Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Berger Picard

Updated Feb 18, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Berger Picard (n=154)
1052	380 372 289 184	0.101
1227	380 372 289 186	0.899

DLA2 #	STR types	Berger Picard (n=154)
2017	343 322 280	0.101
2067	343 322 284	0.899

#	Locus Name	Allele	Berger Picard (n=154)
1	AHT121	96	0.068
		98	0.429
		100	0.406
		102	0.091
		106	0.006
2	AHT137	131	0.019
		137	0.068
		147	0.740
		149	0.172
3	AHTH130	121	0.133
		123	0.205
		127	0.003
		131	0.497
		137	0.159
		145	0.003
4	AHTh171-A	219	1.000
5	AHTh260	242	0.607
		244	0.240
		248	0.153
6	AHTk211	91	0.292
		95	0.136
		97	0.571
7	AHTk253	284	0.737
		286	0.013
		288	0.097
		292	0.153
8	C22.279	116	0.279
		118	0.695
		124	0.026
9	FH2001	132	0.065
		144	0.071
		148	0.084
		152	0.773
		156	0.006
10	FH2054	156	0.039
		164	0.104
		168	0.013
		172	0.357
		176	0.481
		180	0.006
11	FH2848	236	0.481
		238	0.412
		240	0.107
12	INRA21	95	0.299
		97	0.289
		101	0.412
13	INU005	110	0.299
		122	0.500
		126	0.201
14	INU030	144	0.013
		146	0.091
		150	0.896
15	INU055	210	0.968
		214	0.010
		220	0.023
16	LEI004	85	0.468
16	LEI004	95	0.532
17	REN105L03	233	0.857
17	REN105L03	241	0.143
18	REN162C04	200	0.019
		206	0.795
		208	0.185
19	REN169D01	212	0.016
		214	0.156
		218	0.003
		220	0.825
20	REN169O18	164	0.172
		168	0.409
		170	0.416
		172	0.003
21	REN247M23	268	0.841
		270	0.023
		272	0.003
		274	0.133
22	REN54P11	222	0.003
		226	0.026
		232	0.669
		234	0.302
23	REN64E19	147	0.062
		151	0.003
		153	0.052
		155	0.883
24	VGL0760	13	0.019
		14	0.006
		15	0.110
		16	0.003
		20.2	0.003
		21.2	0.656
		22.2	0.192
		23.2	0.010
25	VGL0910	15	0.010
		16.1	0.003
		17.1	0.516
		18.1	0.058
		19.1	0.026
		20.1	0.010
		21.1	0.377
26	VGL1063	8	0.448
		10	0.045
		14	0.019
		18	0.023
		19	0.325
		20	0.140
27	VGL1165	16	0.019
		17	0.325
		18	0.003
		20	0.510
		26	0.013
		27	0.042
		28	0.088
28	VGL1828	18	0.036
28	VGL1828	19	0.964
29	VGL2009	9	0.305
		11	0.552
		13	0.143
30	VGL2409	15	0.010
		17	0.185
		18	0.705
		18.1	0.006
		19	0.094
31	VGL2918	12	0.003
		13	0.162
		14	0.153
		15	0.003
		17.3	0.675
		18.3	0.003
32	VGL3008	14	0.084
		15	0.575
		16	0.036
		18	0.192
		19	0.110
		20	0.003
33	VGL3235	14	0.955
33	VGL3235	16	0.045

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	154	4.061	1.994	0.438	0.439	0.004
	SE		0.290	0.109	0.035	0.034	0.010

Berger Picard

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	154	1.286	1.063	0.035	0.052	0.091
	SE		0.171	0.038	0.021	0.031	0.054

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	154	5	2.767	0.656	0.639	-0.027
2	AHT137	154	4	1.716	0.422	0.417	-0.011
3	AHTH130	154	6	3.015	0.708	0.668	-0.059
4	AHTh171-A	154	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	154	3	2.224	0.487	0.550	0.115
6	AHTk211	154	3	2.323	0.532	0.569	0.065
7	AHTk253	154	4	1.736	0.403	0.424	0.050
8	C22.279	154	3	1.781	0.461	0.439	-0.051
9	FH2001	154	5	1.630	0.390	0.386	-0.008
10	FH2054	154	6	2.696	0.649	0.629	-0.032
11	FH2848	154	3	2.425	0.571	0.588	0.028
12	INRA21	154	3	2.918	0.675	0.657	-0.027
13	INU005	154	3	2.633	0.656	0.620	-0.057
14	INU030	154	3	1.232	0.208	0.189	-0.102
15	INU055	154	3	1.068	0.065	0.063	-0.026
16	LEI004	154	2	1.992	0.455	0.498	0.087
17	REN105L03	154	2	1.324	0.247	0.245	-0.008
18	REN162C04	154	3	1.498	0.318	0.333	0.043
19	REN169D01	154	4	1.419	0.286	0.295	0.033
20	REN169O18	154	4	2.705	0.591	0.630	0.063
21	REN247M23	154	4	1.379	0.266	0.275	0.031
22	REN54P11	154	4	1.855	0.442	0.461	0.042
23	REN64E19	154	4	1.272	0.227	0.214	-0.064
24	VGL0760	154	8	2.085	0.455	0.520	0.127
25	VGL0910	154	7	2.423	0.623	0.587	-0.061
26	VGL1063	154	6	3.043	0.708	0.671	-0.054
27	VGL1165	154	7	2.665	0.617	0.625	0.013
28	VGL1828	154	2	1.074	0.058	0.069	0.152
29	VGL2009	154	3	2.391	0.578	0.582	0.007
30	VGL2409	154	5	1.853	0.455	0.460	0.013
31	VGL2918	154	6	1.977	0.519	0.494	-0.051
32	VGL3008	154	6	2.580	0.649	0.612	-0.060
33	VGL3235	154	2	1.095	0.091	0.087	-0.048

Berger Picard

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	154	1	1.000	0.000	0.000	0.000
2	DLA I-4ACA	154	1	1.000	0.000	0.000	0.000
3	DLA I-4BCT	154	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	154	2	1.221	0.123	0.181	0.319
5	5ACA	154	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	5ACT	154	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	154	2	1.221	0.123	0.181	0.319