Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Dec 3, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=153)
1052	380 372 289 184	0.101
1227	380 372 289 186	0.899

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=153)
2017	343 322 280	0.101
2067	343 322 284	0.899

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=153)
1	AHT121	96	0.069
		98	0.428
		100	0.405
		102	0.092
		106	0.007
2	AHT137	131	0.020
		137	0.069
		147	0.742
		149	0.170
3	AHTH130	121	0.134
		123	0.206
		127	0.003
		131	0.497
		137	0.157
		145	0.003
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.608
		244	0.242
		248	0.150
6	AHTk211	91	0.294
		95	0.134
		97	0.572
7	AHTk253	284	0.742
		286	0.013
		288	0.092
		292	0.154
8	C22.279	116	0.278
		118	0.696
		124	0.026
9	FH2001	132	0.065
		144	0.069
		148	0.085
		152	0.775
		156	0.007
10	FH2054	156	0.039
		164	0.105
		168	0.013
		172	0.356
		176	0.480
		180	0.007
11	FH2848	236	0.484
		238	0.408
		240	0.108
12	INRA21	95	0.297
		97	0.288
		101	0.415
13	INU005	110	0.301
		122	0.500
		126	0.199
14	INU030	144	0.013
		146	0.092
		150	0.895
15	INU055	210	0.971
		214	0.007
		220	0.023
16	LEI004	85	0.467
16	LEI004	95	0.533
17	REN105L03	233	0.856
17	REN105L03	241	0.144
18	REN162C04	200	0.020
		206	0.794
		208	0.186
19	REN169D01	212	0.016
		214	0.157
		218	0.003
		220	0.824
20	REN169O18	164	0.173
		168	0.412
		170	0.412
		172	0.003
21	REN247M23	268	0.840
		270	0.023
		272	0.003
		274	0.134
22	REN54P11	222	0.003
		226	0.023
		232	0.670
		234	0.304
23	REN64E19	147	0.062
		151	0.003
		153	0.052
		155	0.882
24	VGL0760	13	0.020
		14	0.007
		15	0.111
		16	0.003
		20.2	0.003
		21.2	0.654
		22.2	0.193
		23.2	0.010
25	VGL0910	15	0.010
		16.1	0.003
		17.1	0.516
		18.1	0.059
		19.1	0.026
		20.1	0.010
		21.1	0.376
26	VGL1063	8	0.448
		10	0.046
		14	0.020
		18	0.023
		19	0.324
		20	0.141
27	VGL1165	16	0.020
		17	0.324
		18	0.003
		20	0.513
		26	0.013
		27	0.042
		28	0.085
28	VGL1828	18	0.036
28	VGL1828	19	0.964
29	VGL2009	9	0.307
		11	0.549
		13	0.144
30	VGL2409	15	0.010
		17	0.183
		18	0.706
		18.1	0.007
		19	0.095
31	VGL2918	12	0.003
		13	0.163
		14	0.154
		15	0.003
		17.3	0.673
		18.3	0.003
32	VGL3008	14	0.085
		15	0.572
		16	0.036
		18	0.193
		19	0.111
		20	0.003
33	VGL3235	14	0.954
33	VGL3235	16	0.046

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	153	4.061	1.994	0.438	0.439	0.004
	SE		0.290	0.109	0.035	0.034	0.010

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	153	1.286	1.064	0.035	0.052	0.091
	SE		0.171	0.038	0.021	0.031	0.054

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	153	5	2.773	0.654	0.639	-0.022
2	AHT137	153	4	1.711	0.418	0.416	-0.006
3	AHTH130	153	6	3.015	0.706	0.668	-0.056
4	AHTh171-A	153	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	153	3	2.219	0.484	0.549	0.120
6	AHTk211	153	3	2.317	0.529	0.568	0.069
7	AHTk253	153	4	1.717	0.405	0.418	0.030
8	C22.279	153	3	1.778	0.458	0.438	-0.045
9	FH2001	153	5	1.623	0.386	0.384	-0.005
10	FH2054	153	6	2.700	0.647	0.630	-0.028
11	FH2848	153	3	2.425	0.575	0.588	0.021
12	INRA21	153	3	2.912	0.673	0.657	-0.025
13	INU005	153	3	2.631	0.654	0.620	-0.054
14	INU030	153	3	1.234	0.209	0.190	-0.103
15	INU055	153	3	1.061	0.059	0.057	-0.025
16	LEI004	153	2	1.991	0.451	0.498	0.094
17	REN105L03	153	2	1.327	0.248	0.246	-0.009
18	REN162C04	153	3	1.502	0.320	0.334	0.042
19	REN169D01	153	4	1.422	0.288	0.297	0.031
20	REN169O18	153	4	2.709	0.595	0.631	0.057
21	REN247M23	153	4	1.381	0.268	0.276	0.030
22	REN54P11	153	4	1.846	0.438	0.458	0.044
23	REN64E19	153	4	1.274	0.229	0.215	-0.065
24	VGL0760	153	8	2.095	0.458	0.523	0.125
25	VGL0910	153	7	2.426	0.621	0.588	-0.056
26	VGL1063	153	6	3.050	0.706	0.672	-0.050
27	VGL1165	153	7	2.649	0.614	0.622	0.013
28	VGL1828	153	2	1.074	0.059	0.069	0.151
29	VGL2009	153	3	2.401	0.582	0.584	0.003
30	VGL2409	153	5	1.849	0.451	0.459	0.018
31	VGL2918	153	6	1.986	0.523	0.496	-0.053
32	VGL3008	153	6	2.597	0.654	0.615	-0.063
33	VGL3235	153	2	1.096	0.092	0.087	-0.048

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	153	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	153	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	153	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	153	2	1.223	0.124	0.182	0.318
5	5ACA	153	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	153	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	153	2	1.223	0.124	0.182	0.318