Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Polish Lowland Sheepdog

Updated Dec 2, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA1 #	STR types	Polish Lowland Sheepdog (n=119)	Polski Owczarek Nizinny (n=1)
1016	382 371 277 178	0.021	--
1040	380 371 277 186	0.664	0.5
1067	376 373 277 178	0.307	0.5
1068	380 373 287 181	0.004	--
1156	380 373 291 178	0.004	--

DLA Class II Haplotype Frequencies

DLA2 #	STR types	Polish Lowland Sheepdog (n=119)	Polski Owczarek Nizinny (n=1)
2014	339 322 284	0.685	0.5
2017	343 322 280	0.290	0.5
2053	343 324 280	0.004	--
2067	343 322 284	0.017	--
2098	343 323 282	0.004	--

Allele Frequencies

#	Locus Name	Allele	Polish Lowland Sheepdog (n=119)	Polski Owczarek Nizinny (n=1)
1	AHT121	100	0.487	0.5
		102	0.429	--
		104	0.017	--
		106	0.067	0.5
2	AHT137	131	0.282	0.5
		135	0.004	--
		145	0.710	0.5
		149	0.004	--
3	AHTH130	121	0.050	--
		123	0.029	--
		127	0.445	0.5
		131	0.462	0.5
		133	0.013	--
4	AHTh171-A	219	0.101	--
		225	0.008	--
		233	0.059	--
		237	0.811	1.0
		239	0.008	--
		243	0.013	--
5	AHTh260	240	0.134	--
		244	0.029	--
		246	0.702	1.0
		250	0.134	--
6	AHTk211	87	0.252	--
		91	0.697	1.0
		95	0.050	--
7	AHTk253	284	0.097	--
		288	0.004	--
		290	0.504	1.0
		292	0.395	--
8	C22.279	116	0.218	--
		118	0.256	--
		124	0.525	1.0
9	FH2001	132	0.975	0.5
9	FH2001	144	0.025	0.5
10	FH2054	152	0.017	0.5
		156	0.193	--
		160	0.055	--
		164	0.017	--
		168	0.676	0.5
		172	0.034	--
		176	0.008	--
11	FH2848	232	0.307	0.5
		234	0.004	--
		236	0.479	--
		240	0.034	--
		242	0.176	0.5
12	INRA21	95	0.080	--
12	INRA21	101	0.920	1.0
13	INU005	124	0.668	0.5
		126	0.008	--
		128	0.303	0.5
		132	0.021	--
14	INU030	144	0.584	--
		150	0.256	1.0
		152	0.160	--
15	INU055	204	0.277	--
		210	0.466	0.5
		218	0.256	0.5
16	LEI004	95	0.874	1.0
16	LEI004	97	0.126	--
17	REN105L03	227	0.046	--
		231	0.508	0.5
		233	0.441	0.5
		241	0.004	--
18	REN162C04	204	0.181	--
		206	0.714	1.0
		210	0.105	--
19	REN169D01	210	0.046	--
		212	0.214	--
		216	0.672	--
		220	0.067	1.0
20	REN169O18	164	0.412	0.5
		166	0.008	--
		168	0.004	--
		170	0.576	0.5
21	REN247M23	264	0.004	--
		266	0.046	1.0
		268	0.861	--
		272	0.088	--
22	REN54P11	228	0.332	1.0
		232	0.256	--
		236	0.189	--
		238	0.214	--
		240	0.008	--
23	REN64E19	147	0.181	--
		149	0.122	--
		153	0.697	1.0
24	VGL0760	14	0.038	--
		15	0.622	--
		16	0.008	--
		20.2	0.206	--
		21.2	0.126	1.0
25	VGL0910	13	0.046	--
		14	0.303	0.5
		15	0.084	--
		16	0.139	0.5
		19.1	0.092	--
		20.1	0.168	--
		21.1	0.160	--
		22.1	0.008	--
26	VGL1063	14	0.080	0.5
		15	0.197	--
		16	0.374	--
		17	0.118	--
		18	0.210	--
		19	0.021	0.5
27	VGL1165	17	0.282	0.5
		18	0.004	--
		25	0.004	--
		26	0.420	--
		27	0.034	--
		28	0.046	--
		29	0.004	--
		30	0.189	0.5
		31	0.017	--
28	VGL1828	19	0.239	0.5
		20	0.303	--
		21	0.181	--
		22	0.055	--
		23	0.214	0.5
		24	0.008	--
29	VGL2009	10	0.181	--
		11	0.168	0.5
		13	0.008	--
		14	0.525	0.5
		15	0.092	--
		16	0.025	--
30	VGL2409	15	0.046	--
		16	0.008	--
		17	0.626	1.0
		18	0.143	--
		19	0.176	--
31	VGL2918	12	0.735	1.0
		13	0.008	--
		15	0.025	--
		17.3	0.231	--
32	VGL3008	15	0.374	0.5
		16	0.059	--
		17	0.244	--
		18	0.147	0.5
		19	0.176	--
33	VGL3235	13	0.088	--
		14	0.643	1.0
		16	0.269	--

