
6	5ACT	39	4	2.495	0.590	0.599	0.016
7	5BCA	39	3	1.434	0.333	0.302	-0.102