Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Lakeland Terrier

Updated Aug 9, 2020

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Lakeland Terrier (n=98)
1	AHT121	94	0.255
		96	0.005
		100	0.602
		104	0.138
2	AHT137	131	0.184
		137	0.398
		141	0.046
		149	0.066
		151	0.306
3	AHTH130	121	0.245
		127	0.306
		133	0.449
4	AHTh171-A	219	0.046
		225	0.128
		231	0.087
		235	0.740
5	AHTh260	238	0.286
		240	0.117
		244	0.148
		246	0.031
		248	0.015
		250	0.403
6	AHTk211	87	0.245
		89	0.041
		91	0.352
		95	0.362
7	AHTk253	286	0.684
		288	0.296
		292	0.020
8	C22.279	116	0.102
		118	0.444
		120	0.010
		124	0.066
		128	0.378
9	FH2001	132	0.694
		144	0.097
		148	0.204
		152	0.005
10	FH2054	156	0.505
		160	0.265
		164	0.056
		176	0.168
		180	0.005
11	FH2848	230	0.005
		232	0.077
		234	0.041
		240	0.128
		244	0.750
12	INRA21	95	0.133
		97	0.582
		99	0.010
		101	0.276
13	INU005	106	0.357
		124	0.531
		126	0.112
14	INU030	144	0.551
		148	0.230
		150	0.082
		152	0.112
		156	0.026
15	INU055	208	0.480
		210	0.168
		218	0.352
16	LEI004	85	0.077
		95	0.837
		97	0.087
17	REN105L03	229	0.668
		231	0.112
		233	0.219
18	REN162C04	202	0.362
18	REN162C04	206	0.638
19	REN169D01	202	0.122
		210	0.077
		216	0.801
20	REN169O18	164	0.337
		168	0.224
		170	0.439
21	REN247M23	266	0.056
		268	0.929
		270	0.005
		272	0.010
22	REN54P11	222	0.362
		232	0.015
		236	0.587
		238	0.036
23	REN64E19	139	0.281
		145	0.449
		147	0.270
24	VGL0760	12	0.408
		20.2	0.102
		21.2	0.005
		22.2	0.158
		23.2	0.316
		24.2	0.010
25	VGL0910	15	0.148
		15.1	0.005
		17.1	0.041
		18.1	0.010
		19.1	0.724
		20.1	0.071
26	VGL1063	12	0.087
		13	0.010
		14	0.031
		15	0.459
		16	0.153
		17	0.010
		20	0.189
		21	0.061
27	VGL1165	16	0.020
		21	0.036
		25	0.082
		26	0.092
		27	0.097
		28	0.485
		29	0.158
		30	0.031
28	VGL1828	16	0.209
		17	0.031
		19	0.372
		22	0.005
		23	0.383
29	VGL2009	10	0.434
		11	0.163
		13	0.020
		14	0.342
		15	0.041
30	VGL2409	11	0.357
		13	0.026
		15	0.005
		17	0.332
		18	0.276
		19	0.005
31	VGL2918	12	0.281
		13	0.367
		14	0.158
		15	0.061
		17.3	0.061
		19.3	0.071
32	VGL3008	15	0.077
		17	0.020
		18	0.464
		19	0.429
		20	0.010
33	VGL3235	14	0.347
		15	0.577
		18	0.071
		19	0.005

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Lakeland Terrier	Mean	98	4.455	2.531	0.568	0.568	-0.002
	SE		0.247	0.123	0.025	0.024	0.011

		N	Na	Ne	Ho	He	F
Lakeland Terrier	Mean	98	3.571	1.494	0.329	0.323	-0.021
	SE		0.489	0.059	0.033	0.030	0.017

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	98	4	2.239	0.510	0.553	0.078
2	AHT137	98	5	3.421	0.714	0.708	-0.009
3	AHTH130	98	3	2.815	0.592	0.645	0.082
4	AHTh171-A	98	4	1.745	0.459	0.427	-0.076
5	AHTh260	98	6	3.560	0.735	0.719	-0.022
6	AHTk211	98	4	3.157	0.745	0.683	-0.090
7	AHTk253	98	3	1.801	0.408	0.445	0.082
8	C22.279	98	5	2.821	0.602	0.646	0.067
9	FH2001	98	4	1.878	0.500	0.467	-0.070
10	FH2054	98	5	2.801	0.643	0.643	0.000
11	FH2848	98	5	1.706	0.459	0.414	-0.110
12	INRA21	98	4	2.315	0.520	0.568	0.084
13	INU005	98	3	2.371	0.582	0.578	-0.006
14	INU030	98	5	2.658	0.561	0.624	0.100
15	INU055	98	3	2.616	0.633	0.618	-0.024
16	LEI004	98	3	1.402	0.306	0.286	-0.069
17	REN105L03	98	3	1.971	0.429	0.493	0.130
18	REN162C04	98	2	1.859	0.480	0.462	-0.038
19	REN169D01	98	3	1.509	0.316	0.338	0.063
20	REN169O18	98	3	2.807	0.673	0.644	-0.046
21	REN247M23	98	4	1.155	0.143	0.134	-0.062
22	REN54P11	98	4	2.096	0.490	0.523	0.064
23	REN64E19	98	3	2.829	0.704	0.647	-0.089
24	VGL0760	98	6	3.309	0.714	0.698	-0.024
25	VGL0910	98	6	1.806	0.469	0.446	-0.052
26	VGL1063	98	8	3.542	0.755	0.718	-0.052
27	VGL1165	98	8	3.483	0.714	0.713	-0.002
28	VGL1828	98	5	3.032	0.643	0.670	0.041
29	VGL2009	98	5	2.997	0.724	0.666	-0.087
30	VGL2409	98	6	3.183	0.724	0.686	-0.056
31	VGL2918	98	6	3.979	0.694	0.749	0.073
32	VGL3008	98	5	2.465	0.582	0.594	0.021
33	VGL3235	98	4	2.184	0.520	0.542	0.040

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	98	5	1.611	0.398	0.379	-0.050
2	DLA I-4ACA	98	5	1.615	0.388	0.381	-0.018
3	DLA I-4BCT	98	2	1.428	0.286	0.300	0.047
4	DLA1131	98	5	1.593	0.398	0.372	-0.069
5	5ACA	98	2	1.428	0.286	0.300	0.047
6	5ACT	98	3	1.617	0.398	0.382	-0.043
7	5BCA	98	3	1.168	0.153	0.144	-0.063