Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Apr 22, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=152)
1052	380 372 289 184	0.102
1227	380 372 289 186	0.898

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=152)
2017	343 322 280	0.102
2067	343 322 284	0.898

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=152)
1	AHT121	96	0.069
		98	0.431
		100	0.405
		102	0.092
		106	0.003
2	AHT137	131	0.020
		137	0.069
		147	0.740
		149	0.171
3	AHTH130	121	0.135
		123	0.204
		127	0.003
		131	0.497
		137	0.158
		145	0.003
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.612
		244	0.240
		248	0.148
6	AHTk211	91	0.293
		95	0.135
		97	0.572
7	AHTk253	284	0.743
		286	0.013
		288	0.092
		292	0.151
8	C22.279	116	0.280
		118	0.694
		124	0.026
9	FH2001	132	0.066
		144	0.069
		148	0.086
		152	0.773
		156	0.007
10	FH2054	156	0.039
		164	0.105
		168	0.013
		172	0.355
		176	0.480
		180	0.007
11	FH2848	236	0.484
		238	0.408
		240	0.109
12	INRA21	95	0.296
		97	0.286
		101	0.418
13	INU005	110	0.296
		122	0.503
		126	0.201
14	INU030	144	0.013
		146	0.092
		150	0.895
15	INU055	210	0.970
		214	0.007
		220	0.023
16	LEI004	85	0.470
16	LEI004	95	0.530
17	REN105L03	233	0.859
17	REN105L03	241	0.141
18	REN162C04	200	0.020
		206	0.793
		208	0.188
19	REN169D01	212	0.016
		214	0.158
		218	0.003
		220	0.822
20	REN169O18	164	0.174
		168	0.411
		170	0.411
		172	0.003
21	REN247M23	268	0.842
		270	0.020
		272	0.003
		274	0.135
22	REN54P11	222	0.003
		226	0.023
		232	0.674
		234	0.299
23	REN64E19	147	0.063
		151	0.003
		153	0.053
		155	0.882
24	VGL0760	13	0.020
		14	0.007
		15	0.112
		16	0.003
		20.2	0.003
		21.2	0.655
		22.2	0.191
		23.2	0.010
25	VGL0910	15	0.010
		16.1	0.003
		17.1	0.513
		18.1	0.059
		19.1	0.026
		20.1	0.010
		21.1	0.378
26	VGL1063	8	0.444
		10	0.046
		14	0.020
		18	0.023
		19	0.326
		20	0.141
27	VGL1165	16	0.020
		17	0.326
		18	0.003
		20	0.510
		26	0.013
		27	0.043
		28	0.086
28	VGL1828	18	0.036
28	VGL1828	19	0.964
29	VGL2009	9	0.306
		11	0.553
		13	0.141
30	VGL2409	15	0.010
		17	0.184
		18	0.704
		18.1	0.007
		19	0.095
31	VGL2918	12	0.003
		13	0.164
		14	0.151
		15	0.003
		17.3	0.674
		18.3	0.003
32	VGL3008	14	0.082
		15	0.572
		16	0.036
		18	0.194
		19	0.112
		20	0.003
33	VGL3235	14	0.954
33	VGL3235	16	0.046

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	152	4.061	1.993	0.438	0.439	0.004
	SE		0.290	0.109	0.035	0.034	0.010

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	152	1.286	1.064	0.036	0.052	0.091
	SE		0.171	0.038	0.021	0.031	0.054

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	152	5	2.757	0.651	0.637	-0.022
2	AHT137	152	4	1.718	0.421	0.418	-0.008
3	AHTH130	152	6	3.017	0.704	0.669	-0.053
4	AHTh171-A	152	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	152	3	2.203	0.480	0.546	0.121
6	AHTk211	152	3	2.317	0.526	0.568	0.074
7	AHTk253	152	4	1.712	0.401	0.416	0.035
8	C22.279	152	3	1.784	0.461	0.439	-0.048
9	FH2001	152	5	1.629	0.388	0.386	-0.006
10	FH2054	152	6	2.705	0.645	0.630	-0.023
11	FH2848	152	3	2.427	0.572	0.588	0.027
12	INRA21	152	3	2.906	0.671	0.656	-0.023
13	INU005	152	3	2.623	0.658	0.619	-0.063
14	INU030	152	3	1.236	0.211	0.191	-0.103
15	INU055	152	3	1.061	0.059	0.058	-0.025
16	LEI004	152	2	1.993	0.454	0.498	0.089
17	REN105L03	152	2	1.321	0.243	0.243	-0.002
18	REN162C04	152	3	1.506	0.322	0.336	0.041
19	REN169D01	152	4	1.426	0.289	0.298	0.030
20	REN169O18	152	4	2.713	0.592	0.631	0.062
21	REN247M23	152	4	1.374	0.263	0.272	0.033
22	REN54P11	152	4	1.835	0.441	0.455	0.031
23	REN64E19	152	4	1.276	0.230	0.216	-0.065
24	VGL0760	152	8	2.092	0.454	0.522	0.130
25	VGL0910	152	7	2.434	0.625	0.589	-0.061
26	VGL1063	152	6	3.065	0.711	0.674	-0.055
27	VGL1165	152	7	2.661	0.618	0.624	0.009
28	VGL1828	152	2	1.075	0.059	0.070	0.151
29	VGL2009	152	3	2.387	0.579	0.581	0.004
30	VGL2409	152	5	1.856	0.454	0.461	0.016
31	VGL2918	152	6	1.981	0.520	0.495	-0.049
32	VGL3008	152	6	2.592	0.651	0.614	-0.061
33	VGL3235	152	2	1.096	0.092	0.088	-0.048

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	152	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	152	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	152	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	152	2	1.224	0.125	0.183	0.317
5	5ACA	152	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	152	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	152	2	1.224	0.125	0.183	0.317