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Polish Lowland Sheepdog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	120	4.394	2.404	0.527	0.520	-0.009
	SE		0.281	0.172	0.032	0.030	0.013

Polski Owczarek Nizinny

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1	1.485	1.485	0.485	0.242	-0.485
	SE		0.087	0.087	0.087	0.043	0.087

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Polish Lowland Sheepdog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	120	2.714	1.563	0.296	0.318	0.047
	SE		0.171	0.131	0.067	0.072	0.013

Polski Owczarek Nizinny

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	1	1.714	1.714	0.714	0.357	-0.714
	SE		0.171	0.171	0.171	0.085	0.171

Standard genetic assessment for individual STR loci

Polish Lowland Sheepdog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	120	4	2.361	0.592	0.576	-0.026
2	AHT137	120	4	1.718	0.325	0.418	0.222
3	AHTH130	120	5	2.403	0.625	0.584	-0.071
4	AHTh171-A	120	6	1.484	0.267	0.326	0.182
5	AHTh260	120	4	1.879	0.450	0.468	0.038
6	AHTk211	120	3	1.802	0.483	0.445	-0.086
7	AHTk253	120	4	2.375	0.558	0.579	0.036
8	C22.279	120	3	2.554	0.625	0.608	-0.027
9	FH2001	120	2	1.060	0.058	0.057	-0.030
10	FH2054	120	7	2.011	0.508	0.503	-0.011
11	FH2848	120	5	2.825	0.617	0.646	0.046
12	INRA21	120	2	1.171	0.158	0.146	-0.086
13	INU005	120	4	1.861	0.450	0.463	0.027
14	INU030	120	3	2.329	0.567	0.571	0.007
15	INU055	120	3	2.777	0.742	0.640	-0.159
16	LEI004	120	2	1.280	0.217	0.219	0.010
17	REN105L03	120	4	2.195	0.542	0.544	0.005
18	REN162C04	120	3	1.797	0.492	0.443	-0.109
19	REN169D01	120	4	2.011	0.508	0.503	-0.011
20	REN169O18	120	4	1.997	0.475	0.499	0.048
21	REN247M23	120	4	1.351	0.250	0.260	0.038
22	REN54P11	120	5	3.863	0.775	0.741	-0.046
23	REN64E19	120	3	1.863	0.500	0.463	-0.079
24	VGL0760	120	5	2.266	0.583	0.559	-0.044
25	VGL0910	120	8	5.466	0.842	0.817	-0.030
26	VGL1063	120	6	4.159	0.750	0.760	0.013
27	VGL1165	120	9	3.399	0.717	0.706	-0.015
28	VGL1828	120	6	4.339	0.792	0.770	-0.029
29	VGL2009	120	6	2.890	0.658	0.654	-0.007
30	VGL2409	120	5	2.229	0.608	0.551	-0.103
31	VGL2918	120	4	1.675	0.375	0.403	0.069
32	VGL3008	120	5	3.913	0.733	0.744	0.015
33	VGL3235	120	3	2.017	0.542	0.504	-0.074

Polski Owczarek Nizinny

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
2	AHT137	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
3	AHTH130	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
4	AHTh171-A	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
5	AHTh260	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
6	AHTk211	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	AHTk253	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
8	C22.279	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
9	FH2001	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
10	FH2054	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
11	FH2848	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
12	INRA21	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
13	INU005	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
14	INU030	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
15	INU055	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
16	LEI004	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
17	REN105L03	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
18	REN162C04	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
19	REN169D01	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
20	REN169O18	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
21	REN247M23	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
22	REN54P11	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
23	REN64E19	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
24	VGL0760	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
25	VGL0910	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
26	VGL1063	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
27	VGL1165	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
28	VGL1828	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
29	VGL2009	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
30	VGL2409	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
31	VGL2918	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
32	VGL3008	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
33	VGL3235	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Polish Lowland Sheepdog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	120	3	1.833	0.417	0.454	0.083
2	DLA I-4ACA	120	2	1.763	0.400	0.433	0.076
3	DLA I-4BCT	120	3	1.017	0.017	0.017	-0.006
4	DLA1131	120	3	1.818	0.425	0.450	0.055
5	5ACA	120	2	1.763	0.400	0.433	0.076
6	5ACT	120	3	1.017	0.017	0.017	-0.006
7	5BCA	120	3	1.731	0.400	0.422	0.053

Polski Owczarek Nizinny

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
2	DLA I-4ACA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
3	DLA I-4BCT	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
4	DLA1131	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
5	5ACA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000
6	5ACT	1	1	1.000	0.000	0.000	0.000
7	5BCA	1	2	2.000	1.000	0.500	-1.000

Veterinary Genetics Laboratory

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Polish Lowland Sheepdog

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Polish Lowland Sheepdog

DLA Class I Haplotype Frequencies

DLA Class II Haplotype Frequencies

Allele Frequencies

Standard genetic assessment based on 33 autosomal STR loci

Standard genetic assessment based on 7 STRs in the DLA region

Standard genetic assessment for individual STR loci

Standard genetic assessment for 7 STRs in the DLA region

Contact the VGL

Connect with us on social media